RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000515847.1

LIMCH1-222, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, human

TSL 4

Gene LIMCH1, Length 490 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LIMCH1-222	ENST00000515847	OPRPN	Q99935	248 aa	Predicted RBP	5.09	□□□□□ -1.59
LIMCH1-222	ENST00000515847	LINC00474	Q9P2X8	69 aa		5.09	□□□□□ -1.59
LIMCH1-222	ENST00000515847	CHTOP	Q9Y3Y2	248 aa	Known RBP	5.09	□□□□□ -1.59
LIMCH1-222	ENST00000515847	APOB	P04114	4563 aa	Known RBP	5.09	□□□□□ -1.59
LIMCH1-222	ENST00000515847	IGLV4-69	A0A075B6H9	119 aa		5.08	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	IGLV5-45	A0A087WSX0	123 aa		5.08	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	CKS1B	P61024	79 aa		5.08	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	SYCN	Q0VAF6	134 aa		5.08	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	WFDC2	Q14508	124 aa		5.08	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	HIGD2B	Q4VC39	106 aa		5.08	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847		Q8IZM0	81 aa		5.08	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	MAPKAPK5-AS1	Q8N8E1	139 aa		5.08	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	C15orf56	Q8N910	161 aa		5.08	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	HSPG2	P98160	4391 aa		5.08	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	DNAH8	Q96JB1	4490 aa		5.08	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847		A0A0J9YXV3	536 aa		5.07	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	LINC00310	P59036	64 aa		5.07	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	TMEM170B	Q5T4T1	132 aa		5.07	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	FAM19A2	Q8N3H0	131 aa		5.07	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	TRBV30	A0A0K0K1B3	111 aa		5.06	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847		H0Y8G0	127 aa		5.06	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	DPM2	O94777	84 aa		5.06	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	FABP4	P15090	132 aa		5.06	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	RNF151	Q2KHN1	245 aa		5.06	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	C6orf226	Q5I0X4	101 aa		5.06	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	LCE5A	Q5TCM9	118 aa		5.06	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	PET117	Q6UWS5	81 aa		5.06	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	C9orf163	Q8N9P6	203 aa		5.06	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	FAM104A	Q969W3	186 aa		5.06	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	MRPL35	Q9NZE8	188 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	TOMM7	Q9P0U1	55 aa		5.06	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	CDKN2A-AS1	Q9UH64	79 aa		5.06	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	KIAA1109	Q2LD37	5005 aa		5.06	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	LOC107984640	A0A0U1RRK4	108 aa		5.05	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	C11orf86	A6NJI1	115 aa		5.05	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	ZNF22	P17026	224 aa	Predicted RBP	5.05	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	LINC00587	B1AMM8	73 aa		5.04	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	SMIM1	B2RUZ4	78 aa		5.04	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	SYS1-DBNDD2	H3BUS1	97 aa		5.04	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	CDK2AP2	O75956	126 aa		5.04	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	IGKC	P01834	107 aa		5.04	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	ODF1	Q14990	250 aa		5.04	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	ZC2HC1B	Q5TFG8	222 aa		5.04	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	COX7B2	Q8TF08	81 aa		5.04	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	KRTAP4-5	Q9BYR2	181 aa		5.04	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	RYR1	P21817	5038 aa		5.03	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	SPINK8	P0C7L1	97 aa		5.03	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	COX6A2	Q02221	97 aa		5.03	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	PLEKHB2	Q96CS7	222 aa		5.03	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	HERC2	O95714	4834 aa		5.03	□□□□□ -1.6
LIMCH1-222	ENST00000515847	IGLV5-39	A0A0G2JS06	123 aa		5.02	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	NMU	P48645	174 aa		5.02	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	KRTDAP	P60985	99 aa		5.02	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	SNRPE	P62304	92 aa	Known RBP	5.02	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	HERV-K104	P63124	156 aa		5.02	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	RPL18A	Q02543	176 aa	Known RBP	5.02	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847		Q6ZRU5	148 aa		5.02	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	TMEM223	A0PJW6	202 aa		5.01	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	HSBP1L1	C9JCN9	74 aa		5.01	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	NDUFC2-KCTD14	E9PQ53	114 aa		5.01	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	NUPR1	O60356	82 aa		5.01	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	TLX1NB	P0CAT3	122 aa		5.01	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	LGALS3	P17931	250 aa	Known RBP	5.01	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	KRTAP10-1	P60331	282 aa		5.01	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	LINC01545	Q5VT33	79 aa		5.01	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	DPH3	Q96FX2	82 aa		5.01	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	KRTAP9-3	Q9BYQ3	159 aa		5.01	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	MYMX	A0A1B0GTQ4	84 aa		5	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	COX17	Q14061	63 aa		5	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	KIAA0087	Q14695	138 aa		5	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847		Q6ZSA8	131 aa		5	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	HIST3H2BB	Q8N257	126 aa		5	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	LEPROT	O15243	131 aa		4.99	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	C3orf79	P0CE67	100 aa		4.99	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	PTTG1IP	P53801	180 aa		4.99	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	GAGE2B	Q13066	116 aa		4.99	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	LINC01620	Q4KN68	170 aa		4.99	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	SDIM1	Q6ZPB5	146 aa		4.99	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	SPACA4	Q8TDM5	124 aa		4.99	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	C7orf33	Q8WU49	177 aa		4.99	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	LINC00526	Q96FQ7	95 aa		4.99	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	HIST1H2BL	Q99880	126 aa		4.99	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	C6orf48	Q9UBA6	75 aa		4.99	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	IGKV2-24	A0A0C4DH68	120 aa		4.98	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847		E9PLD3	99 aa		4.98	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	CIRBP	Q14011	172 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	MAJIN	Q3KP22	176 aa		4.98	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	MEIG1	Q5JSS6	88 aa		4.98	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	UNQ6190/PRO20217	Q6UXQ8	127 aa		4.98	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	NDUFA12	Q9UI09	145 aa		4.98	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	VPS13B	Q7Z7G8	4022 aa		4.97	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	FAT1	Q14517	4588 aa		4.97	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847		J3QQQ9	107 aa		4.97	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	SLPI	P03973	132 aa		4.97	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	HAMP	P81172	84 aa		4.97	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	C2orf82	Q6UX34	121 aa		4.97	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	COPS9	Q8WXC6	57 aa		4.97	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	PMCHL2	Q9BQD1	86 aa		4.97	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847	ERG28	Q9UKR5	140 aa		4.97	□□□□□ -1.61
LIMCH1-222	ENST00000515847		A0A096LNI7	61 aa		4.96	□□□□□ -1.62

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