RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000586407.1

LIG3-208, Transcript of DNA ligase 3, humanhuman

TSL 5

Gene LIG3, Length 815 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3-208ENST00000586407 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa45.17■■■■■ 4.82
LIG3-208ENST00000586407 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa45.15■■■■■ 4.82
LIG3-208ENST00000586407 PREX2Q70Z35 1606 aa45.14■■■■■ 4.82
LIG3-208ENST00000586407 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa45.12■■■■■ 4.81
LIG3-208ENST00000586407 POGZQ7Z3K3 1410 aa45.11■■■■■ 4.81
LIG3-208ENST00000586407 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa45.1■■■■■ 4.81
LIG3-208ENST00000586407 YEATS2Q9ULM3 1422 aa45.05■■■■■ 4.8
LIG3-208ENST00000586407 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa45.04■■■■■ 4.8
LIG3-208ENST00000586407 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa44.97■■■■■ 4.79
LIG3-208ENST00000586407 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP44.97■■■■■ 4.79
LIG3-208ENST00000586407 MTUS2Q5JR59 1369 aa44.96■■■■■ 4.79
LIG3-208ENST00000586407 ADAMTSL3P82987 1691 aa44.94■■■■■ 4.78
LIG3-208ENST00000586407 BCORL1Q5H9F3 1711 aa44.94■■■■■ 4.78
LIG3-208ENST00000586407 MAGI2Q86UL8 1455 aa44.92■■■■■ 4.78
LIG3-208ENST00000586407 ABCC1P33527 1531 aa44.92■■■■■ 4.78
LIG3-208ENST00000586407 ITSN2Q9NZM3 1697 aa44.9■■■■■ 4.78
LIG3-208ENST00000586407 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa44.9■■■■■ 4.78
LIG3-208ENST00000586407 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP44.9■■■■■ 4.78
LIG3-208ENST00000586407 AFAP1Q8N556 730 aa44.89■■■■■ 4.78
LIG3-208ENST00000586407 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa44.89■■■■■ 4.78
LIG3-208ENST00000586407 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa44.87■■■■■ 4.77
LIG3-208ENST00000586407 KDM5CP41229 1560 aa44.86■■■■■ 4.77
LIG3-208ENST00000586407 VPS8Q8N3P4 1428 aa44.84■■■■■ 4.77
LIG3-208ENST00000586407 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP44.84■■■■■ 4.77
LIG3-208ENST00000586407 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa44.84■■■■■ 4.77
LIG3-208ENST00000586407 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa44.84■■■■■ 4.77
LIG3-208ENST00000586407 MADDQ8WXG6 1647 aa44.83■■■■■ 4.77
LIG3-208ENST00000586407 CCNB3Q8WWL7 1395 aa44.8■■■■■ 4.76
LIG3-208ENST00000586407 HECW2Q9P2P5 1572 aa44.79■■■■■ 4.76
LIG3-208ENST00000586407 TIAM1Q13009 1591 aa44.77■■■■■ 4.76
LIG3-208ENST00000586407 ATP10AO60312 1499 aa44.75■■■■■ 4.75
LIG3-208ENST00000586407 MYT1LQ9UL68 1186 aa44.74■■■■■ 4.75
LIG3-208ENST00000586407 SYCP2Q9BX26 1530 aa44.74■■■■■ 4.75
LIG3-208ENST00000586407 PTPRMP28827 1452 aa44.72■■■■■ 4.75
LIG3-208ENST00000586407 RIMS1Q86UR5 1692 aaKnown RBP44.71■■■■■ 4.75
LIG3-208ENST00000586407 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa44.71■■■■■ 4.75
LIG3-208ENST00000586407 C9orf84Q5VXU9 1444 aa44.7■■■■■ 4.75
LIG3-208ENST00000586407 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP44.7■■■■■ 4.75
LIG3-208ENST00000586407 ABCA6Q8N139 1617 aa44.7■■■■■ 4.75
LIG3-208ENST00000586407 MLECQ14165 292 aa44.67■■■■■ 4.74
LIG3-208ENST00000586407 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP44.66■■■■■ 4.74
LIG3-208ENST00000586407 MLH3Q9UHC1 1453 aa44.65■■■■■ 4.74
LIG3-208ENST00000586407 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa44.64■■■■■ 4.74
LIG3-208ENST00000586407 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP44.63■■■■■ 4.74
LIG3-208ENST00000586407 NCOA2Q15596 1464 aa44.61■■■■■ 4.73
LIG3-208ENST00000586407 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa44.58■■■■■ 4.73
LIG3-208ENST00000586407 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP44.57■■■■■ 4.73
