RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 BCAR3O75815 825 aa22.73■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 ARID4AP29374 1257 aaPredicted RBP22.73■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 BTDP43251 543 aa22.73■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 GSTO1P78417 241 aa22.73■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 SLC9C1Q4G0N8 1177 aa22.73■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 ZKSCAN2Q63HK3 967 aa22.73■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 C17orf99Q6UX52 265 aa22.73■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 SCYL3Q8IZE3 742 aa22.73■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 NEUROD6Q96NK8 337 aa22.73■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 TMEM106CQ9BVX2 250 aa22.73■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 COL2A1P02458 1487 aaPredicted RBP22.72■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 PHF20L1A8MW92 1017 aa22.72■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 PDHXO00330 501 aa22.72■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 LDHCP07864 332 aa22.72■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 GORABQ5T7V8 394 aa22.72■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 ZFPM1Q8IX07 1006 aa22.72■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 SPATA5Q8NB90 893 aa22.72■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 PTCH2Q9Y6C5 1203 aa22.72■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 FOCADQ5VW36 1801 aa22.72■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 POTEFA5A3E0 1075 aa22.71■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 MECOMQ03112 1051 aa22.71■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 ZSCAN29Q8IWY8 852 aaPredicted RBP22.71■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 GPR108Q9NPR9 543 aa22.71■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 PICK1Q9NRD5 415 aa22.71■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 HMG20BQ9P0W2 317 aa22.71■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 CDK5RAP2Q96SN8 1893 aa22.71■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 ADGRA2Q96PE1 1338 aa22.7■■□□□ 1.23
CLN3-241ENST00000635861 PNMA6EA0A0J9YXQ4 647 aa22.7■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 IGSF3O75054 1194 aa22.7■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 UQCRFS1P1P0C7P4 283 aa22.7■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 MOGSQ13724 837 aa22.7■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 FASTKD5Q7L8L6 764 aaKnown RBP22.7■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 PARK7Q99497 189 aaKnown RBP22.7■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 TBC1D12O60347 775 aa22.69■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 CTNND1O60716 968 aaKnown RBP22.69■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 CLUAP1Q96AJ1 413 aa22.69■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 MYO5AQ9Y4I1 1855 aaKnown RBP22.69■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 A0A0G2JLL6 359 aaPredicted RBP22.68■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 PTPRAP18433 802 aa22.68■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 HOXD10P28358 340 aa22.68■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 RHBDL3P58872 404 aa22.68■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 SH3BP5LQ7L8J4 393 aa22.68■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 PRRT2Q7Z6L0 340 aaPredicted RBP22.68■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 TMEM57Q8N5G2 664 aa22.68■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 NSUN4Q96CB9 384 aaKnown RBP22.68■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 DDX4Q9NQI0 724 aaKnown RBP22.68■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 SLC45A1Q9Y2W3 748 aa22.68■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 DDTLA6NHG4 134 aaPredicted RBP22.67■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 POLA2Q14181 598 aa22.67■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 TNNQ9UQP3 1299 aa22.67■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 TNFRSF11AQ9Y6Q6 616 aaPredicted RBP22.67■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 PICALMQ13492 652 aa22.66■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 SSH3Q8TE77 659 aa22.66■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 ZNF384Q8TF68 577 aa22.66■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 GCC1Q96CN9 775 aa22.66■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 ARHGAP39Q9C0H5 1083 aa22.66■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 AFG3L2Q9Y4W6 797 aa22.66■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 ZHX2Q9Y6X8 837 aa22.66■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 LOC285556D6RIA3 1793 aa22.66■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 GPAT2Q6NUI2 795 aa22.65■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 TBC1D2Q9BYX2 928 aa22.65■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 CPA4Q9UI42 421 aa22.65■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 MCAMP43121 646 aa22.65■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 PSMC4P43686 418 aa22.65■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 ATP8B2P98198 1209 aa22.65■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 RAI14Q9P0K7 980 aa22.65■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 SRRDQ9UH36 339 aa22.65■■□□□ 1.22
CLN3-241ENST00000635861 BCRP11274 1271 aa22.64■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 EN2P19622 333 aaPredicted RBP22.64■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 CCDC158Q5M9N0 1113 aa22.64■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 PI16Q6UXB8 463 aa22.64■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 FTSJ3Q8IY81 847 aaKnown RBP22.64■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 ZNF512BQ96KM6 892 aaPredicted RBP22.64■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 NOL10Q9BSC4 688 aaKnown RBP22.64■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 OSBPL5Q9H0X9 879 aaPredicted RBP22.64■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 LRP2BPQ9P2M1 347 aa22.64■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP22.63■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 SLC4A8Q2Y0W8 1093 aa22.63■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 TNNI3KQ59H18 835 aa22.63■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 TRIM47Q96LD4 638 aa22.63■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 FPGT-TNNI3KV9GXZ4 949 aa22.63■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 SIPA1L1O43166 1804 aa22.62■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 FMNL1O95466 1100 aaPredicted RBP22.62■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 PLCG2P16885 1265 aa22.62■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 OS9Q13438 667 aaPredicted RBP22.62■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 TTC39AQ5SRH9 613 aa22.62■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 TBC1D9Q6ZT07 1266 aa22.62■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 XPO5Q9HAV4 1204 aaKnown RBP eCLIP22.62■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 NOP58Q9Y2X3 529 aaKnown RBP22.62■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 DOCK3Q8IZD9 2030 aa22.61■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 BAG3O95817 575 aa22.61■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 OSBPP22059 807 aa22.61■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 FCGRTP55899 365 aa22.61■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 HERC5Q9UII4 1024 aaKnown RBP22.61■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 CTGFP29279 349 aa22.6■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 GADL1Q6ZQY3 521 aa22.6■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 RAET1EQ8TD07 263 aa22.6■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 SH3TC2Q8TF17 1288 aa22.6■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 DHX36Q9H2U1 1008 aaKnown RBP22.6■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 MYPNQ86TC9 1320 aa22.6■■□□□ 1.21
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