RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000563874.5

CLN3-210, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 3,081 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-210ENST00000563874 ASB16-AS1Q495Z4 193 aa7.92□□□□□ -1.14
CLN3-210ENST00000563874 PRAC1Q96KF2 57 aa7.91□□□□□ -1.14
CLN3-210ENST00000563874 TP53AIP1Q9HCN2 124 aa7.91□□□□□ -1.14
CLN3-210ENST00000563874 PSORS1C2Q9UIG4 136 aa7.91□□□□□ -1.14
CLN3-210ENST00000563874 A0A1B0GVX0 72 aa7.9□□□□□ -1.14
CLN3-210ENST00000563874 WWC2-AS2Q96NR7 200 aa7.9□□□□□ -1.14
CLN3-210ENST00000563874 ZNF706Q9Y5V0 76 aaPredicted RBP7.9□□□□□ -1.14
CLN3-210ENST00000563874 A6NED7 52 aa7.9□□□□□ -1.14
CLN3-210ENST00000563874 CDK2AP2O75956 126 aa7.9□□□□□ -1.14
CLN3-210ENST00000563874 DYNC2H1Q8NCM8 4307 aaKnown RBP7.9□□□□□ -1.15
CLN3-210ENST00000563874 SPAG11AQ6PDA7 123 aa7.89□□□□□ -1.15
CLN3-210ENST00000563874 LINC00483Q53H64 154 aa7.89□□□□□ -1.15
CLN3-210ENST00000563874 SPINK6Q6UWN8 80 aa7.88□□□□□ -1.15
CLN3-210ENST00000563874 Q6ZR54 194 aa7.88□□□□□ -1.15
CLN3-210ENST00000563874 STARD9Q9P2P6 4700 aa7.87□□□□□ -1.15
CLN3-210ENST00000563874 A0A087WTM6 91 aa7.87□□□□□ -1.15
CLN3-210ENST00000563874 MRPL34Q9BQ48 92 aaKnown RBP7.87□□□□□ -1.15
CLN3-210ENST00000563874 DNAH8Q96JB1 4490 aa7.86□□□□□ -1.15
CLN3-210ENST00000563874 TGP01266 2768 aa7.86□□□□□ -1.15
CLN3-210ENST00000563874 HECTD4Q9Y4D8 3996 aa7.86□□□□□ -1.15
CLN3-210ENST00000563874 IGLV5-52A0A0A0MRZ9 124 aa7.85□□□□□ -1.15
CLN3-210ENST00000563874 RTL8CO15255 209 aa7.84□□□□□ -1.15
CLN3-210ENST00000563874 NUPR2A6NF83 97 aa7.83□□□□□ -1.16
CLN3-210ENST00000563874 Q75L30 129 aa7.83□□□□□ -1.16
CLN3-210ENST00000563874 KMT2AQ03164 3969 aa7.83□□□□□ -1.16
CLN3-210ENST00000563874 HRES1P13985 223 aa7.83□□□□□ -1.16
CLN3-210ENST00000563874 LOC101927531A0A1B0GV80 90 aa7.82□□□□□ -1.16
CLN3-210ENST00000563874 ZNF861PO60384 105 aa7.82□□□□□ -1.16
CLN3-210ENST00000563874 Q5W150 140 aa7.8□□□□□ -1.16
CLN3-210ENST00000563874 MEGF8Q7Z7M0 2845 aa7.8□□□□□ -1.16
CLN3-210ENST00000563874 CIRBP-AS1Q8TBR5 109 aa7.8□□□□□ -1.16
CLN3-210ENST00000563874 VPS13DQ5THJ4 4388 aa7.78□□□□□ -1.16
CLN3-210ENST00000563874 DNAH2Q9P225 4427 aa7.78□□□□□ -1.16
CLN3-210ENST00000563874 CDC42SE1Q9NRR8 79 aa7.77□□□□□ -1.16
CLN3-210ENST00000563874 LINC01558Q9Y6Z2 57 aa7.77□□□□□ -1.17
CLN3-210ENST00000563874 ADM2Q7Z4H4 148 aa7.77□□□□□ -1.17
CLN3-210ENST00000563874 PLAC8Q9NZF1 115 aa7.77□□□□□ -1.17
CLN3-210ENST00000563874 DNAH17Q9UFH2 4485 aa7.76□□□□□ -1.17
CLN3-210ENST00000563874 PRKDCP78527 4128 aaKnown RBP7.75□□□□□ -1.17
CLN3-210ENST00000563874 SPINK7P58062 85 aa7.75□□□□□ -1.17
CLN3-210ENST00000563874 RETNLBQ9BQ08 111 aa7.73□□□□□ -1.17
CLN3-210ENST00000563874 IGLV7-43P04211 117 aa7.72□□□□□ -1.17
CLN3-210ENST00000563874 KRTAP13-3Q3SY46 172 aa7.7□□□□□ -1.18
CLN3-210ENST00000563874 DNAH6Q9C0G6 4158 aa7.69□□□□□ -1.18
CLN3-210ENST00000563874 ALMS1Q8TCU4 4167 aa7.66□□□□□ -1.18
CLN3-210ENST00000563874 C1orf134Q5TEV5 83 aa7.65□□□□□ -1.19
CLN3-210ENST00000563874 ACYP2P14621 99 aa7.63□□□□□ -1.19
CLN3-210ENST00000563874 DNAH11Q96DT5 4516 aa7.62□□□□□ -1.19
CLN3-210ENST00000563874 SSBP3-AS1Q7Z2R9 100 aa7.6□□□□□ -1.19
