RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 TMEM243Q9BU79 118 aa11.86□□□□□ -0.51
CLN3-241ENST00000635861 MAP1LC3CQ9BXW4 147 aa11.86□□□□□ -0.51
CLN3-241ENST00000635861 LAMTOR2Q9Y2Q5 125 aa11.86□□□□□ -0.51
CLN3-241ENST00000635861 A0A1B0GUT8 65 aa11.85□□□□□ -0.51
CLN3-241ENST00000635861 ORAOV1Q8WV07 137 aa11.85□□□□□ -0.51
CLN3-241ENST00000635861 LEPROTL1O95214 131 aa11.84□□□□□ -0.51
CLN3-241ENST00000635861 CAMPP49913 170 aa11.84□□□□□ -0.51
CLN3-241ENST00000635861 SDIM1Q6ZPB5 146 aa11.84□□□□□ -0.51
CLN3-241ENST00000635861 CIRBPQ14011 172 aaKnown RBP11.83□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 CBY1Q9Y3M2 126 aa11.83□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 TRAV16A0A0A6YYK6 109 aaPredicted RBP11.82□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 UBE2L6O14933 153 aa11.82□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 AP5S1Q9NUS5 200 aa11.82□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 AFDN-AS1Q9Y6Z5 254 aaPredicted RBP11.82□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 IGLV10-54A0A075B6I4 117 aa11.81□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 COTL1Q14019 142 aa11.81□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 RNF185Q96GF1 192 aa11.81□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 IGLV4-60A0A075B6I1 120 aa11.8□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 hDV102S1A0JD36 115 aa11.8□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 IGHV3-64A0A075B6Q5 118 aa11.79□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 SYS1-DBNDD2H3BUS1 97 aa11.79□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 FAM19A2Q8N3H0 131 aa11.78□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 TWIST1Q15672 202 aa11.77□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 BATFQ16520 125 aa11.77□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 CFAP161Q6P656 301 aa11.77□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 SLC25A34Q6PIV7 304 aa11.77□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 FA2HQ7L5A8 372 aa11.77□□□□□ -0.52
CLN3-241ENST00000635861 PANO1I0J062 215 aa11.77□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 NCR2O95944 276 aa11.76□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 PPBPP02775 128 aa11.76□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 G0S2P27469 103 aa11.76□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 Q6ZRU5 148 aa11.76□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 H7C423 109 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 SMIM15Q7Z3B0 74 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 PRSS3P2Q8NHM4 247 aa11.75□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 PLA2G2DQ9UNK4 145 aa11.74□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 SPACA4Q8TDM5 124 aa11.73□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 SLPIP03973 132 aa11.72□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 ORMDL3Q8N138 153 aa11.72□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 C15orf56Q8N910 161 aa11.72□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 A0A087WYN8 130 aa11.71□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 LINC01545Q5VT33 79 aa11.71□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 AMMECR1LQ6DCA0 310 aa11.71□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 DPH3Q96FX2 82 aa11.71□□□□□ -0.53
CLN3-241ENST00000635861 UBR4Q5T4S7 5183 aa11.7□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 GAGE12HA6NDE8 117 aa11.7□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 PTTG1IPP53801 180 aa11.7□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 UBE2V1Q13404 147 aa11.7□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 PLAC8Q9NZF1 115 aa11.7□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 SEC11AP67812 179 aa11.69□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 TRAV26-2A0A0B4J265 109 aa11.69□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 FAM104BQ5XKR9 115 aa11.69□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 AMN1Q8IY45 258 aa11.68□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 C7orf33Q8WU49 177 aa11.68□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 CHCHD10Q8WYQ3 142 aaPredicted RBP11.68□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 PKIGQ9Y2B9 76 aa11.68□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 GVQW2A0A096LPI5 108 aaPredicted RBP11.67□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 TRBV6-5A0A0K0K1A5 114 aa11.67□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 SDHAF1A6NFY7 115 aa11.67□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 CHTF8P0CG12 524 aa11.67□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 STPG4Q8N801 248 aa11.67□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 RPL39LQ96EH5 51 aaKnown RBP11.67□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 URB1-AS1Q96HZ7 61 aa11.67□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 PRELID3AQ96N28 172 aa11.67□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 NXT2Q9NPJ8 142 aaKnown RBP11.67□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 IGKV3OR2-268A0A0C4DH90 116 aa11.66□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 I3L3M4 83 aa11.66□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 HBDP02042 147 aa11.66□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 COX8AP10176 69 aa11.66□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 FGF6P10767 208 aa11.66□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 HINT1P49773 126 aaPredicted RBP11.66□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 OR5A1Q8NGJ0 315 aa11.66□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 A6NDN8 102 aa11.65□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 MT1HL1P0DM35 61 aa11.65□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 COX6A2Q02221 97 aa11.65□□□□□ -0.54
CLN3-241ENST00000635861 IGKV2D-29A0A075B6S2 120 aaPredicted RBP11.64□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 IGKV2-29A2NJV5 120 aaPredicted RBP11.64□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 MRPL51Q4U2R6 128 aaKnown RBP11.64□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 ATOH7Q8N100 152 aa11.64□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 TMEM101Q96IK0 257 aa11.64□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 MAP1LC3AQ9H492 121 aa11.64□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 NPSP0C0P6 89 aa11.63□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 CKS2P33552 79 aa11.63□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 HIGD2BQ4VC39 106 aa11.63□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 MRAP2Q96G30 205 aa11.63□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 LINC00474Q9P2X8 69 aa11.63□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 FOXI1Q12951 378 aa11.62□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 LINC01546A6NGU7 62 aa11.61□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 GAS8-AS1O95177 125 aa11.61□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 VAMP3Q15836 100 aa11.61□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 LINC01549A6NIU2 74 aa11.6□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 MAJINQ3KP22 176 aa11.6□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 BVES-AS1Q5T3Y7 98 aa11.6□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 TNXBP22105 4242 aa11.6□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 IGHV1-58A0A0C4DH39 117 aa11.6□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 LINC00959A0A1B0GUT2 108 aa11.6□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 D6R8Y8 96 aa11.6□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 K7EMI3 77 aa11.6□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 ATP5LO75964 103 aa11.6□□□□□ -0.55
CLN3-241ENST00000635861 GTF2H5Q6ZYL4 71 aa11.6□□□□□ -0.55
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 110.8 ms