RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	TRIP12	Q14669	1992 aa	Predicted RBP	10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	RNF113A	O15541	343 aa	Known RBP	10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	PQBP1	O60828	265 aa	Known RBP	10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	PGK2	P07205	417 aa		10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	CLTB	P09497	229 aa		10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	FCER1A	P12319	257 aa		10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	RAG1	P15918	1043 aa		10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	GABPA	Q06546	454 aa		10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	TTC22	Q5TAA0	569 aa		10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	PTCRA	Q6ISU1	281 aa	Predicted RBP	10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	TRAF7	Q6Q0C0	670 aa		10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	LENG1	Q96BZ8	264 aa	Predicted RBP	10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	DYNLL2	Q96FJ2	89 aa		10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	CRNKL1	Q9BZJ0	848 aa	Known RBP	10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	MROH8	Q9H579	483 aa		10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	XPNPEP3	Q9NQH7	507 aa		10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	PRDM6	Q9NQX0	595 aa		10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	EVA1B	Q9NVM1	165 aa		10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	TACC3	Q9Y6A5	838 aa		10.37	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	MUC3A	Q02505	3323 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SALL3	Q9BXA9	1300 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SMIM22	K7EJ46	135 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	WNT7A	O00755	349 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	RAD21	O60216	631 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	RARB	P10826	455 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	AKR1B1	P15121	316 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	PDE6A	P16499	860 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	TAL1	P17542	331 aa	Predicted RBP	10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	MFAP1	P55081	439 aa	Known RBP	10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	WNT7B	P56706	349 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	TMEM132B	Q14DG7	1078 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	UBE3C	Q15386	1083 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SKIV2L	Q15477	1246 aa	Known RBP	10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	LYPD8	Q6UX82	237 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	TMEM179	Q6ZVK1	233 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SIAH1	Q8IUQ4	282 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	USP38	Q8NB14	1042 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	RUFY2	Q8WXA3	655 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	MMP19	Q99542	508 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	DIAPH3	Q9NSV4	1193 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	PHF24	Q9UPV7	400 aa		10.36	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	ZNF532	Q9HCE3	1301 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PQ45	241 aa	Predicted RBP	10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PQY0	241 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	DGAT1	O75907	488 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SDS	P20132	328 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	ICA1	Q05084	483 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	KCNH2	Q12809	1159 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	GRIN2C	Q14957	1233 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SLFNL1	Q499Z3	407 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	PKDCC	Q504Y2	493 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	C1orf53	Q5VUE5	145 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	RNF180	Q86T96	592 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	LCORL	Q8N3X6	602 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	MB21D1	Q8N884	522 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	PPM1E	Q8WY54	764 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	TINF2	Q9BSI4	451 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	ARMT1	Q9H993	441 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	ARHGEF10L	Q9HCE6	1279 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	DCP1A	Q9NPI6	582 aa	Predicted RBP	10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	TMEM39A	Q9NV64	488 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	FBXO28	Q9NVF7	368 aa		10.35	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	CYP2D7	A0A087X1C5	515 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	FAM187A	A6NFU0	413 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	PRKAB2	O43741	272 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	EIF5B	O60841	1220 aa	Known RBP	10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A27	O95847	323 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	APP	P05067	770 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	ADD2	P35612	726 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	SKOR1	P84550	965 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	FPGS	Q05932	587 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	AMOTL1	Q8IY63	956 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	ABRA	Q8N0Z2	381 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	CYP4X1	Q8N118	509 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	TSC1	Q92574	1164 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	VCPKMT	Q9H867	229 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	HELLS	Q9NRZ9	838 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	TMX2	Q9Y320	296 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	LCT	P09848	1927 aa		10.34	□□□□□ -0.75
USP4-213	ENST00000488520	HSFX4	A0A1B0GTS1	333 aa	Predicted RBP	10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	HSFX3	A0A1B0GWH4	333 aa	Predicted RBP	10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	TCRBV5S4A2T	A0A5A2	114 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	LCE2B	O14633	110 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	KIAA0355	O15063	1070 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	WDR46	O15213	610 aa	Known RBP	10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	ZNF865	P0CJ78	1059 aa	Predicted RBP	10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	GNAT2	P19087	354 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	STAT3	P40763	770 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	FAAP100	Q0VG06	881 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	KCTD2	Q14681	263 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	ZNF792	Q3KQV3	632 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	MCMDC2	Q4G0Z9	681 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	BMP2KL	Q5H9B9	411 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	KIAA1211	Q6ZU35	1233 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	APPBP2	Q92624	585 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	BUD13	Q9BRD0	619 aa	Known RBP eCLIP	10.33	□□□□□ -0.76	2e-7	■■■■□ 20.9
USP4-213	ENST00000488520	ZNF576	Q9H609	170 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	SH2D4A	Q9H788	454 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	STARD7	Q9NQZ5	370 aa		10.33	□□□□□ -0.76
USP4-213	ENST00000488520	TOR4A	Q9NXH8	423 aa		10.33	□□□□□ -0.76

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