RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000343916.7

COL9A3-201, Transcript of collagen type IX alpha 3 chain, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene COL9A3, Length 2,485 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3-201ENST00000343916 PCDHA2Q9Y5H9 948 aa21.46■■□□□ 1.03
COL9A3-201ENST00000343916 LRRC53A6NM62 1247 aa21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 FKBP3Q00688 224 aaKnown RBP21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 AP3B2Q13367 1082 aa21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 RRAGAQ7L523 313 aa21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CYP2W1Q8TAV3 490 aa21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 LENG9Q96B70 501 aa21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 ZNF646O15015 1829 aaPredicted RBP21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CCDC151A5D8V7 595 aa21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 SPDYE3A6NKU9 549 aa21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 OPLAHO14841 1288 aa21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 BMP3P12645 472 aa21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 ECE1P42892 770 aa21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 ARSHQ5FYA8 562 aa21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 RBM26Q5T8P6 1007 aaKnown RBP21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 ZBTB9Q96C00 473 aa21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 GMCL1Q96IK5 515 aa21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 MBOAT7Q96N66 472 aa21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 COL4A3BPQ9Y5P4 624 aa21.45■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 TCP10L2B9ZVM9 353 aa21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 LONRF2Q1L5Z9 754 aa21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CCDC40Q4G0X9 1142 aa21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CCDC84Q86UT8 332 aaPredicted RBP21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CCDC65Q8IXS2 484 aa21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 SLFN12Q8IYM2 578 aa21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 C7orf43Q8WVR3 580 aa21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 FUT8Q9BYC5 575 aa21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 ABCB11O95342 1321 aa21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 NPM3O75607 178 aaKnown RBP21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 KRT18P05783 430 aaKnown RBP21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 SLC12A3P55017 1021 aa21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CDK17Q00537 523 aa21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 KCNMA1Q12791 1236 aa21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 EZH2Q15910 746 aaKnown RBP21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 SCFD1Q8WVM8 642 aa21.44■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CLRN2A0PK11 232 aa21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 PPIP5K2O43314 1243 aa21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 PABPC4Q13310 644 aaKnown RBP eCLIP21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CAPZA3Q96KX2 299 aa21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 RNF216Q9NWF9 866 aaPredicted RBP21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 C21orf2O43822 256 aa21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 HNRNPH3P31942 346 aaKnown RBP21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 EIF4A3P38919 411 aaKnown RBP21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CASP5P51878 434 aa21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 KIF11P52732 1056 aa21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 VAV2P52735 878 aa21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 EN1Q05925 392 aaPredicted RBP21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 SPA17Q15506 151 aa21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 TAF3Q5VWG9 929 aa21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 SLC30A10Q6XR72 485 aa21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 ZNF662Q6ZS27 426 aa21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 MSANTD4Q8NCY6 345 aa21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 BAP1Q92560 729 aa21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 POLD4Q9HCU8 107 aa21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 SAR1BQ9Y6B6 198 aa21.43■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 ATRNL1Q5VV63 1379 aa21.42■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 APBA1Q02410 837 aa21.42■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CYP4A11Q02928 519 aa21.42■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 KIF5AQ12840 1032 aa21.42■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 KIAA1755Q5JYT7 1200 aa21.42■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CNKSR1Q969H4 720 aa21.42■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 IFIH1Q9BYX4 1025 aaKnown RBP21.42■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 DEF6Q9H4E7 631 aa21.42■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 SUGCTQ9HAC7 445 aa21.42■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 NLRC4Q9NPP4 1024 aa21.42■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 EMILIN3Q9NT22 766 aa21.42■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 ENTPD3O75355 529 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 SPATA31C1P0DKV0 1188 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 SREBF1P36956 1147 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 BRD3Q15059 726 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 HAUS3Q68CZ6 603 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CC2D2BQ6DHV5 1058 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 MOXD1Q6UVY6 613 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 FBXO41Q8TF61 875 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CAMKK2Q96RR4 588 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 MMS19Q96T76 1030 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CRACR2AQ9BSW2 395 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 XPO5Q9HAV4 1204 aaKnown RBP eCLIP21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 FRMD4AQ9P2Q2 1039 aaPredicted RBP21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 PRR12Q9ULL5 1215 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 VSNL1P62760 191 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CACNA2D4Q7Z3S7 1137 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 EHBP1Q8NDI1 1231 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 NEK11Q8NG66 645 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 KCTD10Q9H3F6 313 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 RAB21Q9UL25 225 aa21.41■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 ZNF185O15231 689 aa21.4■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 POLR3GO15318 223 aaPredicted RBP21.4■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 MSH4O15457 936 aa21.4■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 ATP8B1O43520 1251 aa21.4■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 Q4G0T1 1027 aa21.4■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 PAPD7Q5XG87 772 aaKnown RBP21.4■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 ACER1Q8TDN7 264 aa21.4■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 IQCDQ96DY2 449 aa21.4■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 PURBQ96QR8 312 aaKnown RBP21.4■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 PCDHA13Q9Y5I0 950 aa21.4■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 AKR1B10O60218 316 aa21.4■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 SECISBP2LQ93073 1101 aaKnown RBP21.4■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 BCAS3Q9H6U6 928 aa21.4■■□□□ 1.02
COL9A3-201ENST00000343916 CAPN6Q9Y6Q1 641 aa21.4■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 43.3 ms