RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000474929.1

USP54-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 4

Gene USP54, Length 590 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-211ENST00000474929 LINC00271P0C7V0 271 aa9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 HOXB3P14651 431 aaPredicted RBP9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 CDK8P49336 464 aa9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 ITIH3Q06033 890 aa9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 TBC1D8BQ0IIM8 1120 aa9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 G3BP1Q13283 466 aaKnown RBP eCLIP9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 DGKDQ16760 1214 aa9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 TMEM184AQ6ZMB5 413 aa9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 RUFY4Q6ZNE9 571 aa9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 ADGRD2Q7Z7M1 963 aa9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 NETO1Q8TDF5 533 aa9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 CHURC1Q8WUH1 139 aa9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 RC3H2Q9HBD1 1191 aaKnown RBP9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 ATP8A2Q9NTI2 1148 aa9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 FBXL21Q9UKT6 434 aa9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 USTQ9Y2C2 406 aa9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 ASH1LQ9NR48 2969 aaKnown RBP9.61□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 CSPG5O95196 566 aa9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 MMP3P08254 477 aa9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 TXNP10599 105 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 ALAS1P13196 640 aa9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 MTHFRP42898 656 aa9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 PDE4DQ08499 809 aa9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 CAMK1Q14012 370 aa9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 COL9A3Q14050 684 aaPredicted RBP9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 TTF1Q15361 905 aaPredicted RBP9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 DUSP6Q16828 381 aa9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 TMEM63BQ5T3F8 832 aa9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 ANKRD54Q6NXT1 300 aa9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 RBM23Q86U06 439 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 DHX37Q8IY37 1157 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 CMTR2Q8IYT2 770 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 DCLK2Q8N568 766 aa9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 SUMF1Q8NBK3 374 aa9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 RASGRP4Q8TDF6 673 aa9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 POF1BQ8WVV4 589 aa9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 PNMA2Q9UL42 364 aa9.6□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 CEP295Q9C0D2 2601 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 LOC101059915A0A1B0GWI6 518 aaPredicted RBP9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 DCDC2BA2VCK2 349 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 TMEM8BA6NDV4 472 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 C2CD4DB7Z1M9 353 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 FOXD2O60548 495 aaPredicted RBP9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 F2P00734 622 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 GH1P01241 217 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 ITGB1P05556 798 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 SP9P0CG40 484 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 THPOP40225 353 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 ZNF200P98182 395 aaPredicted RBP9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 IKQ13123 557 aaPredicted RBP9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 ZNF528Q3MIS6 628 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 NSMFQ6X4W1 530 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 SERINC5Q86VE9 423 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 MRPL50Q8N5N7 158 aaKnown RBP9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 GMCL1P1Q8NEA9 526 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 SPPL3Q8TCT6 385 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 CASP10Q92851 521 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 HDAC6Q9UBN7 1215 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 USP18Q9UMW8 372 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 DUSP12Q9UNI6 340 aa9.59□□□□□ -0.87
USP54-211ENST00000474929 LCTP09848 1927 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 SLC30A4O14863 429 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 GNAI3P08754 354 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 BMP3P12645 472 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 SP100P23497 879 aaPredicted RBP9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 TECP42680 631 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 PSEN2P49810 448 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 MFSD10Q14728 455 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 NONOQ15233 471 aaKnown RBP eCLIP9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 TNNI3KQ59H18 835 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 DNERQ8NFT8 737 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 MICAL1Q8TDZ2 1067 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 PPP1R13LQ8WUF5 828 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 ZNF689Q96CS4 500 aaPredicted RBP9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 DYNLL2Q96FJ2 89 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 S1PR5Q9H228 398 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 ZNF287Q9HBT7 754 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 AAASQ9NRG9 546 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 GMEB2Q9UKD1 530 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 PCDHGA2Q9Y5H1 932 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 FPGT-TNNI3KV9GXZ4 949 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 ASPMQ8IZT6 3477 aa9.58□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 MYH4Q9Y623 1939 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 STK25O00506 426 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 PI15O43692 258 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 PLA2G6O60733 806 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 NPR3P17342 541 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 PMLP29590 882 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 TDGQ13569 410 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 KIAA0753Q2KHM9 967 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 PPP4R3BQ5MIZ7 849 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 C12orf60Q5U649 245 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 SIX5Q8N196 739 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 KLHL23Q8NBE8 558 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 SDR42E1Q8WUS8 393 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 AFG1LQ8WV93 481 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 KAT2BQ92831 832 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 ACSF2Q96CM8 615 aaPredicted RBP9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 DBNDD2Q9BQY9 259 aa9.57□□□□□ -0.88
USP54-211ENST00000474929 ARPP21Q9UBL0 812 aaPredicted RBP9.57□□□□□ -0.88
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 20.2 ms