RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000543658.5

DDB1-223, Transcript of damage specific DNA binding protein 1, human

TSL 4

Gene DDB1, Length 571 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDB1-223	ENST00000543658	FRMD4A	Q9P2Q2	1039 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
DDB1-223	ENST00000543658	DAXX	Q9UER7	740 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
DDB1-223	ENST00000543658	SYNPO2	Q9UMS6	1093 aa		13.9	□□□□□ -0.18
DDB1-223	ENST00000543658	ZHX2	Q9Y6X8	837 aa		13.9	□□□□□ -0.18
DDB1-223	ENST00000543658	LOC285556	D6RIA3	1793 aa		13.9	□□□□□ -0.18
DDB1-223	ENST00000543658	TMEM88B	A6NKF7	163 aa		13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	GOLGA8A	A7E2F4	631 aa		13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	USP17L10	C9JJH3	530 aa		13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	METAP2	P50579	478 aa	Known RBP eCLIP	13.89	□□□□□ -0.19	5e-7	■■■□□ 16.9
DDB1-223	ENST00000543658	JAG1	P78504	1218 aa		13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	PPAT	Q06203	517 aa		13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	ZYX	Q15942	572 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC96	Q2M329	555 aa		13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	LDLRAD1	Q5T700	205 aa		13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	APOA5	Q6Q788	366 aa		13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC84	Q86UT8	332 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF280C	Q8ND82	737 aa		13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	ANKS1A	Q92625	1134 aa		13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	SNX21	Q969T3	373 aa		13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	OPTN	Q96CV9	577 aa		13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	CLMN	Q96JQ2	1002 aa		13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	LARP6	Q9BRS8	491 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	SH2B1	Q9NRF2	756 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	TMOD4	Q9NZQ9	345 aa		13.89	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	SPDYE5	A6NIY4	337 aa		13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	TRIM75P	A6NK02	468 aa		13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	C19orf81	C9J6K1	198 aa		13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658		K7ELQ4	463 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	HSP90AA1	P07900	732 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	KIF5B	P33176	963 aa		13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	RCAN1	P53805	252 aa		13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	SPP2	Q13103	211 aa		13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	STK3	Q13188	491 aa		13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	MTMR2	Q13614	643 aa		13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	CST9	Q5W186	159 aa		13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	RCSD1	Q6JBY9	416 aa		13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	CPLX2	Q6PUV4	134 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	USP17L2	Q6R6M4	530 aa		13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	MKL1	Q969V6	931 aa		13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF274	Q96GC6	653 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	WDR18	Q9BV38	432 aa		13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	RBM28	Q9NW13	759 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	TMX2	Q9Y320	296 aa		13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	RBM19	Q9Y4C8	960 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC196	A0A1B0GTZ2	297 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	CPLX1	O14810	134 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	DHX16	O60231	1041 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	ECE1	P42892	770 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	SLC1A4	P43007	532 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	NOV	P48745	357 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	PPIL2	Q13356	520 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	RTN1	Q16799	776 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	SLFN13	Q68D06	897 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	RAB11FIP4	Q86YS3	637 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC144CP	Q8IYA2	1237 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	GMCL1P1	Q8NEA9	526 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	ACER1	Q8TDN7	264 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	DCAF4	Q8WV16	495 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	MYL10	Q9BUA6	226 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	KIAA1683	Q9H0B3	1180 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	VCPKMT	Q9H867	229 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	SENP2	Q9HC62	589 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	BRPF3	Q9ULD4	1205 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	TPCN1	Q9ULQ1	816 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	TLL2	Q9Y6L7	1015 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	PARP14	Q460N5	1801 aa		13.87	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658		F5H6K3	240 aa		13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	PARP1	P09874	1014 aa	Known RBP	13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	RXRA	P19793	462 aa		13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF157	P51786	506 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	BACE1	P56817	501 aa		13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	KLRC3	Q07444	240 aa		13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	IK	Q13123	557 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	PPP2R5B	Q15173	497 aa		13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	ASPRV1	Q53RT3	343 aa		13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	RGMB	Q6NW40	437 aa		13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	LPAR1	Q92633	364 aa		13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	MAP3K14	Q99558	947 aa		13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	AFG3L2	Q9Y4W6	797 aa		13.86	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658		A0A1W2PRG0	241 aa		13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	CDKL5	O76039	1030 aa		13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	CD2BP2	O95400	341 aa	Known RBP	13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	ZBTB48	P10074	688 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	PDHB	P11177	359 aa		13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	PDIA3	P30101	505 aa	Known RBP	13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	GNAQ	P50148	359 aa		13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	APLP1	P51693	650 aa		13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	HMGCS2	P54868	508 aa		13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	EVC	P57679	992 aa		13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	CCT2	P78371	535 aa	Known RBP	13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	SNAPC2	Q13487	334 aa		13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	GRM4	Q14833	912 aa		13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	ME3	Q16798	604 aa		13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	GPATCH4	Q5T3I0	446 aa	Known RBP	13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	GADL1	Q6ZQY3	521 aa		13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC83	Q8IWF9	413 aa		13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	SPICE1	Q8N0Z3	855 aa		13.85	□□□□□ -0.19
DDB1-223	ENST00000543658	FANCB	Q8NB91	859 aa		13.85	□□□□□ -0.19

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