RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, humanhuman

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4-208ENST00000460289 MTUS2Q5JR59 1369 aa36.62■■■■□ 3.45
PTPN4-208ENST00000460289 POGZQ7Z3K3 1410 aa36.61■■■■□ 3.45
PTPN4-208ENST00000460289 MAGI2Q86UL8 1455 aa36.59■■■■□ 3.45
PTPN4-208ENST00000460289 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa36.59■■■■□ 3.45
PTPN4-208ENST00000460289 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa36.56■■■■□ 3.44
PTPN4-208ENST00000460289 PREX2Q70Z35 1606 aa36.56■■■■□ 3.44
PTPN4-208ENST00000460289 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP36.54■■■■□ 3.44
PTPN4-208ENST00000460289 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa36.54■■■■□ 3.44
PTPN4-208ENST00000460289 VPS8Q8N3P4 1428 aa36.51■■■■□ 3.44
PTPN4-208ENST00000460289 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa36.51■■■■□ 3.44
PTPN4-208ENST00000460289 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa36.51■■■■□ 3.44
PTPN4-208ENST00000460289 AFAP1Q8N556 730 aa36.49■■■■□ 3.43
PTPN4-208ENST00000460289 CCNB3Q8WWL7 1395 aa36.49■■■■□ 3.43
PTPN4-208ENST00000460289 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP36.49■■■■□ 3.43
PTPN4-208ENST00000460289 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa36.48■■■■□ 3.43
PTPN4-208ENST00000460289 YEATS2Q9ULM3 1422 aa36.48■■■■□ 3.43
PTPN4-208ENST00000460289 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa36.45■■■■□ 3.43
PTPN4-208ENST00000460289 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP36.45■■■■□ 3.43
PTPN4-208ENST00000460289 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP36.44■■■■□ 3.42
PTPN4-208ENST00000460289 ABCC1P33527 1531 aa36.41■■■■□ 3.42
PTPN4-208ENST00000460289 MYT1LQ9UL68 1186 aa36.41■■■■□ 3.42
PTPN4-208ENST00000460289 KDM5CP41229 1560 aa36.39■■■■□ 3.42
PTPN4-208ENST00000460289 ATP10AO60312 1499 aa36.38■■■■□ 3.41
PTPN4-208ENST00000460289 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa36.38■■■■□ 3.41
PTPN4-208ENST00000460289 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa36.36■■■■□ 3.41
PTPN4-208ENST00000460289 TIAM1Q13009 1591 aa36.35■■■■□ 3.41
PTPN4-208ENST00000460289 ADAMTSL3P82987 1691 aa36.35■■■■□ 3.41
PTPN4-208ENST00000460289 BCORL1Q5H9F3 1711 aa36.34■■■■□ 3.41
PTPN4-208ENST00000460289 MLH3Q9UHC1 1453 aa36.32■■■■□ 3.41
PTPN4-208ENST00000460289 C9orf84Q5VXU9 1444 aa36.32■■■■□ 3.4
PTPN4-208ENST00000460289 ITSN2Q9NZM3 1697 aa36.32■■■■□ 3.4
PTPN4-208ENST00000460289 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa36.31■■■■□ 3.4
PTPN4-208ENST00000460289 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa36.31■■■■□ 3.4
PTPN4-208ENST00000460289 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP36.3■■■■□ 3.41e-9■■■■■ 28.9
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PTPN4-208ENST00000460289 HECW2Q9P2P5 1572 aa36.29■■■■□ 3.4
PTPN4-208ENST00000460289 MAP3K1Q13233 1512 aa36.26■■■■□ 3.4
PTPN4-208ENST00000460289 NCOA2Q15596 1464 aa36.25■■■■□ 3.39
PTPN4-208ENST00000460289 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP36.25■■■■□ 3.39
PTPN4-208ENST00000460289 PTPRMP28827 1452 aa36.24■■■■□ 3.39
PTPN4-208ENST00000460289 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa36.24■■■■□ 3.39
PTPN4-208ENST00000460289 SYCP2Q9BX26 1530 aa36.24■■■■□ 3.39
