RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478911.1

SUPT20H-215, Transcript of SPT20 homolog, SAGA complex component, human

TSL 3

Gene SUPT20H, Length 591 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SUPT20H-215	ENST00000478911	PRODH	O43272	600 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	VAMP4	O75379	141 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	ASMTL	O95671	621 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	PABPC1	P11940	636 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	L1CAM	P32004	1257 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	AMPD2	Q01433	879 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	PRKCQ	Q04759	706 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	MLANA	Q16655	118 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	GAB4	Q2WGN9	574 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	TKFC	Q3LXA3	575 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	FAM209A	Q5JX71	171 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	ZSWIM9	Q86XI8	627 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	C1QL4	Q86Z23	238 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	LRRC56	Q8IYG6	542 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	KISS1R	Q969F8	398 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	TCTN2	Q96GX1	697 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	CDC6	Q99741	560 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	IER2	Q9BTL4	223 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	NKX2-4	Q9H2Z4	354 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	FAM53C	Q9NYF3	392 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	WDR3	Q9UNX4	943 aa	Known RBP eCLIP	4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	GPR55	Q9Y2T6	319 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	MRPS23	Q9Y3D9	190 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	SNX11	Q9Y5W9	270 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	PITPNM2	Q9BZ72	1349 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	SBNO2	Q9Y2G9	1366 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	TMEM265	A0A087WTH1	108 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	CCDC163	A0A0D9SF12	145 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	PPP1R12A	O14974	1030 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	DLX3	O60479	287 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	CLSTN1	O94985	981 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	TSPAN15	O95858	294 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	CD3E	P07766	207 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	TPP2	P29144	1249 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	BMP8B	P34820	402 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	BUD31	P41223	144 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	GFRA1	P56159	465 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	POU4F1	Q01851	419 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	CYP4F3	Q08477	520 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	TCEA2	Q15560	299 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	SF1	Q15637	639 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	DPY19L1	Q2PZI1	675 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	CWF19L1	Q69YN2	538 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	NSMF	Q6X4W1	530 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	SCUBE1	Q8IWY4	988 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	SYNPO	Q8N3V7	929 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	FLAD1	Q8NFF5	587 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	UBE2F	Q969M7	185 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	PPP1R16B	Q96T49	567 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	FEZ1	Q99689	392 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	MCMBP	Q9BTE3	642 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	DHRS4	Q9BTZ2	278 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	CYP26B1	Q9NR63	512 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	ZSWIM5	Q9P217	1185 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	ZNF503-AS2	A6NEH8	195 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	STXBP3	O00186	592 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	AURKA	O14965	403 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	ZNF205	O95201	554 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	SCG5	P05408	212 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	SNRPB2	P08579	225 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	ZSCAN22	P10073	491 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	IFNGR1	P15260	489 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	VAV1	P15498	845 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	HOXC12	P31275	282 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	SUMO1	P63165	101 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	SCRN1	Q12765	414 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	MAP4K2	Q12851	820 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	KCNMB1	Q16558	191 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	AOC3	Q16853	763 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	SLC35F1	Q5T1Q4	408 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	ANGEL2	Q5VTE6	544 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	TMPRSS7	Q7RTY8	843 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	SIAH1	Q8IUQ4	282 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	C1orf159	Q96HA4	380 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	CCDC140	Q96MF4	163 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	FCRL3	Q96P31	734 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	IPO9	Q96P70	1041 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	SLC12A9	Q9BXP2	914 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	KRTAP9-3	Q9BYQ3	159 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	NCOA5	Q9HCD5	579 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	ATP13A1	Q9HD20	1204 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	LMCD1	Q9NZU5	365 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	DUSP13	Q9UII6	198 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	DNAJC25-GNG10	A0A024R161	153 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	ANKRD62	A6NC57	917 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	ESR1	P03372	595 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	SYP	P08247	313 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	ECI1	P42126	302 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	KCNJ6	P48051	423 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	PCBP3	P57721	371 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	CBX2	Q14781	532 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	RTP2	Q5QGT7	225 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	SLC23A3	Q6PIS1	610 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	RNF111	Q6ZNA4	994 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	TMEM145	Q8NBT3	493 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SUPT20H-215	ENST00000478911	KCTD13	Q8WZ19	329 aa		4.86	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 23.7 ms