RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000493468.6

PRPF40A-211, Transcript of pre-mRNA processing factor 40 homolog A, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene PRPF40A, Length 1,043 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF40A-211ENST00000493468 LINC00310P59036 64 aa7.06□□□□□ -1.28
PRPF40A-211ENST00000493468 YPEL4Q96NS1 127 aa7.06□□□□□ -1.28
PRPF40A-211ENST00000493468 SERF1AO75920 110 aa7.05□□□□□ -1.28
PRPF40A-211ENST00000493468 MPLKIPQ8TAP9 179 aa7.04□□□□□ -1.28
PRPF40A-211ENST00000493468 NEBP20929 6669 aa7.03□□□□□ -1.28
PRPF40A-211ENST00000493468 ZNF815PA8K554 130 aa7.03□□□□□ -1.28
PRPF40A-211ENST00000493468 LST1O00453 97 aa7.03□□□□□ -1.28
PRPF40A-211ENST00000493468 FABP4P15090 132 aa7.03□□□□□ -1.28
PRPF40A-211ENST00000493468 TRAV13-2A0A0B4J235 113 aa7.02□□□□□ -1.29
PRPF40A-211ENST00000493468 SNAPINO95295 136 aa7.01□□□□□ -1.29
PRPF40A-211ENST00000493468 RBM12B-AS1Q9P1G2 102 aa7.01□□□□□ -1.29
PRPF40A-211ENST00000493468 A6NDN8 102 aa7□□□□□ -1.29
PRPF40A-211ENST00000493468 COPS9Q8WXC6 57 aa7□□□□□ -1.29
PRPF40A-211ENST00000493468 KRTAP4-8A0A0G2JLE6 195 aa6.99□□□□□ -1.29
PRPF40A-211ENST00000493468 APOC3P02656 99 aa6.99□□□□□ -1.29
PRPF40A-211ENST00000493468 SVBPQ8N300 66 aa6.99□□□□□ -1.29
PRPF40A-211ENST00000493468 HRES1P13985 223 aa6.98□□□□□ -1.29
PRPF40A-211ENST00000493468 OCIAD2Q56VL3 154 aa6.98□□□□□ -1.29
PRPF40A-211ENST00000493468 IFITM1P13164 125 aa6.97□□□□□ -1.29
PRPF40A-211ENST00000493468 KRTAP16-1A8MUX0 517 aa6.96□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 SLC7A5P1Q8MH63 180 aa6.96□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 SMIM11BQ8TCY0 68 aa6.96□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 KRTAP9-9Q9BYP9 154 aa6.96□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 KRTAP9-4Q9BYQ2 154 aa6.96□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 SS18L2Q9UHA2 77 aa6.96□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 TRGC2P03986 189 aa6.95□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 NDUFA5Q16718 116 aa6.95□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 Q6ZQY7 126 aa6.95□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 TTTY13Q9BZ97 58 aa6.95□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 LINC00575Q6W349 94 aa6.94□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 Q6ZVH6 145 aa6.94□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 SYS1-DBNDD2H3BUS1 97 aa6.93□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 VAMP3Q15836 100 aa6.92□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 PPDPFLQ8WWR9 84 aa6.92□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 hADV29S1A0JD25 119 aa6.91□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 SCGB1D1O95968 90 aa6.91□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 LINC01545Q5VT33 79 aa6.91□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 SCGB1D4Q6XE38 83 aa6.91□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 MUC12Q9UKN1 5478 aa6.9□□□□□ -1.3
PRPF40A-211ENST00000493468 DSCR10P59022 87 aa6.89□□□□□ -1.31
PRPF40A-211ENST00000493468 NOTCH2NLQ7Z3S9 236 aa6.89□□□□□ -1.31
PRPF40A-211ENST00000493468 MUSTN1Q8IVN3 82 aa6.89□□□□□ -1.31
PRPF40A-211ENST00000493468 UNQ6493/PRO21345Q6UXR8 122 aaPredicted RBP6.88□□□□□ -1.31
PRPF40A-211ENST00000493468 ANKRD39Q53RE8 183 aa6.87□□□□□ -1.31
PRPF40A-211ENST00000493468 MTURNQ8N3F0 131 aa6.87□□□□□ -1.31
PRPF40A-211ENST00000493468 A8MWP4 228 aa6.86□□□□□ -1.31
PRPF40A-211ENST00000493468 H3BUT2 72 aa6.86□□□□□ -1.31
PRPF40A-211ENST00000493468 KRTAP20-1Q3LI63 56 aa6.86□□□□□ -1.31
PRPF40A-211ENST00000493468 PET117Q6UWS5 81 aa6.86□□□□□ -1.31
PRPF40A-211ENST00000493468 TEN1Q86WV5 123 aa6.85□□□□□ -1.31
PRPF40A-211ENST00000493468 SNHG12Q9BXW3 62 aa6.85□□□□□ -1.31
