RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000487284.2

CUX1-209, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

TSL 2

Gene CUX1, Length 1,566 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-209ENST00000487284 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa21.44■■□□□ 1.02
CUX1-209ENST00000487284 PLCH2O75038 1416 aa21.43■■□□□ 1.02
CUX1-209ENST00000487284 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP21.43■■□□□ 1.02
CUX1-209ENST00000487284 ARHGAP5Q13017 1502 aa21.43■■□□□ 1.02
CUX1-209ENST00000487284 FAM69CQ0P6D2 419 aa21.42■■□□□ 1.02
CUX1-209ENST00000487284 CD109Q6YHK3 1445 aa21.41■■□□□ 1.02
CUX1-209ENST00000487284 ARAP3Q8WWN8 1544 aa21.41■■□□□ 1.02
CUX1-209ENST00000487284 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP21.4■■□□□ 1.02
CUX1-209ENST00000487284 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP21.39■■□□□ 1.01
CUX1-209ENST00000487284 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP21.38■■□□□ 1.01
CUX1-209ENST00000487284 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa21.38■■□□□ 1.01
CUX1-209ENST00000487284 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa21.38■■□□□ 1.01
CUX1-209ENST00000487284 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP21.38■■□□□ 1.01
CUX1-209ENST00000487284 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP21.37■■□□□ 1.01
CUX1-209ENST00000487284 TSPOAP1O95153 1857 aa21.36■■□□□ 1.01
CUX1-209ENST00000487284 FANCAO15360 1455 aa21.35■■□□□ 1.01
CUX1-209ENST00000487284 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa21.34■■□□□ 1.01
CUX1-209ENST00000487284 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP21.33■■□□□ 1.01
CUX1-209ENST00000487284 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP21.31■■□□□ 1
CUX1-209ENST00000487284 CFAP74Q9C0B2 1584 aa21.3■■□□□ 1
CUX1-209ENST00000487284 ABCC1P33527 1531 aa21.29■■□□□ 1
CUX1-209ENST00000487284 SYCP2Q9BX26 1530 aa21.29■■□□□ 1
CUX1-209ENST00000487284 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP21.28■■□□□ 1
CUX1-209ENST00000487284 TRHP20396 242 aaPredicted RBP21.27■■□□□ 1
CUX1-209ENST00000487284 ITGAEP38570 1179 aa21.27■■□□□ 1
CUX1-209ENST00000487284 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa21.27■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa21.26■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 NEO1Q92859 1461 aa21.26■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 AKNAQ7Z591 1439 aa21.26■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 ADGRL1O94910 1474 aa21.25■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 MBD5Q9P267 1494 aa21.25■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP21.25■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 ARHGEF5Q12774 1597 aa21.25■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa21.24■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP21.24■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 TEX14Q8IWB6 1497 aa21.24■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 DAPK1P53355 1430 aa21.24■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 CROCC2H7BZ55 1655 aa21.23■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 ABCC5O15440 1437 aa21.22■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 PTPRKQ15262 1439 aa21.22■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 SCAPERQ9BY12 1400 aa21.21■□□□□ 0.99
CUX1-209ENST00000487284 CCDC141Q6ZP82 1450 aa21.2■□□□□ 0.98
CUX1-209ENST00000487284 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa21.19■□□□□ 0.98
CUX1-209ENST00000487284 SHANK2Q9UPX8 1470 aa21.15■□□□□ 0.98
CUX1-209ENST00000487284 RSPH4AQ5TD94 716 aa21.14■□□□□ 0.98
CUX1-209ENST00000487284 CHIC2Q9UKJ5 165 aa21.14■□□□□ 0.98
CUX1-209ENST00000487284 SETD5Q9C0A6 1442 aa21.14■□□□□ 0.98
CUX1-209ENST00000487284 GCC2Q8IWJ2 1684 aa21.14■□□□□ 0.98
