RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000498751.1

SYNE1-231, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 4

Gene SYNE1, Length 578 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-231	ENST00000498751	VPS13D	Q5THJ4	4388 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	RTL8C	O15255	209 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	HIST1H4A	P62805	103 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	SPRR4	Q96PI1	79 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	PANO1	I0J062	215 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751		M0R2N4	97 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	BCE1	O60756	84 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	ERC2-IT1	O76042	136 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	CHTF8	P0CG12	524 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	CXCL6	P80162	114 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	PHF5A	Q7RTV0	110 aa	Known RBP	4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751		A0A1B0GV72	72 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	UBE2B	P63146	152 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	KRTAP11-1	Q8IUC1	163 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	LYST	Q99698	3801 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	LY6G6C	O95867	125 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751		Q6ZSA8	131 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751		Q6ZVQ6	151 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	FAM19A1	Q7Z5A9	133 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751		Q8NBF4	154 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	RPL37A	P61513	92 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	ST20-AS1	Q8NBB2	130 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	IGLV5-52	A0A0A0MRZ9	124 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	CRYGA	P11844	174 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	PRLH	P81277	87 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	LINC00483	Q53H64	154 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	C1orf137	Q5JT78	98 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751		Q8N1X5	172 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	DNAH10	Q8IVF4	4471 aa		4.7	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751		A0A1W2PNM2	257 aa		4.7	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	FUS	P35637	526 aa	Known RBP eCLIP	4.7	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	DNAH6	Q9C0G6	4158 aa		4.69	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	ATOX1	O00244	68 aa		4.69	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	FAM236A	A0A1B0GUQ0	79 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	FAM236B	A0A1B0GV22	79 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751		F8WEM9	126 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	UBE2A	P49459	152 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	DEFB105A	Q8NG35	78 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	ANAPC13	Q9BS18	74 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	HIGD2A	Q9BW72	106 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	ZNF706	Q9Y5V0	76 aa	Predicted RBP	4.68	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	ZNF861P	O60384	105 aa		4.67	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	C3orf22	Q8N5N4	141 aa		4.67	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	IGKV3D-7	A0A0C4DH55	119 aa		4.66	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	NREP	Q16612	68 aa		4.66	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	IGFL1	Q6UW32	110 aa		4.66	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	PSORS1C2	Q9UIG4	136 aa		4.66	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	TENM2	Q9NT68	2774 aa		4.66	□□□□□ -1.66
SYNE1-231	ENST00000498751	LINC00336	Q6ZUF6	198 aa		4.65	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	ALMS1	Q8TCU4	4167 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	KMT2A	Q03164	3969 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	LCE6A	A0A183	80 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	UQCRQ	O14949	82 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	SMIM20	Q8N5G0	67 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	DPH3	Q96FX2	82 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	IGLV7-43	P04211	117 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	HAMP	P81172	84 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	CIRBP-AS1	Q8TBR5	109 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	DNAH17	Q9UFH2	4485 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	DNAH2	Q9P225	4427 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751		A0A087WVE0	104 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	COX7C	P15954	63 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	SERP2	Q8N6R1	65 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	BPY2	O14599	106 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	IGKV4-1	P06312	121 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	FAM30A	Q9NZY2	134 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	DSCR10	P59022	87 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	KRTAP10-1	P60331	282 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	SCX	Q7RTU7	201 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	CD164	Q04900	197 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	LINC00472	Q9H8W2	130 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-231	ENST00000498751	TRAV7	A0A075B6U4	112 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751		A0A087WSZ3	146 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751		A0A1B0GVY2	172 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751		J3KT08	172 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751	FAM229B	Q4G0N7	80 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751	SSBP3-AS1	Q7Z2R9	100 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751	HECTD4	Q9Y4D8	3996 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751	CCDC179	H3BU77	68 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751	ASB16-AS1	Q495Z4	193 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751	SS18L2	Q9UHA2	77 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751		Q5XG85	94 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751	DNAH8	Q96JB1	4490 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751	FRAS1	Q86XX4	4008 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751		A8MWP4	228 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751	KLKP1	Q107X0	134 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751		Q96NJ1	140 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751	OCR1	Q9BZK8	76 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751	DNAH11	Q96DT5	4516 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751	FAT2	Q9NYQ8	4349 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751		A0A0G2JQZ4	141 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751		K7EQZ3	153 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751	PRR15	Q8IV56	129 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751	TG	P01266	2768 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SYNE1-231	ENST00000498751	DNAH5	Q8TE73	4624 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SYNE1-231	ENST00000498751	KRTAP29-1	A8MX34	341 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69
SYNE1-231	ENST00000498751	KRTAP1-4	P0C5Y4	121 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SYNE1-231	ENST00000498751	C9orf153	Q5TBE3	101 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SYNE1-231	ENST00000498751	IGLV9-49	A0A0B4J1Y8	123 aa		4.51	□□□□□ -1.69

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