RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556288.5

ATXN3-238, Transcript of ataxin 3, human

TSL 1 (best)

Gene ATXN3, Length 901 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATXN3-238	ENST00000556288	ENAM	Q9NRM1	1142 aa		6.35	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288	ZFAT	Q9P243	1243 aa		6.35	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288	BRPF3	Q9ULD4	1205 aa		6.35	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		6.34	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288	MAP3K6	O95382	1288 aa		6.34	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288	EPX	P11678	715 aa		6.34	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288	ALAS2	P22557	587 aa		6.34	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288	AMPH	P49418	695 aa		6.34	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288	ARHGAP4	P98171	946 aa		6.34	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288	TOM1L2	Q6ZVM7	507 aa		6.34	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		6.34	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288	NEDD1	Q8NHV4	660 aa		6.34	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	6.34	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288	UBE2O	Q9C0C9	1292 aa	Known RBP	6.34	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288	PANK3	Q9H999	370 aa		6.34	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288	LRRC4B	Q9NT99	713 aa		6.34	□□□□□ -1.39
ATXN3-238	ENST00000556288		A0A1W2PP64	1363 aa		6.33	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	SBNO2	Q9Y2G9	1366 aa		6.33	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	MYOM1	P52179	1685 aa		6.33	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	SHISA8	B8ZZ34	492 aa		6.33	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	AMPD1	P23109	780 aa		6.33	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	USP5	P45974	858 aa		6.33	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	TTC39B	Q5VTQ0	682 aa	Predicted RBP	6.33	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	DHX32	Q7L7V1	743 aa	Known RBP	6.33	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF438	Q7Z4V0	828 aa		6.33	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	TNFRSF25	Q93038	417 aa		6.33	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	BTBD6	Q96KE9	485 aa		6.33	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	6.33	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	6.33	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ELOA3C	A0A087WX78	387 aa	Predicted RBP	6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288		A6NHS1	94 aa		6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ELOA3D	A6NLF2	546 aa	Predicted RBP	6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ADARB2-AS1	A8MUL3	147 aa		6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	FYB1	O15117	783 aa		6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	NDUFB5	O43674	189 aa		6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	MMP20	O60882	483 aa		6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	PSAP	P07602	524 aa		6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	VPS72	Q15906	364 aa		6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ELOA3B	Q3SY89	546 aa		6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	PDE12	Q6L8Q7	609 aa	Known RBP	6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ELOA3	Q8NG57	546 aa		6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ELP3	Q9H9T3	547 aa		6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	NLRP2	Q9NX02	1062 aa		6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	DNAJB12	Q9NXW2	375 aa	Known RBP	6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	TLR7	Q9NYK1	1049 aa	Known RBP	6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	KNSTRN	Q9Y448	316 aa		6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	EDC4	Q6P2E9	1401 aa	Known RBP	6.32	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	COL18A1	P39060	1754 aa		6.31	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	NRAP	Q86VF7	1730 aa		6.31	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	CD163L1	Q9NR16	1453 aa		6.31	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	6.31	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ADH7	P40394	386 aa		6.31	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	EHHADH	Q08426	723 aa		6.31	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	PDE3B	Q13370	1112 aa		6.31	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	6.31	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	PCSK7	Q16549	785 aa		6.31	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	XKR5	Q6UX68	686 aa		6.31	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	MORC1	Q86VD1	984 aa		6.31	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	RRAGC	Q9HB90	399 aa		6.31	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	NRK	Q7Z2Y5	1582 aa		6.31	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		6.31	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		6.31	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	CNTNAP5	Q8WYK1	1306 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ZBTB42	B2RXF5	422 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	MLLT1	Q03111	559 aa	Predicted RBP	6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	PLAUR	Q03405	335 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	CC2D1B	Q5T0F9	858 aa	Known RBP	6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	CHSY3	Q70JA7	882 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	GJD3	Q8N144	294 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	TRPM4	Q8TD43	1214 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ABI2	Q9NYB9	513 aa	Predicted RBP	6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	TMEM63C	Q9P1W3	806 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC6A14	Q9UN76	642 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ATRN	O75882	1429 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	SLIT2	O94813	1529 aa		6.3	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	USP19	O94966	1318 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	GLI3	P10071	1580 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	MAPK1	P28482	360 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	NRL	P54845	237 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	HFE2	Q6ZVN8	426 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	SSH2	Q76I76	1423 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	FAM35A	Q86V20	835 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	CITED4	Q96RK1	184 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	MDFI	Q99750	246 aa		6.29	□□□□□ -1.4
ATXN3-238	ENST00000556288	GZF1	Q9H116	711 aa	Predicted RBP	6.29	□□□□□ -1.4

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14.7 ms