RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556768.5

SCFD1-222, Transcript of sec1 family domain containing 1, human

TSL 1 (best)

Gene SCFD1, Length 1,829 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SCFD1-222	ENST00000556768	RPL18A	Q02543	176 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768		Q8N8P6	123 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768	OPRPN	Q99935	248 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768	TMEM218	A2RU14	115 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768	C2orf66	Q6UXQ4	117 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768		Q6ZRP5	223 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768	TRAV9-1	A0A075B6T8	112 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768	SEC11A	P67812	179 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768	MRPL35	Q9NZE8	188 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768	IGLV4-3	A0A075B6K6	122 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768		A0A087WZ39	114 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768	LINC01549	A6NIU2	74 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768	PRSS2	P07478	247 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768	HNRNPA3	P51991	378 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768	PRR3	P79522	188 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768	PACRG	Q96M98	296 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768	SEC11C	Q9BY50	192 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SCFD1-222	ENST00000556768	FAT3	Q8TDW7	4589 aa		4.59	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	BORCS8-MEF2B	H3BNR1	382 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	CKS1B	P61024	79 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	COX19	Q49B96	90 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	LINC00242	Q5T6M2	205 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	REG3G	Q6UW15	175 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	SPINK6	Q6UWN8	80 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	PRR26	Q8N8Z3	221 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768		A0A0J9YXV3	536 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	MT-ND6	P03923	174 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	HERV-K104	P63124	156 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	C9orf116	Q5BN46	136 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	C6orf226	Q5I0X4	101 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	LINC01561	Q8N1V8	128 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	FAM104A	Q969W3	186 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	GNB1L	Q9BYB4	327 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	GEMIN7	Q9H840	131 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	TRBV30	A0A0K0K1B3	111 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	UBE2D1	P51668	147 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	HERVK_113	P63121	156 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	UNQ6190/PRO20217	Q6UXQ8	127 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768		A0A1W2PNN7	141 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	IGIP	A6NJ69	53 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	KIAA1644	Q3SXP7	199 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	ERAS	Q7Z444	233 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	SCGB3A1	Q96QR1	104 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	AMELX	Q99217	191 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	TIMM17A	Q99595	171 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	SMCO4	Q9NRQ5	59 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	TOMM7	Q9P0U1	55 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	NDUFC2-KCTD14	E9PQ53	114 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	TLX1NB	P0CAT3	122 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	ADCYAP1	P18509	176 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	FABP9	Q0Z7S8	132 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	RHEB	Q15382	184 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	COMMD7	Q86VX2	200 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	TOMM6	Q96B49	74 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	RPS10P5	Q9NQ39	176 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	RPL24	P83731	157 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	NDUFA5	Q16718	116 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	FA2H	Q7L5A8	372 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	C6orf48	Q9UBA6	75 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	IFITM2	Q01629	132 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	KIAA0087	Q14695	138 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	C1orf137	Q5JT78	98 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	C2orf82	Q6UX34	121 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768		Q8IZM0	81 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	LINC01600	Q96MT4	127 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	PSORS1C2	Q9UIG4	136 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	IGLV5-37	A0A075B6J1	123 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	UBE2B	P63146	152 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	ZC2HC1B	Q5TFG8	222 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	PHF5A	Q7RTV0	110 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	FAM19A5	Q7Z5A7	132 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	FAM19A3	Q7Z5A8	133 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	LINC00469	Q8N7U9	141 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	HMCN2	Q8NDA2	5059 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	PKHD1L1	Q86WI1	4243 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768		F8VRH5	84 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	CXCL5	P42830	114 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	SRSF9	Q13242	221 aa	Known RBP eCLIP	4.53	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	LINC00173	Q6ZV60	143 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	KRTAP19-1	Q8IUB9	90 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	CDKN2A-AS1	Q9UH64	79 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SCFD1-222	ENST00000556768	TINCR	A0A1B0GVN0	87 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768		H3BRM9	83 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	MT1HL1	P0DM35	61 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	DIRC1	Q969H9	104 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	FAM168B	A1KXE4	195 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768		M0QXV9	152 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	SNAPIN	O95295	136 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	APOC3	P02656	99 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	NDUFA6	P56556	154 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	RAB5B	P61020	215 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	PMVK	Q15126	192 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	C10orf91	Q5T1B1	145 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	SVBP	Q8N300	66 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	CST9L	Q9H4G1	147 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	CARHSP1	Q9Y2V2	147 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	TRAPPC1	Q9Y5R8	145 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	LINC00614	P0C842	121 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	PDZD11	Q5EBL8	140 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SCFD1-222	ENST00000556768	LINC01546	A6NGU7	62 aa		4.5	□□□□□ -1.69

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