RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000596726.3

PNKP-209, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 5

Gene PNKP, Length 637 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-209	ENST00000596726	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		33.58	■■■□□ 2.97
PNKP-209	ENST00000596726	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		33.57	■■■□□ 2.96
PNKP-209	ENST00000596726	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		33.56	■■■□□ 2.96
PNKP-209	ENST00000596726	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		33.55	■■■□□ 2.96
PNKP-209	ENST00000596726	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		33.53	■■■□□ 2.96
PNKP-209	ENST00000596726	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	33.51	■■■□□ 2.95
PNKP-209	ENST00000596726	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		33.51	■■■□□ 2.95
PNKP-209	ENST00000596726	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		33.5	■■■□□ 2.95
PNKP-209	ENST00000596726	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	33.49	■■■□□ 2.95
PNKP-209	ENST00000596726	TIAM1	Q13009	1591 aa		33.49	■■■□□ 2.95
PNKP-209	ENST00000596726	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		33.43	■■■□□ 2.94
PNKP-209	ENST00000596726	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		33.42	■■■□□ 2.94
PNKP-209	ENST00000596726	MAP3K1	Q13233	1512 aa		33.42	■■■□□ 2.94
PNKP-209	ENST00000596726	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		33.41	■■■□□ 2.94
PNKP-209	ENST00000596726	ABCC1	P33527	1531 aa		33.41	■■■□□ 2.94
PNKP-209	ENST00000596726	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		33.38	■■■□□ 2.93
PNKP-209	ENST00000596726	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		33.38	■■■□□ 2.93
PNKP-209	ENST00000596726	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		33.37	■■■□□ 2.93
PNKP-209	ENST00000596726	KDM5C	P41229	1560 aa		33.37	■■■□□ 2.93
PNKP-209	ENST00000596726	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		33.37	■■■□□ 2.93
PNKP-209	ENST00000596726	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		33.37	■■■□□ 2.93
PNKP-209	ENST00000596726	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	33.36	■■■□□ 2.93
PNKP-209	ENST00000596726	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		33.36	■■■□□ 2.93
PNKP-209	ENST00000596726	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		33.36	■■■□□ 2.93
PNKP-209	ENST00000596726	AFAP1	Q8N556	730 aa		33.34	■■■□□ 2.93
PNKP-209	ENST00000596726	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	33.33	■■■□□ 2.93
PNKP-209	ENST00000596726	NCOA2	Q15596	1464 aa		33.32	■■■□□ 2.92
PNKP-209	ENST00000596726	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		33.31	■■■□□ 2.92
PNKP-209	ENST00000596726	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	33.3	■■■□□ 2.92
PNKP-209	ENST00000596726	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	33.28	■■■□□ 2.92
PNKP-209	ENST00000596726	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		33.27	■■■□□ 2.92
PNKP-209	ENST00000596726	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		33.26	■■■□□ 2.91
PNKP-209	ENST00000596726	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		33.25	■■■□□ 2.91
PNKP-209	ENST00000596726	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		33.25	■■■□□ 2.91
PNKP-209	ENST00000596726	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		33.25	■■■□□ 2.91
PNKP-209	ENST00000596726	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		33.24	■■■□□ 2.91
PNKP-209	ENST00000596726	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		33.23	■■■□□ 2.91
PNKP-209	ENST00000596726	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		33.23	■■■□□ 2.91
PNKP-209	ENST00000596726	ATP10A	O60312	1499 aa		33.22	■■■□□ 2.91
PNKP-209	ENST00000596726	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	33.2	■■■□□ 2.91
PNKP-209	ENST00000596726	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	33.19	■■■□□ 2.9
PNKP-209	ENST00000596726	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		33.18	■■■□□ 2.9
PNKP-209	ENST00000596726	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		33.17	■■■□□ 2.9
PNKP-209	ENST00000596726	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	33.17	■■■□□ 2.9
PNKP-209	ENST00000596726	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		33.17	■■■□□ 2.9
PNKP-209	ENST00000596726	APLP2	Q06481	763 aa		33.16	■■■□□ 2.9
PNKP-209	ENST00000596726	ABCA6	Q8N139	1617 aa		33.15	■■■□□ 2.9