CUX1-209ENST00000487284 ADGBQ8N7X0 1667 aa21.14■□□□□ 0.98
CUX1-209ENST00000487284 POGZQ7Z3K3 1410 aa21.14■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 AFAP1Q8N556 730 aa21.13■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 C9orf84Q5VXU9 1444 aa21.13■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 RICTORQ6R327 1708 aa21.13■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP21.13■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa21.12■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa21.12■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 MAST1Q9Y2H9 1570 aa21.11■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 TSPY4P0CV99 314 aa21.1■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 TSPY10P0CW01 314 aa21.1■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 KDM5CP41229 1560 aa21.1■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 FRMPD1Q5SYB0 1578 aa21.1■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP21.09■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 HFM1A2PYH4 1435 aa21.08■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 ADGRL2O95490 1459 aa21.08■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP21.08■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 RAPGEF3O95398 923 aa21.08■□□□□ 0.97
CUX1-209ENST00000487284 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP21.08■□□□□ 0.96
CUX1-209ENST00000487284 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa21.08■□□□□ 0.96
CUX1-209ENST00000487284 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP21.06■□□□□ 0.96
CUX1-209ENST00000487284 ROCK1Q13464 1354 aa21.06■□□□□ 0.96
CUX1-209ENST00000487284 ATP7AQ04656 1500 aa21.06■□□□□ 0.96
CUX1-209ENST00000487284 NCOA1Q15788 1441 aa21.06■□□□□ 0.96
CUX1-209ENST00000487284 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa21.06■□□□□ 0.96
CUX1-209ENST00000487284 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa21.04■□□□□ 0.96
CUX1-209ENST00000487284 PLXNC1O60486 1568 aa21.04■□□□□ 0.96
CUX1-209ENST00000487284 HECW2Q9P2P5 1572 aa21.04■□□□□ 0.96
CUX1-209ENST00000487284 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa21.04■□□□□ 0.96
CUX1-209ENST00000487284 NAIPQ13075 1403 aa21.03■□□□□ 0.96
CUX1-209ENST00000487284 CLSPNQ9HAW4 1339 aa21.03■□□□□ 0.96
CUX1-209ENST00000487284 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa21.03■□□□□ 0.96
CUX1-209ENST00000487284 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa21.02■□□□□ 0.95
CUX1-209ENST00000487284 MLH3Q9UHC1 1453 aa21.01■□□□□ 0.95
CUX1-209ENST00000487284 KDM6BO15054 1643 aa21■□□□□ 0.95
CUX1-209ENST00000487284 KIF15Q9NS87 1388 aa21■□□□□ 0.95
CUX1-209ENST00000487284 MYT1LQ9UL68 1186 aa20.99■□□□□ 0.95
CUX1-209ENST00000487284 ABCA6Q8N139 1617 aa20.97■□□□□ 0.95
CUX1-209ENST00000487284 YEATS2Q9ULM3 1422 aa20.95■□□□□ 0.94
CUX1-209ENST00000487284 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa20.94■□□□□ 0.94
CUX1-209ENST00000487284 DUOX2Q9NRD8 1548 aa20.93■□□□□ 0.94
CUX1-209ENST00000487284 MAGI2Q86UL8 1455 aa20.93■□□□□ 0.94
CUX1-209ENST00000487284 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa20.93■□□□□ 0.94
CUX1-209ENST00000487284 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa20.89■□□□□ 0.93
CUX1-209ENST00000487284 ERBINQ96RT1 1412 aa20.87■□□□□ 0.93
CUX1-209ENST00000487284 A2MP01023 1474 aa20.87■□□□□ 0.93
CUX1-209ENST00000487284 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP20.87■□□□□ 0.93
CUX1-209ENST00000487284 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP20.84■□□□□ 0.93
CUX1-209ENST00000487284 ATP10AO60312 1499 aa20.83■□□□□ 0.93
CUX1-209ENST00000487284 REREQ9P2R6 1566 aa20.81■□□□□ 0.92
CUX1-209ENST00000487284 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa20.8■□□□□ 0.92
CUX1-209ENST00000487284 UNC13BO14795 1591 aa20.8■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 31.7 ms