RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000254667.7

PTPRE-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type E, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRE, Length 5,331 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRE-201ENST00000254667 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa25.45■■□□□ 1.67
PTPRE-201ENST00000254667 MRS2Q9HD23 443 aa25.43■■□□□ 1.66
PTPRE-201ENST00000254667 KCNH8Q96L42 1107 aa25.42■■□□□ 1.66
PTPRE-201ENST00000254667 NPM2Q86SE8 214 aaKnown RBP25.4■■□□□ 1.66
PTPRE-201ENST00000254667 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP25.36■■□□□ 1.65
PTPRE-201ENST00000254667 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP25.36■■□□□ 1.65
PTPRE-201ENST00000254667 HSP90AA1P07900 732 aaKnown RBP25.33■■□□□ 1.65
PTPRE-201ENST00000254667 CCDC136Q96JN2 1154 aa25.31■■□□□ 1.64
PTPRE-201ENST00000254667 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP25.3■■□□□ 1.64
PTPRE-201ENST00000254667 ERCC6Q03468 1493 aa25.29■■□□□ 1.64
PTPRE-201ENST00000254667 CDCA8Q53HL2 280 aa25.26■■□□□ 1.63
PTPRE-201ENST00000254667 MYO15BQ96JP2 1530 aa25.24■■□□□ 1.63
PTPRE-201ENST00000254667 ANP32BQ92688 251 aaKnown RBP25.23■■□□□ 1.63
PTPRE-201ENST00000254667 FHAD1B1AJZ9 1412 aa25.21■■□□□ 1.63
PTPRE-201ENST00000254667 MIER1Q8N108 512 aa25.16■■□□□ 1.62
PTPRE-201ENST00000254667 RGL3Q3MIN7 710 aa25.16■■□□□ 1.62
PTPRE-201ENST00000254667 CECR2Q9BXF3 1484 aa25.16■■□□□ 1.62
PTPRE-201ENST00000254667 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP25.15■■□□□ 1.62
PTPRE-201ENST00000254667 MYH16Q9H6N6 1097 aa25.15■■□□□ 1.62
PTPRE-201ENST00000254667 CFAP53Q96M91 514 aa25.13■■□□□ 1.61
PTPRE-201ENST00000254667 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa25.11■■□□□ 1.61
PTPRE-201ENST00000254667 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
PTPRE-201ENST00000254667 CCNB3Q8WWL7 1395 aa25.09■■□□□ 1.61
PTPRE-201ENST00000254667 CUX2O14529 1486 aa25.08■■□□□ 1.6
PTPRE-201ENST00000254667 CARD11Q9BXL7 1154 aa25.07■■□□□ 1.6
PTPRE-201ENST00000254667 KNSTRNQ9Y448 316 aa25.07■■□□□ 1.6
PTPRE-201ENST00000254667 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP25.06■■□□□ 1.6
PTPRE-201ENST00000254667 C14orf37Q86TY3 774 aa25.04■■□□□ 1.6
PTPRE-201ENST00000254667 SMARCA2P51531 1590 aa24.98■■□□□ 1.59
PTPRE-201ENST00000254667 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP24.96■■□□□ 1.59
PTPRE-201ENST00000254667 ZBTB7CA1YPR0 619 aa24.95■■□□□ 1.58
PTPRE-201ENST00000254667 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa24.93■■□□□ 1.58
PTPRE-201ENST00000254667 KANK1Q14678 1352 aa24.92■■□□□ 1.58
PTPRE-201ENST00000254667 SOGA1O94964 1423 aa24.92■■□□□ 1.58
PTPRE-201ENST00000254667 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP24.91■■□□□ 1.58
PTPRE-201ENST00000254667 PDS5BQ9NTI5 1447 aa24.91■■□□□ 1.58
PTPRE-201ENST00000254667 CCDC88BA6NC98 1476 aa24.9■■□□□ 1.58
PTPRE-201ENST00000254667 POGKQ9P215 609 aa24.88■■□□□ 1.57
PTPRE-201ENST00000254667 NUDCQ9Y266 331 aa24.88■■□□□ 1.57
PTPRE-201ENST00000254667 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP24.87■■□□□ 1.57
PTPRE-201ENST00000254667 MROH2BQ7Z745 1585 aa24.87■■□□□ 1.57
PTPRE-201ENST00000254667 A0A0G2JS52 829 aa24.86■■□□□ 1.57
PTPRE-201ENST00000254667 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa24.85■■□□□ 1.57
PTPRE-201ENST00000254667 SIN3AQ96ST3 1273 aa24.85■■□□□ 1.57
PTPRE-201ENST00000254667 VPS8Q8N3P4 1428 aa24.84■■□□□ 1.57
PTPRE-201ENST00000254667 MAPK8IP3Q9UPT6 1336 aa24.84■■□□□ 1.57
PTPRE-201ENST00000254667 HAP1P54257 671 aaPredicted RBP24.83■■□□□ 1.57
PTPRE-201ENST00000254667 DDRGK1Q96HY6 314 aa24.82■■□□□ 1.56