PTPN4-208ENST00000460289 MLECQ14165 292 aa36.22■■■■□ 3.39
PTPN4-208ENST00000460289 APLP2Q06481 763 aa36.21■■■■□ 3.39
PTPN4-208ENST00000460289 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa36.2■■■■□ 3.39
PTPN4-208ENST00000460289 MADDQ8WXG6 1647 aa36.2■■■■□ 3.39
PTPN4-208ENST00000460289 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP36.2■■■■□ 3.39
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PTPN4-208ENST00000460289 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP36.18■■■■□ 3.38
PTPN4-208ENST00000460289 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP36.17■■■■□ 3.38
PTPN4-208ENST00000460289 REREQ9P2R6 1566 aa36.15■■■■□ 3.38
PTPN4-208ENST00000460289 ABCA6Q8N139 1617 aa36.14■■■■□ 3.38
PTPN4-208ENST00000460289 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa36.12■■■■□ 3.37
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PTPN4-208ENST00000460289 AGLP35573 1532 aa36.05■■■■□ 3.36
PTPN4-208ENST00000460289 ATP7AQ04656 1500 aa36.03■■■■□ 3.36
PTPN4-208ENST00000460289 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa36.01■■■■□ 3.36
PTPN4-208ENST00000460289 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa36■■■■□ 3.35
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PTPN4-208ENST00000460289 CCDC141Q6ZP82 1450 aa35.95■■■■□ 3.35
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PTPN4-208ENST00000460289 TSPY4P0CV99 314 aa35.92■■■■□ 3.34
PTPN4-208ENST00000460289 TSPY10P0CW01 314 aa35.92■■■■□ 3.34
PTPN4-208ENST00000460289 ARHGEF5Q12774 1597 aa35.86■■■■□ 3.33
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PTPN4-208ENST00000460289 PLXNC1O60486 1568 aa35.84■■■■□ 3.33
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PTPN4-208ENST00000460289 LMTK3Q96Q04 1460 aa35.78■■■■□ 3.32
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PTPN4-208ENST00000460289 PPP6R1Q9UPN7 881 aa35.77■■■■□ 3.32
PTPN4-208ENST00000460289 FGD6Q6ZV73 1430 aa35.68■■■■□ 3.3
PTPN4-208ENST00000460289 KIF3BO15066 747 aa35.68■■■■□ 3.3
PTPN4-208ENST00000460289 MAST1Q9Y2H9 1570 aa35.68■■■■□ 3.3
PTPN4-208ENST00000460289 PTPN23Q9H3S7 1636 aa35.67■■■■□ 3.3
PTPN4-208ENST00000460289 ZMYM3Q14202 1370 aa35.66■■■■□ 3.3
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PTPN4-208ENST00000460289 HSPA2P54652 639 aa35.65■■■■□ 3.3
PTPN4-208ENST00000460289 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP35.65■■■■□ 3.3
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PTPN4-208ENST00000460289 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa35.6■■■■□ 3.29
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PTPN4-208ENST00000460289 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP35.56■■■■□ 3.28
PTPN4-208ENST00000460289 NPATQ14207 1427 aa35.56■■■■□ 3.28
PTPN4-208ENST00000460289 SHANK2Q9UPX8 1470 aa35.54■■■■□ 3.28
PTPN4-208ENST00000460289 DAPK1P53355 1430 aa35.53■■■■□ 3.28
PTPN4-208ENST00000460289 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa35.52■■■■□ 3.28
PTPN4-208ENST00000460289 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP35.5■■■■□ 3.27
PTPN4-208ENST00000460289 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP35.49■■■■□ 3.27
PTPN4-208ENST00000460289 FAM135AQ9P2D6 1515 aa35.48■■■■□ 3.27
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