RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556725.1

SYNE2-222, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 3

Gene SYNE2, Length 672 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-222	ENST00000556725	MRPL51	Q4U2R6	128 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	LBH	Q53QV2	105 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	SVIP	Q8NHG7	77 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	PPP1R17	O96001	155 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	IFITM2	Q01629	132 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	MRPL55	Q7Z7F7	128 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	LINC00167	Q96N53	147 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	SPANXA1	Q9NS26	97 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	PPP1R2P9	O14990	202 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	TCAP	O15273	167 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	RIG	Q13278	110 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	ZC2HC1B	Q5TFG8	222 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	FAM104B	Q5XKR9	115 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	KRTAP13-1	Q8IUC0	172 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	TRBV24-1	A0A075B6N3	115 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	GAGE10	A6NGK3	116 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	CEBPG	P53567	150 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	ASB16-AS1	Q495Z4	193 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	FAM229B	Q4G0N7	80 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	C20orf78	Q9BR46	151 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	TOMM7	Q9P0U1	55 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	TP73-AS1	Q9UF72	201 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	IGLV4-3	A0A075B6K6	122 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	IGKV2D-26	A0A0A0MRZ7	120 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	TNFRSF6B	O95407	300 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	CKS2	P33552	79 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	TAGLN2	P37802	199 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	RPL32	P62910	135 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	C6orf226	Q5I0X4	101 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	C3orf22	Q8N5N4	141 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	SMIM2	Q9BVW6	85 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	LINC00862	A6NCI5	91 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	TMEM250	H0YL14	139 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	NPY	P01303	97 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	PRSS2	P07478	247 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	UBE2A	P49459	152 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	CKS1B	P61024	79 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	KRTAP13-3	Q3SY46	172 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	LINC01551	Q86U37	167 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	LINC01561	Q8N1V8	128 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	LINC00337	Q8N6G1	96 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	OSTC	Q9NRP0	149 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725		V9GYV3	84 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	CTAG1A	P78358	180 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	CLLU1	Q5K131	121 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725		Q6ZN92	141 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	ALKBH7	Q9BT30	221 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725		D6R8Y8	96 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	SCO1	O75880	301 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	IFI27	P40305	119 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	RAB14	P61106	215 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	PNRC1	Q12796	327 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	SLC51B	Q86UW2	128 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725		Q8IZM0	81 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	TMEM141	Q96I45	108 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	SMIM7	Q9BQ49	75 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	EIF5A2	Q9GZV4	153 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	PYGO1	Q9Y3Y4	419 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	PRLH	P81277	87 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	TEX43	Q6ZNM6	134 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	IGKV2-28	A0A075B6P5	120 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725		F8VRH5	84 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	IGKV2D-28	P01615	120 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	SEC61B	P60468	96 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	KRTAP19-2	Q3LHN2	52 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	FAM74A3	Q4VXF1	159 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	FP248	Q71RG6	208 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	PLEKHB2	Q96CS7	222 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	AMELX	Q99217	191 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	NAT8B	Q9UHF3	227 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	IGLV5-37	A0A075B6J1	123 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	SMIM27	A0A1W2PRY6	76 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	RAB5A	P20339	215 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	MT1H	P80294	61 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	C2orf66	Q6UXQ4	117 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	CDKN2A-AS1	Q9UH64	79 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SYNE2-222	ENST00000556725	TMEM238	C9JI98	176 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	SRP19	P09132	144 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	RAB5B	P61020	215 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	MRPL54	Q6P161	138 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	SPAG11A	Q6PDA7	123 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	FAM19A1	Q7Z5A9	133 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	SLC7A5P1	Q8MH63	180 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	C2orf88	Q9BSF0	95 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	VCX2	Q9H322	139 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	LOC389332	A0A1B0GUA5	103 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	RPL23	P62829	140 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	FAM19A3	Q7Z5A8	133 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	DAND5	Q8N907	189 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	NKAPP1	Q8N9T2	125 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725		A0A1B0GW15	77 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725		A0A1B0GXF2	115 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	ALKAL2	Q6UX46	152 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	TMEM136	Q6ZRR5	245 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	PRELID3A	Q96N28	172 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	TMEM126A	Q9H061	195 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	IGIP	A6NJ69	53 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725		F8W036	122 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725		M0R378	163 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SYNE2-222	ENST00000556725	PPBP	P02775	128 aa		4.8	□□□□□ -1.64

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