PTPRE-201ENST00000254667 EIF5BO60841 1220 aaKnown RBP24.81■■□□□ 1.56
PTPRE-201ENST00000254667 BECN1Q14457 450 aa24.81■■□□□ 1.56
PTPRE-201ENST00000254667 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa24.81■■□□□ 1.56
PTPRE-201ENST00000254667 HDGFP51858 240 aaKnown RBP24.8■■□□□ 1.56
PTPRE-201ENST00000254667 PPM1GO15355 546 aaPredicted RBP24.8■■□□□ 1.56
PTPRE-201ENST00000254667 PLEKHG5O94827 1062 aa24.78■■□□□ 1.56
PTPRE-201ENST00000254667 TMF1P82094 1093 aa24.78■■□□□ 1.56
PTPRE-201ENST00000254667 SETD5Q9C0A6 1442 aa24.75■■□□□ 1.55
PTPRE-201ENST00000254667 FTSJ3Q8IY81 847 aaKnown RBP24.74■■□□□ 1.55
PTPRE-201ENST00000254667 PNNQ9H307 717 aaKnown RBP24.74■■□□□ 1.55
PTPRE-201ENST00000254667 FMN1Q68DA7 1419 aa24.74■■□□□ 1.55
PTPRE-201ENST00000254667 DCAF11Q8TEB1 546 aa24.73■■□□□ 1.55
PTPRE-201ENST00000254667 CHMP4BQ9H444 224 aaKnown RBP24.72■■□□□ 1.55
PTPRE-201ENST00000254667 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP24.69■■□□□ 1.54
PTPRE-201ENST00000254667 MS4A1P11836 297 aa24.68■■□□□ 1.54
PTPRE-201ENST00000254667 CASC1Q6TDU7 716 aa24.68■■□□□ 1.54
PTPRE-201ENST00000254667 NBR1Q14596 966 aa24.67■■□□□ 1.54
PTPRE-201ENST00000254667 ABCC8Q09428 1581 aa24.67■■□□□ 1.54
PTPRE-201ENST00000254667 ANP32EQ9BTT0 268 aa24.66■■□□□ 1.54
PTPRE-201ENST00000254667 NEUROD2Q15784 382 aa24.65■■□□□ 1.54
PTPRE-201ENST00000254667 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP24.64■■□□□ 1.54
PTPRE-201ENST00000254667 NCLP19338 710 aaKnown RBP24.64■■□□□ 1.53
PTPRE-201ENST00000254667 CC2D1BQ5T0F9 858 aaKnown RBP24.62■■□□□ 1.53
PTPRE-201ENST00000254667 GOLGA6L22H0YM25 854 aa24.62■■□□□ 1.53
PTPRE-201ENST00000254667 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP24.62■■□□□ 1.53
PTPRE-201ENST00000254667 LAS1LQ9Y4W2 734 aaKnown RBP24.61■■□□□ 1.53
PTPRE-201ENST00000254667 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa24.6■■□□□ 1.53
PTPRE-201ENST00000254667 LMOD2Q6P5Q4 547 aa24.6■■□□□ 1.53
PTPRE-201ENST00000254667 CADPSQ9ULU8 1353 aa24.6■■□□□ 1.53
PTPRE-201ENST00000254667 PKD2Q13563 968 aa24.58■■□□□ 1.53
PTPRE-201ENST00000254667 PPP4R2Q9NY27 417 aa24.58■■□□□ 1.53
PTPRE-201ENST00000254667 U2SURPO15042 1029 aaKnown RBP24.57■■□□□ 1.52
PTPRE-201ENST00000254667 TNNT2P45379 298 aaPredicted RBP24.56■■□□□ 1.52
PTPRE-201ENST00000254667 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa24.56■■□□□ 1.52
PTPRE-201ENST00000254667 CCER2I3L3R5 266 aa24.55■■□□□ 1.52
PTPRE-201ENST00000254667 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP24.55■■□□□ 1.52
PTPRE-201ENST00000254667 SRPK2P78362 688 aaKnown RBP24.54■■□□□ 1.52
PTPRE-201ENST00000254667 ARXQ96QS3 562 aa24.54■■□□□ 1.52
PTPRE-201ENST00000254667 GGT6Q6P531 493 aa24.53■■□□□ 1.52
PTPRE-201ENST00000254667 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa24.52■■□□□ 1.52
PTPRE-201ENST00000254667 MLECQ14165 292 aa24.52■■□□□ 1.52
PTPRE-201ENST00000254667 TRHP20396 242 aaPredicted RBP24.51■■□□□ 1.51
PTPRE-201ENST00000254667 FRAT1Q92837 279 aaPredicted RBP24.51■■□□□ 1.51
PTPRE-201ENST00000254667 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa24.5■■□□□ 1.51
PTPRE-201ENST00000254667 MORC1Q86VD1 984 aa24.5■■□□□ 1.51
PTPRE-201ENST00000254667 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP24.48■■□□□ 1.51
PTPRE-201ENST00000254667 RSPH4AQ5TD94 716 aa24.48■■□□□ 1.51
PTPRE-201ENST00000254667 NUP155O75694 1391 aa24.47■■□□□ 1.51
PTPRE-201ENST00000254667 MPHOSPH9Q99550 1183 aa24.46■■□□□ 1.51
PTPRE-201ENST00000254667 WIZO95785 1651 aa24.46■■□□□ 1.51
PTPRE-201ENST00000254667 CDK11BP21127 795 aaKnown RBP24.46■■□□□ 1.51
PTPRE-201ENST00000254667 HDGFL2Q7Z4V5 671 aaPredicted RBP24.44■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 7.5 ms