RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	RMND1	Q9NWS8	449 aa		9.86	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	MTMR4	Q9NYA4	1195 aa		9.86	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNRF3	Q9ULT6	936 aa		9.86	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	TTC26	A0AVF1	554 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	TSPY2	A6NKD2	308 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	BHMG1	C9JSJ3	638 aa	Predicted RBP	9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	SHMT1	P34896	483 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	BTD	P43251	543 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	NLRP5	P59047	1200 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	SPIRE1	Q08AE8	756 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	TUBB2A	Q13885	445 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP4R3A	Q6IN85	833 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP1R18	Q6NYC8	613 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	TGFBRAP1	Q8WUH2	860 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	STAM	Q92783	540 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF622	Q969S3	477 aa	Known RBP eCLIP	9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	DNAJC19	Q96DA6	116 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	CHP1	Q99653	195 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	TUBB2B	Q9BVA1	445 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	KAT14	Q9H8E8	782 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	POTEC	B2RU33	542 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	KIF20A	O95235	890 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC175	P0C221	793 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	HOXA7	P31268	230 aa	Predicted RBP	9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	ARHGAP29	Q52LW3	1261 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	FKBP1C	Q5VVH2	108 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	TMTC1	Q8IUR5	882 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF592	Q92610	1267 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	PNKP	Q96T60	521 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	EHD4	Q9H223	541 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	EPC1	Q9H2F5	836 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	BRMS1	Q9HCU9	246 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	CYP3A7-CYP3A51P	A0A087WV96	503 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	RBAK-RBAKDN	I3L0D1	243 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC37A4	O43826	429 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	COBL	O75128	1261 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	PLCG1	P19174	1290 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	CYP3A7	P24462	503 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	STX17	P56962	302 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	STK4	Q13043	487 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	INF2	Q27J81	1249 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	ANKRD40	Q6AI12	368 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	SRGAP1	Q7Z6B7	1085 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	CREBRF	Q8IUR6	639 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	KRT222	Q8N1A0	295 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	L3MBTL3	Q96JM7	780 aa	Predicted RBP	9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	TEPSIN	Q96N21	525 aa		9.85	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	KLRF2	D3W0D1	207 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP2R3A	Q06190	1150 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	PDIA5	Q14554	519 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	DOK7	Q18PE1	504 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	CDC42EP5	Q6NZY7	148 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	WDR93	Q6P2C0	686 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	ACRBP	Q8NEB7	543 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	BAP1	Q92560	729 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	PARD6B	Q9BYG5	372 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	CDC23	Q9UJX2	597 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	TFRC	P02786	760 aa	Known RBP	9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	TXLNA	P40222	546 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	RASSF7	Q02833	373 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	CXCL9	Q07325	125 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	SPAG1	Q07617	926 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	TATDN1	Q6P1N9	297 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC148	Q8NFR7	591 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	MKL1	Q969V6	931 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	ZFP91	Q96JP5	570 aa	Predicted RBP	9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF277	Q9NRM2	450 aa	Predicted RBP	9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	TTF2	Q9UNY4	1162 aa	Known RBP	9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC26A4	O43511	780 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	OR52Z1	P0C646	297 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	TNNT3	P45378	269 aa	Predicted RBP	9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	NOC3L	Q8WTT2	800 aa	Known RBP	9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	DBNDD1	Q9H9R9	158 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	TOMM22	Q9NS69	142 aa		9.84	□□□□□ -0.83
SYNE1-215	ENST00000460912	USP17L5	A8MUK1	530 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	CYP2C19	P33261	490 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	SCNN1D	P51172	638 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	ZRSR1	Q15695	479 aa	Known RBP	9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	ARHGAP27	Q6ZUM4	889 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	KRT25	Q7Z3Z0	450 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	KCNK18	Q7Z418	384 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	NUDT12	Q9BQG2	462 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	KCNMB3	Q9NPA1	279 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	RIC8A	Q9NPQ8	531 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	L1RE1	Q9UN81	338 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	PLXNB2	O15031	1838 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	EPHB6	O15197	1021 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	NDUFA10	O95299	355 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	CCNE1	P24864	410 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	RPS12	P25398	132 aa	Known RBP	9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	CYP26C1	Q6V0L0	522 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	DTHD1	Q6ZMT9	781 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	DZIP1	Q86YF9	867 aa	Known RBP	9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	POTED	Q86YR6	584 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	CPVL	Q9H3G5	476 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	JMJD4	Q9H9V9	463 aa		9.83	□□□□□ -0.84
SYNE1-215	ENST00000460912	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		9.83	□□□□□ -0.84

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