PRPF40A-211ENST00000493468 A6NJY4 79 aa6.84□□□□□ -1.31
PRPF40A-211ENST00000493468 LINC00313P59037 77 aa6.83□□□□□ -1.32
PRPF40A-211ENST00000493468 A0A087WSZ3 146 aa6.81□□□□□ -1.32
PRPF40A-211ENST00000493468 KRTAP4-12Q9BQ66 201 aa6.81□□□□□ -1.32
PRPF40A-211ENST00000493468 KRTAP4-7Q9BYR0 210 aa6.81□□□□□ -1.32
PRPF40A-211ENST00000493468 COLCA2A8K830 154 aa6.8□□□□□ -1.32
PRPF40A-211ENST00000493468 Q8N9P0 234 aaPredicted RBP6.8□□□□□ -1.32
PRPF40A-211ENST00000493468 SIGMAR1Q99720 223 aa6.8□□□□□ -1.32
PRPF40A-211ENST00000493468 C3orf79P0CE67 100 aa6.75□□□□□ -1.33
PRPF40A-211ENST00000493468 BVES-AS1Q5T3Y7 98 aa6.75□□□□□ -1.33
PRPF40A-211ENST00000493468 IGKV4-1P06312 121 aa6.72□□□□□ -1.33
PRPF40A-211ENST00000493468 C12orf57Q99622 126 aa6.72□□□□□ -1.33
PRPF40A-211ENST00000493468 NDUFV3P56181 108 aaKnown RBP6.71□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 HIST1H2BKO60814 126 aa6.69□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 HIST1H2BJP06899 126 aa6.69□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 HIST1H2BOP23527 126 aa6.69□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 HIST1H2BBP33778 126 aa6.69□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 SPINK7P58062 85 aa6.69□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 HIST1H2BDP58876 126 aa6.69□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 HIST1H2BCP62807 126 aa6.69□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 HIST2H2BEQ16778 126 aa6.69□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 HIST2H2BFQ5QNW6 126 aaPredicted RBP6.69□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 HIST1H2BHQ93079 126 aa6.69□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 HIST1H2BNQ99877 126 aa6.69□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 HIST1H2BMQ99879 126 aa6.69□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 KRTDAPP60985 99 aa6.68□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 A0A1W2PNM2 257 aa6.67□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 ZCCHC13Q8WW36 166 aaKnown RBP6.67□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 H3BMG7 143 aa6.66□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 SNCGO76070 127 aa6.65□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 KRTAP5-9P26371 169 aa6.65□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 ATOH7Q8N100 152 aa6.65□□□□□ -1.34
PRPF40A-211ENST00000493468 IGHV6-1A0A0B4J1U7 121 aa6.64□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 TRBV7-4A0A0J9YYF1 115 aa6.63□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 A6NN06 94 aa6.63□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 C8orf87E5RJ46 101 aa6.63□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 SNRPEP62304 92 aaKnown RBP6.63□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 LINC00472Q9H8W2 130 aa6.63□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 MDN1Q9NU22 5596 aa6.63□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 GHRHP01286 108 aa6.62□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 WFDC13Q8IUB5 93 aa6.62□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 RAB37Q96AX2 223 aa6.61□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 FAM218AQ96MZ4 157 aa6.61□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 KMT2DO14686 5537 aa6.61□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 H0YGX0 51 aa6.6□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 DEFB116Q30KQ4 102 aa6.59□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 COA6Q5JTJ3 125 aaKnown RBP6.59□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 LCE1DQ5T752 114 aa6.59□□□□□ -1.35
PRPF40A-211ENST00000493468 A0A1B0GVX0 72 aa6.58□□□□□ -1.36
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 64.9 ms