RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561505.2

CLN3-208, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene CLN3, Length 495 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-208ENST00000561505 RIMS1Q86UR5 1692 aaKnown RBP27.28■■□□□ 1.96
CLN3-208ENST00000561505 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP27.28■■□□□ 1.96
CLN3-208ENST00000561505 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa27.27■■□□□ 1.96
CLN3-208ENST00000561505 FBXO41Q8TF61 875 aa27.27■■□□□ 1.96
CLN3-208ENST00000561505 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP27.24■■□□□ 1.95
CLN3-208ENST00000561505 ATP10AO60312 1499 aa27.24■■□□□ 1.95
CLN3-208ENST00000561505 MYO5CQ9NQX4 1742 aa27.21■■□□□ 1.95
CLN3-208ENST00000561505 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa27.2■■□□□ 1.94
CLN3-208ENST00000561505 KIF14Q15058 1648 aa27.19■■□□□ 1.94
CLN3-208ENST00000561505 C9orf84Q5VXU9 1444 aa27.17■■□□□ 1.94
CLN3-208ENST00000561505 KDM5CP41229 1560 aa27.17■■□□□ 1.94
CLN3-208ENST00000561505 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa27.16■■□□□ 1.94
CLN3-208ENST00000561505 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP27.15■■□□□ 1.94
CLN3-208ENST00000561505 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa27.15■■□□□ 1.94
CLN3-208ENST00000561505 CLIP1P30622 1438 aa27.13■■□□□ 1.93
CLN3-208ENST00000561505 EHMT2Q96KQ7 1210 aa27.11■■□□□ 1.93
CLN3-208ENST00000561505 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa27.11■■□□□ 1.93
CLN3-208ENST00000561505 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa27.1■■□□□ 1.93
CLN3-208ENST00000561505 HSPA2P54652 639 aa27.1■■□□□ 1.93
CLN3-208ENST00000561505 AFAP1Q8N556 730 aa27.1■■□□□ 1.93
CLN3-208ENST00000561505 ARHGAP5Q13017 1502 aa27.09■■□□□ 1.93
CLN3-208ENST00000561505 REREQ9P2R6 1566 aa27.09■■□□□ 1.93
CLN3-208ENST00000561505 MLH3Q9UHC1 1453 aa27.08■■□□□ 1.93
CLN3-208ENST00000561505 MLECQ14165 292 aa27.08■■□□□ 1.93
CLN3-208ENST00000561505 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa27.07■■□□□ 1.92
CLN3-208ENST00000561505 CCDC18Q5T9S5 1454 aa27.06■■□□□ 1.92
CLN3-208ENST00000561505 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa27.04■■□□□ 1.92
CLN3-208ENST00000561505 PREX2Q70Z35 1606 aa27.01■■□□□ 1.92
CLN3-208ENST00000561505 AGLP35573 1532 aa27■■□□□ 1.91
CLN3-208ENST00000561505 ABCC1P33527 1531 aa27■■□□□ 1.91
CLN3-208ENST00000561505 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa26.99■■□□□ 1.91
CLN3-208ENST00000561505 PREX1Q8TCU6 1659 aa26.97■■□□□ 1.91
CLN3-208ENST00000561505 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP26.96■■□□□ 1.91
CLN3-208ENST00000561505 PLPPR3Q6T4P5 718 aa26.96■■□□□ 1.91
CLN3-208ENST00000561505 ABCA6Q8N139 1617 aa26.96■■□□□ 1.91
CLN3-208ENST00000561505 FYCO1Q9BQS8 1478 aa26.95■■□□□ 1.91
CLN3-208ENST00000561505 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP26.93■■□□□ 1.9
CLN3-208ENST00000561505 ITSN2Q9NZM3 1697 aa26.92■■□□□ 1.9
CLN3-208ENST00000561505 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa26.9■■□□□ 1.9
CLN3-208ENST00000561505 CERKQ8TCT0 537 aa26.9■■□□□ 1.9
CLN3-208ENST00000561505 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa26.89■■□□□ 1.9
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CLN3-208ENST00000561505 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa26.86■■□□□ 1.89
CLN3-208ENST00000561505 STRCQ7RTU9 1775 aa26.86■■□□□ 1.89
CLN3-208ENST00000561505 DMRT2Q9Y5R5 561 aa26.84■■□□□ 1.89
CLN3-208ENST00000561505 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa26.84■■□□□ 1.89
CLN3-208ENST00000561505 C3P01024 1663 aa26.83■■□□□ 1.89
CLN3-208ENST00000561505 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa26.82■■□□□ 1.88
