RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	VAV3	Q9UKW4	847 aa		9.77	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	DUSP10	Q9Y6W6	482 aa		9.77	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	MGAM	O43451	1857 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	BTNL10	A8MVZ5	291 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	TTLL1	O95922	423 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	PLEK	P08567	350 aa	Predicted RBP	9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	SPATA31C1	P0DKV0	1188 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	CIITA	P33076	1130 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF569	Q5MCW4	686 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	CLEC10A	Q8IUN9	316 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	RUBCN	Q92622	972 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	MMS19	Q96T76	1030 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	SYT11	Q9BT88	431 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	MYOZ2	Q9NPC6	264 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	MYO6	Q9UM54	1294 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	BICDL2	A1A5D9	508 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	CTAGE9	A4FU28	777 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	AGPS	O00116	658 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	PSMA7	O14818	248 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	SYF2	O95926	243 aa	Known RBP	9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	NAPA	P54920	295 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	TEX2	Q8IWB9	1127 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	TRIM59	Q8IWR1	403 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	FIZ1	Q96SL8	496 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	SLF1	Q9BQI6	1058 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	STRA6	Q9BX79	667 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	BIN2	Q9UBW5	565 aa	Predicted RBP	9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	LRRIQ3	A6PVS8	624 aa	Predicted RBP	9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	ZBTB5	O15062	677 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	MCM6	Q14566	821 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	NFIL3	Q16649	462 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	TTBK2	Q6IQ55	1244 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	SLF2	Q8IX21	1173 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	LARP4B	Q92615	738 aa	Known RBP	9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	COA7	Q96BR5	231 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF536	O15090	1300 aa		9.76	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	PIK3CD	O00329	1044 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	SLURP2	P0DP57	97 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	VAV2	P52735	878 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	CSGALNACT2	Q8N6G5	542 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	AEN	Q8WTP8	325 aa	Known RBP	9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	UBA5	Q9GZZ9	404 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	NYAP2	Q9P242	653 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	HDAC6	Q9UBN7	1215 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM59L	Q9UK28	342 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	ASTN2	O75129	1339 aa	Predicted RBP	9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	IGLV3-22	A0A075B6J6	115 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	POTEM	A6NI47	508 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	KIF5C	O60282	957 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	CYP3A4	P08684	503 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	ADCY7	P51828	1080 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	LETM2	Q2VYF4	491 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	MUM1L1	Q5H9M0	696 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	NIM1K	Q8IY84	436 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	MMGT1	Q8N4V1	131 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	CPLX3	Q8WVH0	158 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	GMCL1	Q96IK5	515 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	ZBTB12	Q9Y330	459 aa	Predicted RBP	9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	NPHP1	O15259	732 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	GCFC2	P16383	781 aa	Known RBP	9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	UBA7	P41226	1012 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	USP11	P51784	963 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	GHRHR	Q02643	423 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	CALCRL	Q16602	461 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	KIF4B	Q2VIQ3	1234 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	CIAPIN1	Q6FI81	312 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	NCAPH2	Q6IBW4	605 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	CDAN1	Q8IWY9	1227 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	SCFD1	Q8WVM8	642 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM151A	Q8WW52	585 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	DDX12P	Q92771	950 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	SUGCT	Q9HAC7	445 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	ABCB6	Q9NP58	842 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	SIX2	Q9NPC8	291 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	CAPN6	Q9Y6Q1	641 aa		9.75	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	FRMPD2	Q68DX3	1309 aa	Predicted RBP	9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	SSU72P8	A0A1W2PR75	194 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	MYBL2	P10244	700 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	GMPS	P49915	693 aa	Predicted RBP	9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	JAM2	P57087	298 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	PDE4D	Q08499	809 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	COASY	Q13057	564 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	MAN2A1	Q16706	1144 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	PDXDC1	Q6P996	788 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	SH3GL2	Q99962	352 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	NDST4	Q9H3R1	872 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	STX8	Q9UNK0	236 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	TRAF3IP3	Q9Y228	551 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	LUC7L2	Q9Y383	392 aa	Known RBP	9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	CYP11B2	P19099	503 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	TNIP1	Q15025	636 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	TMCO3	Q6UWJ1	677 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	CNPY4	Q8N129	248 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	LARGE2	Q8N3Y3	721 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	AIPL1	Q9NZN9	384 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	SERPINB13	Q9UIV8	391 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	USP17L10	C9JJH3	530 aa		9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	SMC1A	Q14683	1233 aa	Known RBP	9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	GPATCH4	Q5T3I0	446 aa	Known RBP	9.74	□□□□□ -0.85
SYNE1-215	ENST00000460912	EMC10	Q5UCC4	262 aa		9.74	□□□□□ -0.85

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