RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000295522.3

CLDN1-201, Transcript of claudin 1, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLDN1, Length 3,481 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN1-201ENST00000295522 IFIT1BQ5T764 474 aaKnown RBP11.13□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 DENND2CQ68D51 928 aa11.13□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 HOOK3Q86VS8 718 aa11.13□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 ANKLE2Q86XL3 938 aa11.13□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 CD302Q8IX05 232 aa11.13□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 P3H4Q92791 437 aa11.13□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 PURBQ96QR8 312 aaKnown RBP11.13□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 MTFR1LQ9H019 292 aa11.13□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 ETNK1Q9HBU6 452 aa11.13□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 PICK1Q9NRD5 415 aa11.13□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 PLAGL2Q9UPG8 496 aa11.13□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 C2CD2Q9Y426 696 aa11.13□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 TBX22Q9Y458 520 aa11.13□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 WDR17Q8IZU2 1322 aa11.13□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 CCDC194A0A1B0GVG4 234 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 SNAP23O00161 211 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 ITGA4P13612 1032 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 PRLRP16471 622 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 VSIG1Q86XK7 387 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 RNF10Q8N5U6 811 aaKnown RBP11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 USP38Q8NB14 1042 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 FAM129AQ9BZQ8 928 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 ISCUQ9H1K1 167 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 ZHX3Q9H4I2 956 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 CNNM2Q9H8M5 875 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 C3P01024 1663 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 GHRP10912 638 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 ITGA6P23229 1130 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 PRPHP41219 470 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 MSH2P43246 934 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 ERFP50548 548 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 IFI35P80217 286 aaPredicted RBP11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 KLHL30Q0D2K2 578 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 SLMAPQ14BN4 828 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 LLGL1Q15334 1064 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 LRRC41Q15345 812 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 FAM133AQ8N9E0 248 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 GPKOWQ92917 476 aaPredicted RBP eCLIP11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 FMO2Q99518 471 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 SLC5A4Q9NY91 659 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 PTPRUQ92729 1446 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 SPATA31D1Q6ZQQ2 1576 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 GBP1P32455 592 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 SFMBT2Q5VUG0 894 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 CRELD2Q6UXH1 353 aaPredicted RBP11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 LRIG3Q6UXM1 1119 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 SDR42E1Q8WUS8 393 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 EZH1Q92800 747 aaPredicted RBP11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 CNOT10Q9H9A5 744 aaKnown RBP11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 DISC1Q9NRI5 854 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 USH1CQ9Y6N9 552 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 ADAMTS13Q76LX8 1427 aa11.12□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 MAP3K15Q6ZN16 1313 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 TCP11X1B4DZS4 312 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 FERP16591 822 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 RFC5P40937 340 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 ABL2P42684 1182 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 CUL1Q13616 776 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 BLMHQ13867 455 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 TTI2Q6NXR4 508 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 ZNF449Q6P9G9 518 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 PEX26Q7Z412 305 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 RPS6KC1Q96S38 1066 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 SEPT11Q9NVA2 429 aaKnown RBP11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 DBR1Q9UK59 544 aaKnown RBP11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 CCNE1P24864 410 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 PHKA1P46020 1223 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 ATP2C1P98194 919 aaPredicted RBP11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 RNF220Q5VTB9 566 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 DZIP3Q86Y13 1208 aaKnown RBP11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 MREGQ8N565 214 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 ITFG2Q969R8 447 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 UIMC1Q96RL1 719 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 LSM14BQ9BX40 385 aaKnown RBP11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 TBC1D7Q9P0N9 293 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 LRP2BPQ9P2M1 347 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 PCDHGC5Q9Y5F6 944 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 SMIM22K7EJ46 135 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 SUN1O94901 812 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 TNFRSF8P28908 595 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 NCALDP61601 193 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 VWA3BQ502W6 1294 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 NBPF10Q6P3W6 841 aaKnown RBP11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 DUSP9Q99956 384 aaKnown RBP11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 PYM1Q9BRP8 204 aaKnown RBP11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 RNF14Q9UBS8 474 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 SNX24Q9Y343 169 aa11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 NOC2LQ9Y3T9 749 aaKnown RBP11.11□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 WDR19Q8NEZ3 1342 aa11.1□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 CYP2D7A0A087X1C5 515 aa11.1□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 PGRMC1O00264 195 aaKnown RBP11.1□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 AHCYL1O43865 530 aa11.1□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 ITSN1Q15811 1721 aa11.1□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 PPP1R15BQ5SWA1 713 aa11.1□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 ERMARDQ5T6L9 678 aa11.1□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 CWF19L1Q69YN2 538 aaKnown RBP11.1□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 INTS8Q75QN2 995 aaKnown RBP11.1□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 TRIM74Q86UV6 250 aa11.1□□□□□ -0.63
CLDN1-201ENST00000295522 TRIM73Q86UV7 250 aa11.1□□□□□ -0.63
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 25.9 ms