CLN3-208ENST00000561505 MYT1LQ9UL68 1186 aa26.82■■□□□ 1.88
CLN3-208ENST00000561505 CNTLNQ9NXG0 1405 aa26.82■■□□□ 1.88
CLN3-208ENST00000561505 PTPRTO14522 1441 aa26.78■■□□□ 1.88
CLN3-208ENST00000561505 SYCP2Q9BX26 1530 aa26.75■■□□□ 1.87
CLN3-208ENST00000561505 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa26.74■■□□□ 1.87
CLN3-208ENST00000561505 NPATQ14207 1427 aa26.73■■□□□ 1.87
CLN3-208ENST00000561505 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP26.73■■□□□ 1.87
CLN3-208ENST00000561505 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP26.73■■□□□ 1.87
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CLN3-208ENST00000561505 PLXNC1O60486 1568 aa26.71■■□□□ 1.87
CLN3-208ENST00000561505 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP26.7■■□□□ 1.86
CLN3-208ENST00000561505 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP26.7■■□□□ 1.86
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CLN3-208ENST00000561505 ZMYM3Q14202 1370 aa26.68■■□□□ 1.86
CLN3-208ENST00000561505 CCNB3Q8WWL7 1395 aa26.68■■□□□ 1.86
CLN3-208ENST00000561505 NCOA1Q15788 1441 aa26.66■■□□□ 1.86
CLN3-208ENST00000561505 A2MP01023 1474 aa26.64■■□□□ 1.86
CLN3-208ENST00000561505 MBD5Q9P267 1494 aa26.63■■□□□ 1.85
CLN3-208ENST00000561505 MTUS2Q5JR59 1369 aa26.63■■□□□ 1.85
CLN3-208ENST00000561505 PPP6R1Q9UPN7 881 aa26.63■■□□□ 1.85
CLN3-208ENST00000561505 LTBP4Q8N2S1 1624 aa26.62■■□□□ 1.85
CLN3-208ENST00000561505 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP26.59■■□□□ 1.85
CLN3-208ENST00000561505 TIAM1Q13009 1591 aa26.59■■□□□ 1.85
CLN3-208ENST00000561505 CEP162Q5TB80 1403 aa26.59■■□□□ 1.85
CLN3-208ENST00000561505 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa26.58■■□□□ 1.85
CLN3-208ENST00000561505 PTPRKQ15262 1439 aa26.57■■□□□ 1.84
CLN3-208ENST00000561505 IQSEC2Q5JU85 1478 aa26.57■■□□□ 1.84
CLN3-208ENST00000561505 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa26.57■■□□□ 1.84
CLN3-208ENST00000561505 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP26.57■■□□□ 1.84
CLN3-208ENST00000561505 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa26.54■■□□□ 1.84
CLN3-208ENST00000561505 ADGBQ8N7X0 1667 aa26.54■■□□□ 1.84
CLN3-208ENST00000561505 PLA2R1Q13018 1463 aa26.53■■□□□ 1.84
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CLN3-208ENST00000561505 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP26.52■■□□□ 1.84
CLN3-208ENST00000561505 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP26.5■■□□□ 1.83
CLN3-208ENST00000561505 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP26.49■■□□□ 1.83
CLN3-208ENST00000561505 GGT6Q6P531 493 aa26.48■■□□□ 1.83
CLN3-208ENST00000561505 MYO3AQ8NEV4 1616 aa26.47■■□□□ 1.83
CLN3-208ENST00000561505 PKD2Q13563 968 aa26.46■■□□□ 1.83
CLN3-208ENST00000561505 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP26.46■■□□□ 1.83
CLN3-208ENST00000561505 RSPH4AQ5TD94 716 aa26.45■■□□□ 1.82
CLN3-208ENST00000561505 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa26.43■■□□□ 1.82
CLN3-208ENST00000561505 FAM135AQ9P2D6 1515 aa26.43■■□□□ 1.82
CLN3-208ENST00000561505 NCOA2Q15596 1464 aa26.42■■□□□ 1.82
CLN3-208ENST00000561505 CCDC141Q6ZP82 1450 aa26.41■■□□□ 1.82
CLN3-208ENST00000561505 A2ML1A8K2U0 1454 aa26.4■■□□□ 1.82
CLN3-208ENST00000561505 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa26.37■■□□□ 1.81
CLN3-208ENST00000561505 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP26.36■■□□□ 1.81
CLN3-208ENST00000561505 ARHGEF5Q12774 1597 aa26.35■■□□□ 1.81
CLN3-208ENST00000561505 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP26.35■■□□□ 1.81
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