RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558088.1

VPS13C-205, Transcript of vacuolar protein sorting 13 homolog C, human

TSL 2

Gene VPS13C, Length 549 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VPS13C-205	ENST00000558088	VWCE	Q96DN2	955 aa		4.99	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	KBTBD4	Q9NVX7	518 aa		4.99	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	RTEL1	Q9NZ71	1219 aa		4.99	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	TMEM82	A0PJX8	343 aa		4.98	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	SIGLEC6	O43699	453 aa		4.98	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	EPHB3	P54753	998 aa		4.98	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	ERVFRD-1	P60508	538 aa		4.98	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	YBX1	P67809	324 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	BBS9	Q3SYG4	887 aa		4.98	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	OVOS1	Q6IE37	1185 aa		4.98	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	CNKSR3	Q6P9H4	555 aa		4.98	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	MZB1	Q8WU39	189 aa		4.98	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	DACT3	Q96B18	629 aa	Predicted RBP	4.98	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	CDADC1	Q9BWV3	514 aa		4.98	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	LRRC3	Q9BY71	257 aa		4.98	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	MKRN2	Q9H000	416 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	BRMS1	Q9HCU9	246 aa		4.98	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	CHST7	Q9NS84	486 aa		4.98	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088		A0A1W2PQ27	194 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088		A0A1W2PQ64	194 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088		A0A1W2PQC6	194 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088		A0A1W2PQD8	194 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	ATE1	O95260	518 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	SDHB	P21912	280 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	RAB3GAP1	Q15042	981 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	CDCP2	Q5VXM1	449 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	DBX2	Q6ZNG2	339 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	TMC6	Q7Z403	805 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	PANK1	Q8TE04	598 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	PRDM14	Q9GZV8	571 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	CNTD2	Q9H8S5	307 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	FBXL21	Q9UKT6	434 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	GPR55	Q9Y2T6	319 aa	Predicted RBP	4.97	□□□□□ -1.61
VPS13C-205	ENST00000558088	PRKCA	P17252	672 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	GART	P22102	1010 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	POLR2B	P30876	1174 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	EIF4A3	P38919	411 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	CYP4F8	P98187	520 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	SNW1	Q13573	536 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	LRRFIP1	Q32MZ4	808 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	HSF5	Q4G112	596 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	NLRC3	Q7RTR2	1065 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	FBXO33	Q7Z6M2	555 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	NUP43	Q8NFH3	380 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	CXorf38	Q8TB03	319 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	BORCS6	Q96GS4	357 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	EAF1	Q96JC9	268 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	ZNF512B	Q96KM6	892 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	PLCD4	Q9BRC7	762 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	CNNM2	Q9H8M5	875 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	PCDHB12	Q9Y5F1	795 aa		4.96	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088		A0A1W2PQ45	241 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088		A0A1W2PQY0	241 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	FADS2P1	A8MWK0	482 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	NUDT19	A8MXV4	375 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	MEIS1	O00470	390 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	IRS4	O14654	1257 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	EFEMP2	O95967	443 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	CELA3B	P08861	270 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	ERCC3	P19447	782 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	MCM4	P33991	863 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	BMP8B	P34820	402 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	ZNF165	P49910	485 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	CDR1	P51861	262 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	FBXL19	Q6PCT2	694 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	ZPBP2	Q6X784	338 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	DNAJC14	Q6Y2X3	702 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	ERMP1	Q7Z2K6	904 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	NAT16	Q8N8M0	369 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	ATG4C	Q96DT6	458 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	KRTAP9-8	Q9BYQ0	159 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	KRTAP9-3	Q9BYQ3	159 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	XYLT2	Q9H1B5	865 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	EHMT1	Q9H9B1	1298 aa		4.95	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088		A0A1W2PQJ5	194 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	OTOL1	A6NHN0	477 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	PFKL	P17858	780 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	APOBR	Q0VD83	1088 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	SEZ6	Q53EL9	994 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	CWF19L1	Q69YN2	538 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	GK5	Q6ZS86	529 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	HS2ST1	Q7LGA3	356 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	PRRT2	Q7Z6L0	340 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	LDHD	Q86WU2	507 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	JAML	Q86YT9	394 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	REXO1	Q8N1G1	1221 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	ZNF296	Q8WUU4	475 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	DHRS1	Q96LJ7	313 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	PWWP2A	Q96N64	755 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	DSCC1	Q9BVC3	393 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	LUC7L	Q9NQ29	371 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	KCNQ5	Q9NR82	932 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	ERVK13-1	Q9NX77	482 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	GFOD1	Q9NXC2	390 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	KLHL14	Q9P2G3	628 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	GGT7	Q9UJ14	662 aa		4.94	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	GREM1	O60565	184 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS13C-205	ENST00000558088	ZNF205	O95201	554 aa		4.93	□□□□□ -1.62

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