RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP9-3	Q9BYQ3	159 aa		5.28	□□□□□ -1.56
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP7-1	Q8IUC3	87 aa		5.27	□□□□□ -1.57
USP3-208	ENST00000558285	SNURF	Q9Y675	71 aa		5.27	□□□□□ -1.57
USP3-208	ENST00000558285	NREP	Q16612	68 aa		5.26	□□□□□ -1.57
USP3-208	ENST00000558285	ZNF706	Q9Y5V0	76 aa	Predicted RBP	5.26	□□□□□ -1.57
USP3-208	ENST00000558285	MT1HL1	P0DM35	61 aa		5.26	□□□□□ -1.57
USP3-208	ENST00000558285		Q6ZVQ6	151 aa		5.26	□□□□□ -1.57
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP10-8	P60410	259 aa		5.24	□□□□□ -1.57
USP3-208	ENST00000558285	ETDC	A0A1B0GVM5	59 aa		5.23	□□□□□ -1.57
USP3-208	ENST00000558285	FAM229B	Q4G0N7	80 aa		5.23	□□□□□ -1.57
USP3-208	ENST00000558285	MYCBP2	O75592	4640 aa		5.23	□□□□□ -1.57
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP11-1	Q8IUC1	163 aa		5.23	□□□□□ -1.57
USP3-208	ENST00000558285	MPLKIP	Q8TAP9	179 aa		5.23	□□□□□ -1.57
USP3-208	ENST00000558285	BPY2	O14599	106 aa		5.22	□□□□□ -1.57
USP3-208	ENST00000558285	PRR26	Q8N8Z3	221 aa		5.22	□□□□□ -1.57
USP3-208	ENST00000558285	hDV103S1	A0JD37	113 aa		5.21	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	LINC00575	Q6W349	94 aa		5.2	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	TYMSOS	Q8TAI1	123 aa		5.2	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	HIGD2A	Q9BW72	106 aa		5.2	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	KCNQ1DN	Q9H478	68 aa		5.2	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	PRLH	P81277	87 aa		5.2	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	OCR1	Q9BZK8	76 aa		5.2	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP1-4	P0C5Y4	121 aa		5.18	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP13-1	Q8IUC0	172 aa		5.18	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285		A0A1B0GW54	56 aa		5.17	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	NDUFS5	O43920	106 aa		5.17	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	KTN1-AS1	Q86SY8	53 aa		5.17	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	CYP4F30P	Q9H0H9	118 aa		5.17	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	SEC61B	P60468	96 aa	Known RBP	5.17	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	SPAG11A	Q6PDA7	123 aa		5.17	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285		Q75L30	129 aa		5.17	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	SPRR1A	P35321	89 aa		5.16	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	UNQ6493/PRO21345	Q6UXR8	122 aa	Predicted RBP	5.16	□□□□□ -1.58
USP3-208	ENST00000558285	PKHD1L1	Q86WI1	4243 aa		5.15	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	NDUFB1	O75438	58 aa		5.14	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	IGLV6-57	P01721	117 aa		5.14	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	COX7B	P24311	80 aa		5.14	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	LINC00304	Q8N9R0	145 aa		5.14	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	ZNF73	O43830	326 aa	Predicted RBP	5.14	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285		Q6ZRX8	168 aa		5.14	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	SPRR4	Q96PI1	79 aa		5.14	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	HERC1	Q15751	4861 aa		5.13	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	IGKV4-1	P06312	121 aa		5.13	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP19-4	Q3LI73	84 aa		5.13	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	C6orf99	Q4VX62	202 aa		5.13	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285		Q8NDZ9	215 aa		5.13	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	DHRS4-AS1	Q9P1J3	65 aa		5.13	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	LRP1	Q07954	4544 aa	Known RBP	5.12	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	PRR4	Q16378	134 aa		5.12	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	FAT3	Q8TDW7	4589 aa		5.12	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285		A0A087X002	238 aa		5.11	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	TRAV22	A0A0B4J277	110 aa		5.11	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	ELOF1	P60002	83 aa	Known RBP	5.11	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	C1orf64	Q8NEQ6	169 aa		5.11	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	LIMD2	Q9BT23	127 aa		5.11	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	ATP11AUN	Q6ZP68	121 aa		5.11	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	ZCCHC13	Q8WW36	166 aa	Known RBP	5.11	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP4-16	G5E9R7	235 aa	Predicted RBP	5.1	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	SSBP3-AS1	Q7Z2R9	100 aa		5.09	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	RBM12B-AS1	Q9P1G2	102 aa		5.09	□□□□□ -1.59
USP3-208	ENST00000558285	LINC00483	Q53H64	154 aa		5.09	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285		Q6ZQY7	126 aa		5.09	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285	ANAPC11	Q9NYG5	84 aa		5.09	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285	SPINK1	P00995	79 aa		5.08	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP13-2	Q52LG2	175 aa		5.06	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285		Q5VV11	94 aa		5.06	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285	SPANXA2-OT1	Q8N9U9	137 aa		5.06	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285		Q9BRP9	147 aa		5.06	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285	IGLV9-49	A0A0B4J1Y8	123 aa		5.05	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285	PSPHP1	O15172	72 aa		5.05	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285	RPS29	P62273	56 aa	Known RBP	5.05	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285		Q8NBF4	154 aa		5.05	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285		H3BPC8	53 aa		5.04	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285	MOBP	Q13875	183 aa		5.04	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285	C7orf65	Q6ZTY9	151 aa		5.03	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285		A8MUN3	132 aa		5.03	□□□□□ -1.6
USP3-208	ENST00000558285	IGLV7-46	A0A075B6I9	117 aa		5.02	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	LOC101927531	A0A1B0GV80	90 aa		5.02	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285		A6NN06	94 aa		5.02	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	TNXB	P22105	4242 aa		5.01	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	SPRR1B	P22528	89 aa		5.01	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	LCA10	Q71F78	164 aa		5.01	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	SMIM29	Q86T20	159 aa		5.01	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	CHKB-CPT1B	H3BT56	60 aa		5	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	HMCN2	Q8NDA2	5059 aa		5	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	HCG22	E2RYF7	251 aa		5	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	MP68	P56378	58 aa		5	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	TPRXL	Q17RH7	258 aa		5	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285		Q8N9P0	234 aa	Predicted RBP	5	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	DEFB105A	Q8NG35	78 aa		5	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	CDC42SE1	Q9NRR8	79 aa		5	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	IGLV5-48	A0A075B6I7	105 aa		4.99	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285		Q8N9L7	120 aa		4.98	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	ST20-AS1	Q8NBB2	130 aa		4.98	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	LINC00208	Q96KT6	92 aa		4.98	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	RETNLB	Q9BQ08	111 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP3-208	ENST00000558285	ASB16-AS1	Q495Z4	193 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP3-208	ENST00000558285	PRR15L	Q9BU68	103 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP3-208	ENST00000558285		A6NED7	52 aa		4.94	□□□□□ -1.62
USP3-208	ENST00000558285	SPTSSB	Q8NFR3	76 aa		4.94	□□□□□ -1.62

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