RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484101.5

UFD1-208, Transcript of ubiquitin recognition factor in ER associated degradation 1, human

TSL 5

Gene UFD1, Length 751 nt, Biotype processed transcript.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
UFD1-208	ENST00000484101	CHST3	Q7LGC8	479 aa		11.22	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	SP8	Q8IXZ3	490 aa		11.22	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	FBXO18	Q8NFZ0	1043 aa		11.22	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	11.22	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	ZNF287	Q9HBT7	754 aa		11.22	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	RBM28	Q9NW13	759 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	CDK5RAP2	Q96SN8	1893 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	COL11A2	P13942	1736 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	SYCE3	A1L190	88 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	GADD45B	O75293	160 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	DDAH1	O94760	285 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	UFL1	O94874	794 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	YEATS4	O95619	227 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	CAVIN2	O95810	425 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	NPR1	P16066	1061 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	IFNAR1	P17181	557 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	IARS	P41252	1262 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	PPP4C	P60510	307 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	DDR1	Q08345	913 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	UVSSA	Q2YD98	709 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	SMIM5	Q71RC9	77 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	ADGRA1	Q86SQ6	560 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	TTC6	Q86TZ1	520 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	FERMT3	Q86UX7	667 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	KCNG4	Q8TDN1	519 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	GDPD2	Q9HCC8	539 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	NCOA5	Q9HCD5	579 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	ZSWIM5	Q9P217	1185 aa		11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
UFD1-208	ENST00000484101	MROH7-TTC4	A0A0A0MT08	1334 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	FAM205A	Q6ZU69	1335 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	CTAGE5	O15320	804 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	PRKAB2	O43741	272 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	FMNL1	O95466	1100 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	KLRK1	P26718	216 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	CTDSPL2	Q05D32	466 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	SSRP1	Q08945	709 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	RTN1	Q16799	776 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	FOXD4L6	Q3SYB3	417 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	C9orf131	Q5VYM1	1079 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	FOXD4L3	Q6VB84	417 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	ARHGAP27	Q6ZUM4	889 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	MICU3	Q86XE3	530 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	GAS2L3	Q86XJ1	694 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	DCP1A	Q9NPI6	582 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	TOMM22	Q9NS69	142 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	POLR3E	Q9NVU0	708 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	RTEL1	Q9NZ71	1219 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	RBM27	Q9P2N5	1060 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	RCOR1	Q9UKL0	485 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	ATP6V0A2	Q9Y487	856 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		11.2	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	MINDY4B	A8MYZ0	360 aa		11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	DEXI	O95424	95 aa		11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	CCDC192	P0DO97	292 aa		11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	FDPS	P14324	419 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	XBP1	P17861	261 aa		11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	PRDX5	P30044	214 aa		11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	CTCF	P49711	727 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	GPSM2	P81274	684 aa		11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	SAFB	Q15424	915 aa	Known RBP eCLIP	11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	RRP12	Q5JTH9	1297 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	CTR9	Q6PD62	1173 aa		11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	CATIP	Q7Z7H3	387 aa		11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	ZNF654	Q8IZM8	581 aa		11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	FAM177A1	Q8N128	213 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	SDR42E1	Q8WUS8	393 aa		11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	FAM163A	Q96GL9	167 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	ZSCAN10	Q96SZ4	725 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	ALG1	Q9BT22	464 aa		11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	COA1	Q9GZY4	146 aa		11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	NUP62CL	Q9H1M0	184 aa		11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	CD209	Q9NNX6	404 aa		11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	TAOK2	Q9UL54	1235 aa		11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	NSFL1C	Q9UNZ2	370 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	DDX52	Q9Y2R4	599 aa	Known RBP eCLIP	11.19	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	TNKS	O95271	1327 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101		A0A1W2PQ27	194 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101		A0A1W2PQ64	194 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101		A0A1W2PQD8	194 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	SEC23A	Q15436	765 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	NTRK3	Q16288	839 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	MAP3K11	Q16584	847 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	HS1BP3	Q53T59	392 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	CCDC73	Q6ZRK6	1079 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	TBC1D16	Q8TBP0	767 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	BICD2	Q8TD16	824 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	ZNF384	Q8TF68	577 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	TRIM44	Q96DX7	344 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	MASTL	Q96GX5	879 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	CHAMP1	Q96JM3	812 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	PPP1R9B	Q96SB3	815 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	EYA3	Q99504	573 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	MAP3K14	Q99558	947 aa		11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	RNF26	Q9BY78	433 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	GPHN	Q9NQX3	736 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
UFD1-208	ENST00000484101	AATF	Q9NY61	560 aa	Known RBP eCLIP	11.18	□□□□□ -0.62

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 93.4 ms