RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464168.5

USP4-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 4

Gene USP4, Length 601 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-208	ENST00000464168	NAT8B	Q9UHF3	227 aa		13.69	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	TRBV24-1	A0A075B6N3	115 aa		13.68	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	RPL32	P62910	135 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	LINC00862	A6NCI5	91 aa		13.67	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168		H0Y9J4	135 aa		13.67	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	NDUFA1	O15239	70 aa		13.67	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	TLX1NB	P0CAT3	122 aa		13.67	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	UNQ6190/PRO20217	Q6UXQ8	127 aa		13.67	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	TMEM241	Q24JQ0	296 aa		13.66	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	KRTAP7-1	Q8IUC3	87 aa		13.65	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	SPANXA1	Q9NS26	97 aa		13.65	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	C6orf48	Q9UBA6	75 aa		13.65	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	TCAP	O15273	167 aa		13.64	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	CKS2	P33552	79 aa		13.64	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	MRPS36	P82909	103 aa	Known RBP	13.64	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	FAM74A3	Q4VXF1	159 aa		13.64	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	FAM19A5	Q7Z5A7	132 aa	Predicted RBP	13.64	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	TNFRSF6B	O95407	300 aa		13.63	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	KRTAP1-4	P0C5Y4	121 aa		13.63	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	RPL23	P62829	140 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	IGLV1-50	A0A075B6I6	118 aa		13.62	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	SMIM27	A0A1W2PRY6	76 aa		13.62	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	GAGE2E	Q4V326	116 aa		13.62	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	SMIM2	Q9BVW6	85 aa		13.62	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	SMDT1	Q9H4I9	107 aa		13.62	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	GAGE2D	Q9UEU5	116 aa		13.62	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	MUC2	Q02817	5179 aa		13.61	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	IFITM10	A6NMD0	228 aa		13.61	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	HBB	P68871	147 aa		13.61	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	AKAP14	Q86UN6	197 aa		13.61	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168		A0A1B0GW15	77 aa		13.6	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168	KIAA0087	Q14695	138 aa		13.6	□□□□□ -0.23
USP4-208	ENST00000464168		D6R8Y8	96 aa		13.58	□□□□□ -0.24
USP4-208	ENST00000464168	NPY	P01303	97 aa		13.58	□□□□□ -0.24
USP4-208	ENST00000464168	ADIRF	Q15847	76 aa		13.58	□□□□□ -0.24
USP4-208	ENST00000464168		M0QXV9	152 aa		13.57	□□□□□ -0.24
USP4-208	ENST00000464168	TGIF2-C20orf24	A0A0A6YYL0	155 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP4-208	ENST00000464168		C9JQL5	133 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP4-208	ENST00000464168	UBE2B	P63146	152 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP4-208	ENST00000464168	LINC00242	Q5T6M2	205 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP4-208	ENST00000464168	NAT8	Q9UHE5	227 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP4-208	ENST00000464168	MRPL54	Q6P161	138 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
USP4-208	ENST00000464168	C2orf82	Q6UX34	121 aa		13.54	□□□□□ -0.24
USP4-208	ENST00000464168	TRBV30	A0A0K0K1B3	111 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP4-208	ENST00000464168		A0A1B0GXF2	115 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP4-208	ENST00000464168		F8W036	122 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP4-208	ENST00000464168	C9orf129	Q5T035	196 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
USP4-208	ENST00000464168	NDUFC2-KCTD14	E9PQ53	114 aa		13.52	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	UBE2D1	P51668	147 aa		13.52	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	PRR4	Q16378	134 aa		13.52	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	PYGO1	Q9Y3Y4	419 aa		13.52	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	IGLV4-3	A0A075B6K6	122 aa		13.51	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	PPBP	P02775	128 aa		13.51	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	S100A8	P05109	93 aa		13.51	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	IFI27	P40305	119 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	RPL13A	P40429	203 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	hCG_2014768	A0A024R1R8	64 aa		13.5	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	RAB5A	P20339	215 aa		13.5	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	SRSF3	P84103	164 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	TMEM141	Q96I45	108 aa		13.48	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	PACRG	Q96M98	296 aa	Predicted RBP	13.48	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	CARHSP1	Q9Y2V2	147 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	TMEM136	Q6ZRR5	245 aa		13.47	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	ORMDL3	Q8N138	153 aa		13.47	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	ZNF861P	O60384	105 aa		13.46	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	LINC01561	Q8N1V8	128 aa		13.46	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	PRELID3A	Q96N28	172 aa		13.46	□□□□□ -0.25
USP4-208	ENST00000464168	TEX43	Q6ZNM6	134 aa		13.44	□□□□□ -0.26
USP4-208	ENST00000464168	PEA15	Q15121	130 aa		13.43	□□□□□ -0.26
USP4-208	ENST00000464168	ZC2HC1B	Q5TFG8	222 aa		13.43	□□□□□ -0.26
USP4-208	ENST00000464168	PRSS47	A8MTI9	375 aa		13.42	□□□□□ -0.26
USP4-208	ENST00000464168	LINC00469	Q8N7U9	141 aa		13.42	□□□□□ -0.26
USP4-208	ENST00000464168	C22orf24	Q9Y442	160 aa		13.42	□□□□□ -0.26
USP4-208	ENST00000464168	LINC00173	Q6ZV60	143 aa		13.41	□□□□□ -0.26
USP4-208	ENST00000464168	ATP5L2	Q7Z4Y8	100 aa		13.41	□□□□□ -0.26
USP4-208	ENST00000464168	LOC389332	A0A1B0GUA5	103 aa		13.4	□□□□□ -0.26
USP4-208	ENST00000464168	PRSS2	P07478	247 aa		13.4	□□□□□ -0.26
USP4-208	ENST00000464168		Q6ZN92	141 aa		13.4	□□□□□ -0.26
USP4-208	ENST00000464168	AMELX	Q99217	191 aa		13.4	□□□□□ -0.26
USP4-208	ENST00000464168	C2orf88	Q9BSF0	95 aa		13.4	□□□□□ -0.26
USP4-208	ENST00000464168	NUPR1	O60356	82 aa		13.39	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	CKS1B	P61024	79 aa		13.39	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	TOMM7	Q9P0U1	55 aa		13.39	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	TSPAN13	O95857	204 aa		13.38	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	C6orf226	Q5I0X4	101 aa		13.38	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	C2orf66	Q6UXQ4	117 aa		13.38	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	CTDSP1	Q9GZU7	261 aa		13.38	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	VCX2	Q9H322	139 aa		13.38	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	XAGE1A	Q9HD64	81 aa		13.38	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	LBH	Q53QV2	105 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	MAP1LC3A	Q9H492	121 aa		13.37	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	CYSLTR1	Q9Y271	337 aa		13.37	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	LAMTOR2	Q9Y2Q5	125 aa		13.37	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168		Q8IZM0	81 aa		13.36	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168		Q8N8P6	123 aa		13.36	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	FAM19A3	Q7Z5A8	133 aa		13.35	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	ALKBH7	Q9BT30	221 aa	Predicted RBP	13.35	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168		A0A087X002	238 aa		13.34	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	IGIP	A6NJ69	53 aa		13.34	□□□□□ -0.27
USP4-208	ENST00000464168	NPS	P0C0P6	89 aa		13.33	□□□□□ -0.28

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37 ms