LIG3-208ENST00000586407 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa44.54■■■■■ 4.72
LIG3-208ENST00000586407 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa44.54■■■■■ 4.72
LIG3-208ENST00000586407 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa44.52■■■■■ 4.72
LIG3-208ENST00000586407 PLPPR3Q6T4P5 718 aa44.5■■■■■ 4.71
LIG3-208ENST00000586407 REREQ9P2R6 1566 aa44.5■■■■■ 4.71
LIG3-208ENST00000586407 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP44.48■■■■■ 4.71
LIG3-208ENST00000586407 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP44.46■■■■■ 4.71
LIG3-208ENST00000586407 MAP3K1Q13233 1512 aa44.45■■■■■ 4.71
LIG3-208ENST00000586407 ATP7AQ04656 1500 aa44.44■■■■■ 4.7
LIG3-208ENST00000586407 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP44.43■■■■■ 4.7
LIG3-208ENST00000586407 MBD5Q9P267 1494 aa44.39■■■■■ 4.7
LIG3-208ENST00000586407 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa44.38■■■■■ 4.69
LIG3-208ENST00000586407 AGLP35573 1532 aa44.35■■■■■ 4.69
LIG3-208ENST00000586407 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP44.23■■■■■ 4.67
LIG3-208ENST00000586407 APLP2Q06481 763 aa44.22■■■■■ 4.67
LIG3-208ENST00000586407 PLXNC1O60486 1568 aa44.22■■■■■ 4.67
LIG3-208ENST00000586407 A2MP01023 1474 aa44.21■■■■■ 4.67
LIG3-208ENST00000586407 CCDC141Q6ZP82 1450 aa44.21■■■■■ 4.67
LIG3-208ENST00000586407 LMTK3Q96Q04 1460 aa44.21■■■■■ 4.67
LIG3-208ENST00000586407 ADGBQ8N7X0 1667 aa44.2■■■■■ 4.67
LIG3-208ENST00000586407 MYOM3Q5VTT5 1437 aa44.16■■■■■ 4.66
LIG3-208ENST00000586407 ARHGEF5Q12774 1597 aa44.14■■■■■ 4.66
LIG3-208ENST00000586407 C3P01024 1663 aa44.13■■■■■ 4.65
LIG3-208ENST00000586407 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa44.12■■■■■ 4.65
LIG3-208ENST00000586407 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP44.06■■■■■ 4.64
LIG3-208ENST00000586407 HSPA2P54652 639 aa44.05■■■■■ 4.64
LIG3-208ENST00000586407 MIA2Q96PC5 1412 aa44.04■■■■■ 4.64
LIG3-208ENST00000586407 RSPH4AQ5TD94 716 aa44.02■■■■■ 4.64
LIG3-208ENST00000586407 PREX1Q8TCU6 1659 aa44.02■■■■■ 4.64
LIG3-208ENST00000586407 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP44■■■■■ 4.63
LIG3-208ENST00000586407 GGT6Q6P531 493 aa43.98■■■■■ 4.63
LIG3-208ENST00000586407 CNTLNQ9NXG0 1405 aa43.97■■■■■ 4.63
LIG3-208ENST00000586407 PTPN23Q9H3S7 1636 aa43.95■■■■■ 4.63
LIG3-208ENST00000586407 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP43.95■■■■■ 4.63
LIG3-208ENST00000586407 MROH2AA6NES4 1674 aa43.95■■■■■ 4.63
LIG3-208ENST00000586407 TSPY4P0CV99 314 aa43.93■■■■■ 4.62
LIG3-208ENST00000586407 TSPY10P0CW01 314 aa43.93■■■■■ 4.62
LIG3-208ENST00000586407 MAST1Q9Y2H9 1570 aa43.92■■■■■ 4.62
LIG3-208ENST00000586407 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP43.89■■■■■ 4.62
LIG3-208ENST00000586407 FGD6Q6ZV73 1430 aa43.86■■■■■ 4.61
LIG3-208ENST00000586407 ZMYM3Q14202 1370 aa43.84■■■■■ 4.61
LIG3-208ENST00000586407 KIF3BO15066 747 aa43.84■■■■■ 4.61
LIG3-208ENST00000586407 CROCC2H7BZ55 1655 aa43.83■■■■■ 4.61
LIG3-208ENST00000586407 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa43.82■■■■■ 4.61
LIG3-208ENST00000586407 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP43.78■■■■■ 4.6
LIG3-208ENST00000586407 ABCC5O15440 1437 aa43.77■■■■■ 4.6
LIG3-208ENST00000586407 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP43.74■■■■■ 4.59
LIG3-208ENST00000586407 DAPK1P53355 1430 aa43.71■■■■■ 4.59
LIG3-208ENST00000586407 NPATQ14207 1427 aa43.69■■■■■ 4.58
LIG3-208ENST00000586407 SHANK2Q9UPX8 1470 aa43.69■■■■■ 4.58
LIG3-208ENST00000586407 PPP6R1Q9UPN7 881 aa43.68■■■■■ 4.58
LIG3-208ENST00000586407 PTPRKQ15262 1439 aa43.67■■■■■ 4.58
LIG3-208ENST00000586407 KDM5DQ9BY66 1539 aa43.66■■■■■ 4.58
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 16.4 ms