RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000591914.5

SMAD4-213, Transcript of SMAD family member 4, human

TSL 3

Gene SMAD4, Length 992 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SMAD4-213	ENST00000591914	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		43.56	■■■■■ 4.56
SMAD4-213	ENST00000591914	PREX2	Q70Z35	1606 aa		43.56	■■■■■ 4.56
SMAD4-213	ENST00000591914	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		43.55	■■■■■ 4.56
SMAD4-213	ENST00000591914	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		43.53	■■■■■ 4.56
SMAD4-213	ENST00000591914	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		43.49	■■■■■ 4.55
SMAD4-213	ENST00000591914	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		43.48	■■■■■ 4.55
SMAD4-213	ENST00000591914	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		43.47	■■■■■ 4.55
SMAD4-213	ENST00000591914	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		43.46	■■■■■ 4.55
SMAD4-213	ENST00000591914	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		43.45	■■■■■ 4.55
SMAD4-213	ENST00000591914	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		43.4	■■■■■ 4.54
SMAD4-213	ENST00000591914	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		43.39	■■■■■ 4.54
SMAD4-213	ENST00000591914	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	43.38	■■■■■ 4.54
SMAD4-213	ENST00000591914	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		43.38	■■■■■ 4.53
SMAD4-213	ENST00000591914	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		43.36	■■■■■ 4.53
SMAD4-213	ENST00000591914	ABCC1	P33527	1531 aa		43.36	■■■■■ 4.53
SMAD4-213	ENST00000591914	KDM5C	P41229	1560 aa		43.33	■■■■■ 4.53
SMAD4-213	ENST00000591914	TIAM1	Q13009	1591 aa		43.31	■■■■■ 4.52
SMAD4-213	ENST00000591914	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		43.29	■■■■■ 4.52
SMAD4-213	ENST00000591914	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		43.29	■■■■■ 4.52
SMAD4-213	ENST00000591914	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		43.27	■■■■■ 4.52
SMAD4-213	ENST00000591914	AFAP1	Q8N556	730 aa		43.27	■■■■■ 4.52
SMAD4-213	ENST00000591914	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		43.25	■■■■■ 4.51
SMAD4-213	ENST00000591914	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		43.24	■■■■■ 4.51
SMAD4-213	ENST00000591914	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		43.23	■■■■■ 4.51
SMAD4-213	ENST00000591914	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		43.22	■■■■■ 4.51
SMAD4-213	ENST00000591914	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	43.22	■■■■■ 4.51
SMAD4-213	ENST00000591914	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	43.2	■■■■■ 4.51
SMAD4-213	ENST00000591914	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		43.2	■■■■■ 4.51
SMAD4-213	ENST00000591914	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		43.19	■■■■■ 4.5
SMAD4-213	ENST00000591914	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	43.18	■■■■■ 4.5
SMAD4-213	ENST00000591914	ATP10A	O60312	1499 aa		43.18	■■■■■ 4.5
SMAD4-213	ENST00000591914	MAP3K1	Q13233	1512 aa		43.17	■■■■■ 4.5
SMAD4-213	ENST00000591914	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	43.17	■■■■■ 4.5
SMAD4-213	ENST00000591914	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		43.16	■■■■■ 4.5
SMAD4-213	ENST00000591914	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		43.14	■■■■■ 4.5
SMAD4-213	ENST00000591914	NCOA2	Q15596	1464 aa		43.13	■■■■■ 4.5
SMAD4-213	ENST00000591914	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		43.13	■■■■■ 4.49
SMAD4-213	ENST00000591914	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		43.13	■■■■■ 4.49
SMAD4-213	ENST00000591914	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		43.12	■■■■■ 4.49
SMAD4-213	ENST00000591914	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		43.12	■■■■■ 4.49
SMAD4-213	ENST00000591914	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		43.08	■■■■■ 4.49
SMAD4-213	ENST00000591914	MADD	Q8WXG6	1647 aa		43.07	■■■■■ 4.48
SMAD4-213	ENST00000591914	ABCA6	Q8N139	1617 aa		43.04	■■■■■ 4.48
SMAD4-213	ENST00000591914	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	43.04	■■■■■ 4.48	3e-7	■□□□□ 10.2
SMAD4-213	ENST00000591914	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		43.03	■■■■■ 4.48
SMAD4-213	ENST00000591914	PTPRM	P28827	1452 aa		43.02	■■■■■ 4.48
SMAD4-213	ENST00000591914	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		43.02	■■■■■ 4.48
SMAD4-213	ENST00000591914	RERE	Q9P2R6	1566 aa		43.01	■■■■■ 4.48