PNKP-209	ENST00000596726	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		33.13	■■■□□ 2.89
PNKP-209	ENST00000596726	MBD5	Q9P267	1494 aa		33.12	■■■□□ 2.89
PNKP-209	ENST00000596726	RERE	Q9P2R6	1566 aa		33.12	■■■□□ 2.89
PNKP-209	ENST00000596726	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	33.08	■■■□□ 2.89
PNKP-209	ENST00000596726	MADD	Q8WXG6	1647 aa		33.08	■■■□□ 2.89
PNKP-209	ENST00000596726	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		33.07	■■■□□ 2.88
PNKP-209	ENST00000596726	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	33.05	■■■□□ 2.88
PNKP-209	ENST00000596726	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		33.03	■■■□□ 2.88
PNKP-209	ENST00000596726	ATP7A	Q04656	1500 aa		33.03	■■■□□ 2.88
PNKP-209	ENST00000596726	MIA2	Q96PC5	1412 aa		33.02	■■■□□ 2.88
PNKP-209	ENST00000596726	PTPRM	P28827	1452 aa		33.01	■■■□□ 2.88
PNKP-209	ENST00000596726	AGL	P35573	1532 aa		33	■■■□□ 2.87
PNKP-209	ENST00000596726	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		32.98	■■■□□ 2.87
PNKP-209	ENST00000596726	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	32.97	■■■□□ 2.87
PNKP-209	ENST00000596726	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		32.97	■■■□□ 2.87
PNKP-209	ENST00000596726	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		32.97	■■■□□ 2.87
PNKP-209	ENST00000596726	MLEC	Q14165	292 aa		32.96	■■■□□ 2.87
PNKP-209	ENST00000596726	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		32.95	■■■□□ 2.87
PNKP-209	ENST00000596726	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		32.94	■■■□□ 2.86
PNKP-209	ENST00000596726	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		32.89	■■■□□ 2.86
PNKP-209	ENST00000596726	PLXNC1	O60486	1568 aa		32.88	■■■□□ 2.85
PNKP-209	ENST00000596726	A2M	P01023	1474 aa		32.88	■■■□□ 2.85
PNKP-209	ENST00000596726	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		32.84	■■■□□ 2.85
PNKP-209	ENST00000596726	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		32.83	■■■□□ 2.85
PNKP-209	ENST00000596726	TSPY4	P0CV99	314 aa		32.81	■■■□□ 2.84
PNKP-209	ENST00000596726	TSPY10	P0CW01	314 aa		32.81	■■■□□ 2.84
PNKP-209	ENST00000596726	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		32.81	■■■□□ 2.84
PNKP-209	ENST00000596726	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	32.8	■■■□□ 2.84
PNKP-209	ENST00000596726	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	32.78	■■■□□ 2.84
PNKP-209	ENST00000596726	ABCC5	O15440	1437 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PNKP-209	ENST00000596726	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		32.7	■■■□□ 2.83
PNKP-209	ENST00000596726	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	32.69	■■■□□ 2.82
PNKP-209	ENST00000596726	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		32.68	■■■□□ 2.82
PNKP-209	ENST00000596726	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		32.67	■■■□□ 2.82
PNKP-209	ENST00000596726	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		32.67	■■■□□ 2.82
PNKP-209	ENST00000596726	C3	P01024	1663 aa		32.66	■■■□□ 2.82
PNKP-209	ENST00000596726	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	32.66	■■■□□ 2.82
PNKP-209	ENST00000596726	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	32.66	■■■□□ 2.82
PNKP-209	ENST00000596726	DAPK1	P53355	1430 aa		32.66	■■■□□ 2.82
PNKP-209	ENST00000596726	MROH2A	A6NES4	1674 aa		32.64	■■■□□ 2.82
PNKP-209	ENST00000596726	GGT6	Q6P531	493 aa		32.63	■■■□□ 2.81
PNKP-209	ENST00000596726	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PNKP-209	ENST00000596726	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		32.61	■■■□□ 2.81
PNKP-209	ENST00000596726	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	32.6	■■■□□ 2.81
PNKP-209	ENST00000596726	KIF3B	O15066	747 aa		32.6	■■■□□ 2.81
PNKP-209	ENST00000596726	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	32.59	■■■□□ 2.81
PNKP-209	ENST00000596726	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	32.57	■■■□□ 2.8
PNKP-209	ENST00000596726	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PNKP-209	ENST00000596726	ZMYM3	Q14202	1370 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PNKP-209	ENST00000596726	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	32.55	■■■□□ 2.8
PNKP-209	ENST00000596726	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	32.54	■■■□□ 2.8
PNKP-209	ENST00000596726	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		32.53	■■■□□ 2.8
PNKP-209	ENST00000596726	KIF15	Q9NS87	1388 aa		32.51	■■■□□ 2.79

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