RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557657.5

TMEM260-216, Transcript of transmembrane protein 260, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene TMEM260, Length 2,572 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMEM260-216ENST00000557657 EP400Q96L91 3159 aa24.39■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 CACNA1SQ13698 1873 aa24.39■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 PKN1Q16512 942 aa24.39■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 FAM47AQ5JRC9 791 aa24.39■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 WASF1Q92558 559 aa24.39■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 V9GY48 417 aaPredicted RBP24.39■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 RREB1Q92766 1687 aa24.39■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 MECOMQ03112 1051 aa24.38■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 SERTAD1Q9UHV2 236 aa24.38■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 FAM237AA0A1B0GTK4 181 aa24.38■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 BARGINQ6ZT62 677 aa24.38■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 UBE2Q2Q8WVN8 375 aa24.38■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 C8orf37Q96NL8 207 aa24.37■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 FANCLQ9NW38 375 aa24.37■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 NID2Q14112 1375 aa24.37■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 TMEM232C9JQI7 657 aa24.37■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 VEGFAP15692 232 aaPredicted RBP24.37■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 IFIT1BQ5T764 474 aaKnown RBP24.37■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 CEP135Q66GS9 1140 aa24.37■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 NSUN4Q96CB9 384 aaKnown RBP24.37■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 FOXP1Q9H334 677 aaPredicted RBP24.37■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 MDM2Q00987 491 aaPredicted RBP24.36■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 OSBPL5Q9H0X9 879 aaPredicted RBP24.36■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 ANAPC4Q9UJX5 808 aa24.36■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 ADAMTS3O15072 1205 aa24.36■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 PTPREP23469 700 aa24.36■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 RPS8P62241 208 aaKnown RBP24.36■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 FUT2Q10981 343 aa24.36■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 TMTC2Q8N394 836 aa24.36■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 CSRNP2Q9H175 543 aa24.36■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 GOLGB1Q14789 3259 aaKnown RBP24.35■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 CCDC196A0A1B0GTZ2 297 aa24.35■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 GNPATO15228 680 aa24.35■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 CASP1P29466 404 aa24.35■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 NBPF5PQ86XG9 351 aaPredicted RBP24.35■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 CCAR2Q8N163 923 aaKnown RBP24.35■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 SMTNL1A8MU46 457 aa24.35■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 FBXO33Q7Z6M2 555 aa24.35■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 TRMT44Q8IYL2 757 aaKnown RBP24.35■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 RGS22Q8NE09 1264 aa24.35■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 LAMB2P55268 1798 aa24.35■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 RILPL1Q5EBL4 403 aa24.34■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 NEMFO60524 1076 aa24.34■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 SERPINC1P01008 464 aa24.34■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 MYL5Q02045 173 aa24.34■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 E4F1Q66K89 784 aaPredicted RBP24.34■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 A0A087X0B3 334 aa24.33■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 PRKCSHP14314 528 aaPredicted RBP24.33■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 FMR1Q06787 632 aaKnown RBP eCLIP24.33■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 TROAPQ12815 778 aa24.33■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 NYAP1Q6ZVC0 841 aa24.33■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 EPSTI1Q96J88 318 aa24.33■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 SETDB2Q96T68 719 aa24.33■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 MAN1B1Q9UKM7 699 aa24.33■■□□□ 1.49
TMEM260-216ENST00000557657 IKBKBO14920 756 aa24.33■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 CTIFO43310 598 aaKnown RBP24.33■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 UBASH3AP57075 661 aa24.33■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 AKAP17AQ02040 695 aaKnown RBP24.33■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 PTPN14Q15678 1187 aa24.33■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 GPR101Q96P66 508 aaPredicted RBP24.33■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 COL5A3P25940 1745 aaPredicted RBP24.32■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 TPM4P67936 248 aa24.32■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 POSTNQ15063 836 aa24.32■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 CFAP100Q494V2 611 aa24.32■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 NLRP3Q96P20 1036 aa24.32■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 MAP7D2Q96T17 732 aa24.32■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 DCP1AQ9NPI6 582 aaPredicted RBP24.32■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 HIBADHP31937 336 aaKnown RBP24.32■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 CATIPQ7Z7H3 387 aa24.32■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 BRIP1Q9BX63 1249 aa24.32■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 RNF26Q9BY78 433 aaPredicted RBP24.32■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 NOL12Q9UGY1 213 aaKnown RBP eCLIP24.32■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 V9GYY5 206 aaPredicted RBP24.32■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 MYH13Q9UKX3 1938 aa24.31■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 GSDMDP57764 484 aa24.31■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 NCBP1Q09161 790 aaKnown RBP24.31■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 DUOX1Q9NRD9 1551 aa24.31■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 A0A1B0GUL6 1792 aa24.31■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 SFPQP23246 707 aaKnown RBP eCLIP24.31■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 OLFM4Q6UX06 510 aa24.31■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 SRBD1Q8N5C6 995 aaKnown RBP24.31■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 NGLY1Q96IV0 654 aa24.31■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 INTS13Q9NVM9 706 aa24.31■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 CASZ1Q86V15 1759 aa24.31■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 ZNF174Q15697 407 aa24.3■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 CCDC112Q8NEF3 446 aa24.3■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 MED15Q96RN5 788 aa24.3■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 IMPACTQ9P2X3 320 aa24.3■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 SLC10A5Q5PT55 438 aa24.3■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 IQCA1Q86XH1 822 aa24.3■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 DHX58Q96C10 678 aa24.3■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 PHF20Q9BVI0 1012 aa24.3■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 SRPRBQ9Y5M8 271 aaKnown RBP24.3■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 USP17L8P0C7I0 530 aa24.29■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 NARFQ9UHQ1 456 aa24.29■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 ACTN4O43707 911 aaKnown RBP24.29■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 AFMP43652 599 aa24.29■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 NPY5RQ15761 445 aa24.29■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 GRIK5Q16478 980 aa24.29■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 STAMQ92783 540 aa24.29■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19.3 ms