CLN3-210ENST00000563874 LY6G6CO95867 125 aa7.6□□□□□ -1.19
CLN3-210ENST00000563874 KRTAP10-2P60368 255 aa7.59□□□□□ -1.19
CLN3-210ENST00000563874 DMAC1Q96GE9 116 aa7.58□□□□□ -1.2
CLN3-210ENST00000563874 KRTAP13-2Q52LG2 175 aa7.58□□□□□ -1.2
CLN3-210ENST00000563874 PLA2G1BP04054 148 aaKnown RBP7.57□□□□□ -1.2
CLN3-210ENST00000563874 FAM229AH3BQW9 127 aa7.57□□□□□ -1.2
CLN3-210ENST00000563874 DNAH5Q8TE73 4624 aa7.56□□□□□ -1.2
CLN3-210ENST00000563874 LRP1BQ9NZR2 4599 aa7.54□□□□□ -1.2
CLN3-210ENST00000563874 IGKV2-30P06310 120 aa7.53□□□□□ -1.2
CLN3-210ENST00000563874 IGKV2D-30A0A075B6S6 120 aa7.53□□□□□ -1.2
CLN3-210ENST00000563874 A0A1B0GU69 56 aa7.52□□□□□ -1.21
CLN3-210ENST00000563874 CSAG1Q6PB30 78 aa7.5□□□□□ -1.21
CLN3-210ENST00000563874 KRTAP16-1A8MUX0 517 aa7.49□□□□□ -1.21
CLN3-210ENST00000563874 KRTAP10-1P60331 282 aa7.47□□□□□ -1.21
CLN3-210ENST00000563874 VPS13BQ7Z7G8 4022 aa7.44□□□□□ -1.22
CLN3-210ENST00000563874 KRTAP1-4P0C5Y4 121 aa7.43□□□□□ -1.22
CLN3-210ENST00000563874 SPINK1P00995 79 aa7.41□□□□□ -1.22
CLN3-210ENST00000563874 HYDINQ4G0P3 5121 aa7.41□□□□□ -1.22
CLN3-210ENST00000563874 ROMO1P60602 79 aa7.4□□□□□ -1.22
CLN3-210ENST00000563874 Q6ZSA8 131 aa7.39□□□□□ -1.23
CLN3-210ENST00000563874 PKD1P98161 4303 aa7.39□□□□□ -1.23
CLN3-210ENST00000563874 MIR22HGQ0VDD5 57 aa7.39□□□□□ -1.23
CLN3-210ENST00000563874 SPATA8Q6RVD6 105 aa7.38□□□□□ -1.23
CLN3-210ENST00000563874 Q8N1X5 172 aa7.38□□□□□ -1.23
CLN3-210ENST00000563874 UQCR11O14957 56 aa7.37□□□□□ -1.23
CLN3-210ENST00000563874 TYMSOSQ8TAI1 123 aa7.37□□□□□ -1.23
CLN3-210ENST00000563874 FAT2Q9NYQ8 4349 aa7.36□□□□□ -1.23
CLN3-210ENST00000563874 PKHD1P08F94 4074 aa7.28□□□□□ -1.24
CLN3-210ENST00000563874 KMT2CQ8NEZ4 4911 aaKnown RBP7.26□□□□□ -1.25
CLN3-210ENST00000563874 LINC00304Q8N9R0 145 aa7.25□□□□□ -1.25
CLN3-210ENST00000563874 C9orf92A6NGG3 77 aa7.24□□□□□ -1.25
CLN3-210ENST00000563874 P0C880 135 aa7.24□□□□□ -1.25
CLN3-210ENST00000563874 SMR3BP02814 79 aaPredicted RBP7.22□□□□□ -1.25
CLN3-210ENST00000563874 RYR3Q15413 4870 aa7.2□□□□□ -1.26
CLN3-210ENST00000563874 FAT1Q14517 4588 aa7.14□□□□□ -1.27
CLN3-210ENST00000563874 H0YAA0 97 aa7.14□□□□□ -1.27
CLN3-210ENST00000563874 KRTAP3-1Q9BYR8 98 aa7.14□□□□□ -1.27
CLN3-210ENST00000563874 SACSQ9NZJ4 4579 aa7.1□□□□□ -1.27
CLN3-210ENST00000563874 RPS29P62273 56 aaKnown RBP7.1□□□□□ -1.27
CLN3-210ENST00000563874 A8MUU9 505 aa7.09□□□□□ -1.27
CLN3-210ENST00000563874 KRTAP25-1Q3LHN0 102 aa7.09□□□□□ -1.28
CLN3-210ENST00000563874 C20orf166-AS1Q96NR2 134 aa7.09□□□□□ -1.28
CLN3-210ENST00000563874 DYNC1H1Q14204 4646 aaKnown RBP7.08□□□□□ -1.28
CLN3-210ENST00000563874 NDUFAF8A1L188 74 aa7.08□□□□□ -1.28
CLN3-210ENST00000563874 A0A1B0GU33 70 aa7.07□□□□□ -1.28
CLN3-210ENST00000563874 FLG2Q5D862 2391 aaPredicted RBP7.05□□□□□ -1.28
CLN3-210ENST00000563874 RYR2Q92736 4967 aa7.05□□□□□ -1.28
CLN3-210ENST00000563874 BIRC6Q9NR09 4857 aa7.02□□□□□ -1.29
CLN3-210ENST00000563874 H1FX-AS1Q4G0G2 97 aa7.02□□□□□ -1.29
CLN3-210ENST00000563874 PKHD1L1Q86WI1 4243 aa6.99□□□□□ -1.29
CLN3-210ENST00000563874 LUZP6Q538Z0 58 aa6.98□□□□□ -1.29
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 69.1 ms