RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000498751.1

SYNE1-231, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 4

Gene SYNE1, Length 578 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-231	ENST00000498751	CMYA5	Q8N3K9	4069 aa		5.1	□□□□□ -1.59
SYNE1-231	ENST00000498751	NBEAL2	Q6ZNJ1	2754 aa		5.09	□□□□□ -1.59
SYNE1-231	ENST00000498751		J3QR89	54 aa		5.09	□□□□□ -1.59
SYNE1-231	ENST00000498751	KRTAP10-2	P60368	255 aa		5.09	□□□□□ -1.59
SYNE1-231	ENST00000498751	NPC2	P61916	151 aa		5.09	□□□□□ -1.59
SYNE1-231	ENST00000498751		Q1RN00	199 aa		5.09	□□□□□ -1.59
SYNE1-231	ENST00000498751	RNF151	Q2KHN1	245 aa		5.09	□□□□□ -1.59
SYNE1-231	ENST00000498751	DEFB121	Q5J5C9	76 aa		5.09	□□□□□ -1.59
SYNE1-231	ENST00000498751	C15orf56	Q8N910	161 aa		5.09	□□□□□ -1.59
SYNE1-231	ENST00000498751	C1orf43	Q9BWL3	253 aa		5.09	□□□□□ -1.59
SYNE1-231	ENST00000498751	COL6A5	A8TX70	2615 aa		5.08	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751		A0A0U1RRA0	63 aa		5.08	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	SLC25A20	O43772	301 aa		5.08	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	TLX1NB	P0CAT3	122 aa		5.08	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	PFN2	P35080	140 aa		5.08	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	TMEM126A	Q9H061	195 aa		5.08	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	PRB2	P02812	416 aa	Predicted RBP	5.07	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	ETDB	Q3ZM63	59 aa		5.07	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	C10orf25	Q5T742	122 aa		5.07	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	UNQ6190/PRO20217	Q6UXQ8	127 aa		5.07	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	ANKRD29	Q8N6D5	301 aa		5.07	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	MRAP	Q8TCY5	172 aa		5.07	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	RMI2	Q96E14	147 aa		5.07	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	C6orf48	Q9UBA6	75 aa		5.07	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	PLA2G2D	Q9UNK4	145 aa		5.07	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751		C9JAW5	83 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	ZNF561-AS1	K7EIQ3	104 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	SMIM11B	Q8TCY0	68 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	PPDPFL	Q8WWR9	84 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	APLN	Q9ULZ1	77 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	PKD1L1	Q8TDX9	2849 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	NDUFC2-KCTD14	E9PQ53	114 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751		H7C2G1	150 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	IGLV6-57	P01721	117 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	C6orf223	Q8N319	242 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	LINC00167	Q96N53	147 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	NUPR2	A6NF83	97 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	CAMK2N2	Q96S95	79 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	TENM3	Q9P273	2699 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	IGKV2D-24	A0A075B6R9	120 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	TRBV7-6	A0A0J9YX20	115 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	C9orf116	Q5BN46	136 aa	Predicted RBP	5.03	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751		Q6ZRU5	148 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	SVIP	Q8NHG7	77 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	CLEC2B	Q92478	149 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SYNE1-231	ENST00000498751	IGLV5-37	A0A075B6J1	123 aa		5.02	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	FAM240A	A0A1B0GVK7	77 aa		5.02	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	VPREB1	P12018	145 aa		5.02	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	SYCN	Q0VAF6	134 aa		5.02	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751		Q8NDZ9	215 aa		5.02	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	FAM218A	Q96MZ4	157 aa		5.02	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	HUWE1	Q7Z6Z7	4374 aa	Known RBP	5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751		H3BQ85	93 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	PLA2G1B	P04054	148 aa	Known RBP	5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	MTURN	Q8N3F0	131 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	C22orf24	Q9Y442	160 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	NBEAL1	Q6ZS30	2694 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	TTC32	Q5I0X7	151 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	OBSCN-AS1	Q96MR7	158 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	USP17L23	D6RBM5	183 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751		M0R378	163 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	CNBP	P62633	177 aa	Known RBP	4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	HIGD2B	Q4VC39	106 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751		Q6ZRP5	223 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	OR13C6P	Q8NH95	151 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	LINC00526	Q96FQ7	95 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	VPS25	Q9BRG1	176 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	MGAM2	Q2M2H8	2515 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	NOTCH1	P46531	2555 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751		A0A087WYN8	130 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	SLPI	P03973	132 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	ACYP1	P07311	99 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	BAALC-AS2	P0C853	105 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	PCP4	P48539	62 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	S100A7L2	Q5SY68	101 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	LINC00575	Q6W349	94 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751		Q8N814	137 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	SNCG	O76070	127 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	DNAL4	O96015	105 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	INAFM2	P0DMQ5	153 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	PRR3	P79522	188 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	C6orf99	Q4VX62	202 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	C14orf177	Q52M58	125 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	SDIM1	Q6ZPB5	146 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	KRTAP1-5	Q9BYS1	174 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751		Q9HAA7	133 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-231	ENST00000498751	TRAV23DV6	A0A075B6W5	121 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	TEX49	A0A1B0GTD5	131 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	TMEM256-PLSCR3	K7ERE1	68 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	LECT2	O14960	151 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	ELOF1	P60002	83 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	RPL18A	Q02543	176 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	C9orf129	Q5T035	196 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751		Q6ZRN7	208 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	CDIP1	Q9H305	208 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	KCNQ1DN	Q9H478	68 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	XAGE1A	Q9HD64	81 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	PKIG	Q9Y2B9	76 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	TRBV10-3	A0A0K0K1G6	114 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	LOC107984640	A0A0U1RRK4	108 aa		4.95	□□□□□ -1.62

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