SMAD4-213	ENST00000591914	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	42.98	■■■■■ 4.47
SMAD4-213	ENST00000591914	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	42.98	■■■■■ 4.47
SMAD4-213	ENST00000591914	MBD5	Q9P267	1494 aa		42.92	■■■■■ 4.46
SMAD4-213	ENST00000591914	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	42.92	■■■■■ 4.46
SMAD4-213	ENST00000591914	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	42.92	■■■■■ 4.46
SMAD4-213	ENST00000591914	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	42.89	■■■■■ 4.46
SMAD4-213	ENST00000591914	MLEC	Q14165	292 aa		42.88	■■■■■ 4.45
SMAD4-213	ENST00000591914	ATP7A	Q04656	1500 aa		42.87	■■■■■ 4.45
SMAD4-213	ENST00000591914	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		42.86	■■■■■ 4.45
SMAD4-213	ENST00000591914	AGL	P35573	1532 aa		42.86	■■■■■ 4.45
SMAD4-213	ENST00000591914	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		42.84	■■■■■ 4.45
SMAD4-213	ENST00000591914	APLP2	Q06481	763 aa		42.84	■■■■■ 4.45
SMAD4-213	ENST00000591914	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		42.75	■■■■■ 4.43
SMAD4-213	ENST00000591914	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		42.74	■■■■■ 4.43
SMAD4-213	ENST00000591914	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		42.72	■■■■■ 4.43
SMAD4-213	ENST00000591914	MIA2	Q96PC5	1412 aa		42.71	■■■■■ 4.43
SMAD4-213	ENST00000591914	PLXNC1	O60486	1568 aa		42.7	■■■■■ 4.43
SMAD4-213	ENST00000591914	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		42.7	■■■■■ 4.43
SMAD4-213	ENST00000591914	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		42.7	■■■■■ 4.43
SMAD4-213	ENST00000591914	A2M	P01023	1474 aa		42.68	■■■■■ 4.42
SMAD4-213	ENST00000591914	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		42.66	■■■■■ 4.42
SMAD4-213	ENST00000591914	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		42.55	■■■■■ 4.4
SMAD4-213	ENST00000591914	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		42.52	■■■■■ 4.4
SMAD4-213	ENST00000591914	TSPY4	P0CV99	314 aa		42.5	■■■■■ 4.39
SMAD4-213	ENST00000591914	TSPY10	P0CW01	314 aa		42.5	■■■■■ 4.39
SMAD4-213	ENST00000591914	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	42.5	■■■■■ 4.39
SMAD4-213	ENST00000591914	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		42.48	■■■■■ 4.39
SMAD4-213	ENST00000591914	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		42.48	■■■■■ 4.39
SMAD4-213	ENST00000591914	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	42.48	■■■■■ 4.39
SMAD4-213	ENST00000591914	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		42.47	■■■■■ 4.39
SMAD4-213	ENST00000591914	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	42.47	■■■■■ 4.39
SMAD4-213	ENST00000591914	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		42.46	■■■■■ 4.39
SMAD4-213	ENST00000591914	C3	P01024	1663 aa		42.44	■■■■■ 4.39
SMAD4-213	ENST00000591914	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	42.41	■■■■■ 4.38
SMAD4-213	ENST00000591914	MROH2A	A6NES4	1674 aa		42.4	■■■■■ 4.38
SMAD4-213	ENST00000591914	GGT6	Q6P531	493 aa		42.36	■■■■■ 4.37
SMAD4-213	ENST00000591914	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		42.35	■■■■■ 4.37
SMAD4-213	ENST00000591914	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		42.33	■■■■■ 4.37
SMAD4-213	ENST00000591914	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		42.33	■■■■■ 4.37
SMAD4-213	ENST00000591914	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	42.32	■■■■■ 4.37
SMAD4-213	ENST00000591914	ABCC5	O15440	1437 aa		42.32	■■■■■ 4.37
SMAD4-213	ENST00000591914	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		42.31	■■■■■ 4.36
SMAD4-213	ENST00000591914	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	42.29	■■■■■ 4.36
SMAD4-213	ENST00000591914	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	42.29	■■■■■ 4.36
SMAD4-213	ENST00000591914	KIF3B	O15066	747 aa		42.29	■■■■■ 4.36
SMAD4-213	ENST00000591914	ZMYM3	Q14202	1370 aa		42.28	■■■■■ 4.36
SMAD4-213	ENST00000591914	DAPK1	P53355	1430 aa		42.27	■■■■■ 4.36
SMAD4-213	ENST00000591914	HSPA2	P54652	639 aa		42.23	■■■■■ 4.35
SMAD4-213	ENST00000591914	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		42.21	■■■■■ 4.35
SMAD4-213	ENST00000591914	NPAT	Q14207	1427 aa		42.2	■■■■■ 4.35
SMAD4-213	ENST00000591914	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		42.2	■■■■■ 4.35
SMAD4-213	ENST00000591914	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	42.18	■■■■■ 4.34

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 105.7 ms