RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509206.1

RNF4-211, Transcript of ring finger protein 4, human

TSL 3

Gene RNF4, Length 490 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RNF4-211	ENST00000509206	DDX20	Q9UHI6	824 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	COG5	Q9UP83	839 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	MAP3K2	Q9Y2U5	619 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	AFG3L2	Q9Y4W6	797 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	MAST3	O60307	1309 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TCF20	Q9UGU0	1960 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	MYO9B	Q13459	2157 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	OTOF	Q9HC10	1997 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TRIM43B	A6NCK2	446 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PPP1R3G	B7ZBB8	358 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PI4K2B	G5E9Z4	385 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TK2	O00142	265 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	APBB1	O00213	710 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	ERC2	O15083	957 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	CLTB	P09497	229 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PPP2R1A	P30153	589 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	GYG1	P46976	350 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TLE2	Q04725	743 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	ADGRE1	Q14246	886 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	CAVIN4	Q5BKX8	364 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TREML2	Q5T2D2	321 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	ADGRD1	Q6QNK2	874 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	LDHAL6A	Q6ZMR3	332 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	SH3RF1	Q7Z6J0	888 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PLEKHH3	Q7Z736	793 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PROCA1	Q8NCQ7	364 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	FERMT2	Q96AC1	680 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TRIM43	Q96BQ3	446 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	FBXL18	Q96ME1	805 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	ZDHHC15	Q96MV8	337 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	MRI	Q9BWK5	157 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PBX4	Q9BYU1	374 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	MTIF3	Q9H2K0	278 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PDLIM7	Q9NR12	457 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	USP40	Q9NVE5	1235 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TMOD4	Q9NZQ9	345 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	RPAP1	Q9BWH6	1393 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	MGAM	O43451	1857 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	GRXCR1	A8MXD5	290 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	DCDC2C	A8MYV0	355 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	ELL2	O00472	640 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	CHL1	O00533	1208 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	CTNND1	O60716	968 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PQBP1	O60828	265 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	ADCYAP1R1	P41586	468 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	EPHB4	P54760	987 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	HMGCS2	P54868	508 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	CCNA1	P78396	465 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	SPP2	Q13103	211 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PPIG	Q13427	754 aa	Known RBP eCLIP	4.87	□□□□□ -1.63	4e-10	■■□□□ 12.4
RNF4-211	ENST00000509206	UBE4A	Q14139	1066 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	CCL14	Q16627	93 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	APOBEC3H	Q6NTF7	200 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	HHIPL2	Q6UWX4	724 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	KSR2	Q6VAB6	950 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	SLC44A5	Q8NCS7	719 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	HLA-C	Q95604	372 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	APBA2	Q99767	749 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PAGR1	Q9BTK6	254 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	ASCC2	Q9H1I8	757 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	NKX2-4	Q9H2Z4	354 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	IVNS1ABP	Q9Y6Y0	642 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	ECM29	Q5VYK3	1845 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PI4KAP2	A4QPH2	592 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206		H7C1W4	665 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TLL1	O43897	1013 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	MMRN1	Q13201	1228 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	GCKR	Q14397	625 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	CWF19L2	Q2TBE0	894 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	ANO1	Q5XXA6	986 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PPP2R2D	Q66LE6	453 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	CDC42EP5	Q6NZY7	148 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	GPR142	Q7Z601	462 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TMEM199	Q8N511	208 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PI4KAP1	Q8N8J0	262 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	ZNF280C	Q8ND82	737 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	FAM84B	Q96KN1	310 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	MFSD14A	Q96MC6	490 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PLEKHF1	Q96S99	279 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	BUD13	Q9BRD0	619 aa	Known RBP eCLIP	4.86	□□□□□ -1.63	3e-6	■■□□□ 12.4
RNF4-211	ENST00000509206	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	AS3MT	Q9HBK9	375 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	C11orf16	Q9NQ32	467 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	POLR3E	Q9NVU0	708 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	SUGT1	Q9Y2Z0	365 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	DOCK3	Q8IZD9	2030 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	RCCD1	A6NED2	376 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	NEURL1B	A8MQ27	555 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	PHF20L1	A8MW92	1017 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	KIAA0355	O15063	1070 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	IGKV5-2	P06315	115 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	CSF1R	P07333	972 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	CYP2C19	P33261	490 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	NFIA	Q12857	509 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	DIXDC1	Q155Q3	683 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	GRIK5	Q16478	980 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RNF4-211	ENST00000509206	EPHA10	Q5JZY3	1008 aa		4.85	□□□□□ -1.63

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