RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000538708.5

PTPRB-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-204ENST00000538708 RNF139Q8WU17 664 aa10.36□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 METTL14Q9HCE5 456 aaKnown RBP10.36□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 BTBD18B2RXH4 712 aa10.36□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 COPB2P35606 906 aa10.36□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 NKX1-1Q15270 411 aaPredicted RBP10.36□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 LONRF2Q1L5Z9 754 aa10.36□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 LGSNQ5TDP6 509 aa10.36□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 LARP4BQ92615 738 aaKnown RBP10.36□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 NT5C1BQ96P26 610 aa10.36□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 RPAP3Q9H6T3 665 aaPredicted RBP10.36□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 TMEM206Q9H813 350 aa10.36□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 NFE2L3Q9Y4A8 694 aa10.36□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 SSH2Q76I76 1423 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 USP17L15C9J2P7 530 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 USP17L13C9JLJ4 530 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 USP17L11C9JVI0 530 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 USP17L18D6R9N7 530 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 USP17L22D6RA61 530 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 USP17L17D6RBQ6 530 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 USP17L19D6RCP7 530 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 USP17L20D6RJB6 530 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 SLC4A1P02730 911 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 USP17L24Q0WX57 530 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 CTTNQ14247 550 aaKnown RBP10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 MCM6Q14566 821 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 C8orf74Q6P047 294 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 MICALL1Q8N3F8 863 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 RMDN3Q96TC7 470 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 TRIM56Q9BRZ2 755 aaKnown RBP10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 MTIF3Q9H2K0 278 aaKnown RBP10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 MED7O43513 233 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 GTPBP6O43824 516 aaPredicted RBP10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 SEC24BO95487 1268 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 S100BP04271 92 aaPredicted RBP10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 DPEP1P16444 411 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 NSFP46459 744 aaKnown RBP10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 TWF2Q6IBS0 349 aaKnown RBP10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 RFX6Q8HWS3 928 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 ATRIPQ8WXE1 791 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 FAM167AQ96KS9 214 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 CCDC68Q9H2F9 335 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 NXF1Q9UBU9 619 aaKnown RBP10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 AMFRQ9UKV5 643 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 CLTCL1P53675 1640 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 H7C1W4 665 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 PSMC2P35998 433 aaKnown RBP10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 PTK2Q05397 1052 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 SEPT2Q15019 361 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 KLHL7Q8IXQ5 586 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 FAM149B1Q96BN6 582 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 IQCDQ96DY2 449 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 SPATA33Q96N06 139 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 MSTO1Q9BUK6 570 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 VPS37BQ9H9H4 285 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 LRRC4Q9HBW1 653 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 ARFGAP3Q9NP61 516 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 C1orf167Q5SNV9 1468 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 CYP2D6P10635 497 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF18P17022 549 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 PTPN12Q05209 780 aaKnown RBP10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 RPS6KA1Q15418 735 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 YAF2Q8IY57 180 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 RNF146Q9NTX7 359 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 BNIP3LO60238 219 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 RNF8O76064 485 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 PPP2R3AQ06190 1150 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 FYB2Q5VWT5 728 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 KAZNQ674X7 775 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 SPATA31E1Q6ZUB1 1445 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 TICAM2Q86XR7 235 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 LINC00116Q8NCU8 138 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 OR6J1Q8NGC5 347 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 HEXIM2Q96MH2 286 aaKnown RBP10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 CLIC6Q96NY7 704 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 RNF26Q9BY78 433 aaPredicted RBP10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 FNDC3AQ9Y2H6 1198 aaKnown RBP10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 TFRCP02786 760 aaKnown RBP10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 POLR2FP61218 127 aaKnown RBP10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 SCRN1Q12765 414 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 SCARA5Q6ZMJ2 495 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 PNMA8AQ86V59 439 aaPredicted RBP10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 ZBTB9Q96C00 473 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 UBN1Q9NPG3 1134 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF302Q9NR11 478 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 ASB14A6NK59 587 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 WDR64B1ANS9 1081 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 NOLC1Q14978 699 aaKnown RBP eCLIP10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 RNF219Q5W0B1 726 aaPredicted RBP10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 PALM2Q8IXS6 379 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 MAGEF1Q9HAY2 307 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 ATP6V0A4Q9HBG4 840 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 ZSWIM6Q9HCJ5 1215 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 SPHKAPQ2M3C7 1700 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 HUNKP57058 714 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 NSUN6Q8TEA1 469 aaKnown RBP10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 PCDHA6Q9UN73 950 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 PCDHA8Q9Y5H6 950 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 SRGAP2BP0DMP2 458 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 CIITAP33076 1130 aa10.34□□□□□ -0.75
PTPRB-204ENST00000538708 MCAMP43121 646 aa10.34□□□□□ -0.75
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 36.4 ms