RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000592138.5

TPM4-215, Transcript of tropomyosin 4, human

TSL 2

Gene TPM4, Length 635 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TPM4-215	ENST00000592138	PHF20L1	A8MW92	1017 aa		11.66	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	PATL2	C9JE40	543 aa	Known RBP	11.66	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	SLC10A3	P09131	477 aa		11.66	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	MAP3K9	P80192	1104 aa		11.66	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	NOL9	Q5SY16	702 aa	Known RBP	11.66	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	MOB2	Q70IA6	237 aa		11.66	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	AMOTL1	Q8IY63	956 aa		11.66	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	WRNIP1	Q96S55	665 aa		11.66	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	SEC62	Q99442	399 aa	Known RBP	11.66	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	ARPP21	Q9UBL0	812 aa	Predicted RBP	11.66	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	PALD1	Q9ULE6	856 aa		11.66	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	ZMYM6	O95789	1325 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	RAD50	Q92878	1312 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138		A0A0D9SFI3	127 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	GSG1L2	A8MUP6	293 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	PRKAB2	O43741	272 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	ZNF157	P51786	506 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	PRKG1	Q13976	671 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	SBK1	Q52WX2	424 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	PPP1R3F	Q6ZSY5	799 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	MIGA2	Q7L4E1	593 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	RASAL3	Q86YV0	1011 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	FAM227B	Q96M60	508 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	NACAP1	Q9BZK3	213 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	XPO5	Q9HAV4	1204 aa	Known RBP eCLIP	11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	DIAPH3	Q9NSV4	1193 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	GINM1	Q9NU53	330 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	MCM9	Q9NXL9	1143 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	SERPINB13	Q9UIV8	391 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	CSAD	Q9Y600	493 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TPM4-215	ENST00000592138	CCDC171	Q6TFL3	1326 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	CDK5RAP2	Q96SN8	1893 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	FAM155A	B1AL88	458 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	CTNND1	O60716	968 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	POLR3D	P05423	398 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	ZBTB48	P10074	688 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	MAP2K2	P36507	400 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	VEGFB	P49765	207 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	GABPA	Q06546	454 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	NOG	Q13253	232 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	NMI	Q13287	307 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	VGLL4	Q14135	290 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	C12orf60	Q5U649	245 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	TATDN1	Q6P1N9	297 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	CRACR2B	Q8N4Y2	399 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	RUFY2	Q8WXA3	655 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	CAPNS2	Q96L46	248 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	DNAJC18	Q9H819	358 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	EPB41L4A	Q9HCS5	686 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	SWAP70	Q9UH65	585 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	SAP30BP	Q9UHR5	308 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	FZD1	Q9UP38	647 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	ROBO3	Q96MS0	1386 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	NAV1	Q8NEY1	1877 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	SPDYE5	A6NIY4	337 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	CHML	P26374	656 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	CTCF	P49711	727 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	PLCD1	P51178	756 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	ALX1	Q15699	326 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	CTR9	Q6PD62	1173 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	ZNF589	Q86UQ0	364 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	SCYL3	Q8IZE3	742 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	IFNL3	Q8IZI9	196 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	SLC10A4	Q96EP9	437 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	TRIM34	Q9BYJ4	488 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	TBC1D2	Q9BYX2	928 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	SNCAIP	Q9Y6H5	919 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	USP17L12	C9JPN9	530 aa		11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	USP17L21	D6R901	530 aa		11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	FOXP2	O15409	715 aa		11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	HSPD1	P10809	573 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	INPP5B	P32019	993 aa		11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	TDO2	P48775	406 aa		11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	PPAT	Q06203	517 aa		11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	SPRYD7	Q5W111	196 aa		11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	CWC27	Q6UX04	472 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	CCDC129	Q6ZRS4	1044 aa		11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	ERO1B	Q86YB8	467 aa		11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	ABHD8	Q96I13	439 aa		11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	WNK4	Q96J92	1243 aa		11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	CLMN	Q96JQ2	1002 aa		11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	NAPB	Q9H115	298 aa		11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	SIPA1L1	O43166	1804 aa		11.62	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	APP	P05067	770 aa		11.61	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	ASNS	P08243	561 aa		11.61	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	CAP2	P40123	477 aa		11.61	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	PPIL2	Q13356	520 aa		11.61	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	C16orf86	Q6ZW13	317 aa		11.61	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	SKAP1	Q86WV1	359 aa		11.61	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	ZKSCAN4	Q969J2	545 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	OPTN	Q96CV9	577 aa		11.61	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	DSCC1	Q9BVC3	393 aa		11.61	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	ELP3	Q9H9T3	547 aa		11.61	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	WBP1L	Q9NX94	342 aa		11.61	□□□□□ -0.55
TPM4-215	ENST00000592138	OTOF	Q9HC10	1997 aa		11.61	□□□□□ -0.55

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