RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	L2HGDH	Q9H9P8	463 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	ANO10	Q9NW15	660 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	GUCY1B3	Q02153	619 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	NCBP1	Q09161	790 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	GRAP	Q13588	217 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	FBXO33	Q7Z6M2	555 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	CRACR2B	Q8N4Y2	399 aa	Predicted RBP	10.16	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	10.16	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	FOXP1	Q9H334	677 aa	Predicted RBP	10.16	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	PARP14	Q460N5	1801 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	ACTN4	O43707	911 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	FECH	P22830	423 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	BICD2	Q8TD16	824 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	CLIP2	Q9UDT6	1046 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	MYH8	P13535	1937 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	WNT7A	O00755	349 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	NEMF	O60524	1076 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	PTPRE	P23469	700 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	BAG6	P46379	1132 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	GRIN1	Q05586	938 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	SF3A1	Q15459	793 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	ERCC4	Q92889	916 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	PHF20	Q9BVI0	1012 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	MYO1B	O43795	1136 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	GNAT2	P19087	354 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	PDE4B	Q07343	736 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A0G2JS52	829 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PBX1	P40424	430 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	NOV	P48745	357 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	BCAM	P50895	628 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CTDSPL2	Q05D32	466 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CHRND	Q07001	517 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CCAR2	Q8N163	923 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	SPC24	Q8NBT2	197 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A087X0B3	334 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	MBD4	O95243	580 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	METAP2	P50579	478 aa	Known RBP eCLIP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	EARS2	Q5JPH6	523 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	MTERF4	Q7Z6M4	381 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	TSC1	Q92574	1164 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PHKB	Q93100	1093 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CNNM2	Q9H8M5	875 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PRDM10	Q9NQV6	1147 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	GOLGB1	Q14789	3259 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	SMTNL1	A8MU46	457 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CUTA	O60888	179 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PPFIA3	O75145	1194 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	TROAP	Q12815	778 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	MORC3	Q14149	939 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	WASHC4	Q2M389	1173 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	LONRF3	Q496Y0	759 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	TRIM65	Q6PJ69	517 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	TMED8	Q6PL24	325 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	NOSTRIN	Q8IVI9	506 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	MAGEB6	Q8N7X4	407 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	ALG1	Q9BT22	464 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	ARMT1	Q9H993	441 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	ADAMTS3	O15072	1205 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CEBPZ	Q03701	1054 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	AOPEP	Q8N6M6	819 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	MYH7B	A7E2Y1	1941 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	EVX2	Q03828	476 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	ANKS1A	Q92625	1134 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	DPF2	Q92785	391 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	GOLGA6L6	A8MZA4	724 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	POLR3D	P05423	398 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	IL1R1	P14778	569 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	KRBA2	Q6ZNG9	492 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	C4orf32	Q8N8J7	132 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF526	Q8TF50	670 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	WDR90	Q96KV7	1748 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	ZBTB43	O43298	467 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	ME1	P48163	572 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	E2F4	Q16254	413 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC35G1	Q2M3R5	365 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CNBD1	Q8NA66	436 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM84B	Q96KN1	310 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC94	Q9BW85	323 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	KRT23	Q9C075	422 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CNNM1	Q9NRU3	951 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	ORC4	O43929	436 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	IGSF3	O75054	1194 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	KLRK1	P26718	216 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	NBPF5P	Q86XG9	351 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	SP8	Q8IXZ3	490 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	ENAH	Q8N8S7	591 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	XPO4	Q9C0E2	1151 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PRDM4	Q9UKN5	801 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	SRPRB	Q9Y5M8	271 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CNTNAP5	Q8WYK1	1306 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	KIN	O60870	393 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CDKL5	O76039	1030 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	MMP10	P09238	476 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PC	P11498	1178 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PPARA	Q07869	468 aa		10.12	□□□□□ -0.79

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