RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568232.1

CLK3-222, Transcript of CDC like kinase 3, human

Gene CLK3, Length 958 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK3-222	ENST00000568232	SRSF3	P84103	164 aa	Known RBP	7.25	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	PIK3CD-AS1	Q5SR53	167 aa		7.25	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	RPL36AL	Q969Q0	106 aa	Known RBP	7.25	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	NDFIP1	Q9BT67	221 aa		7.25	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	MAP1LC3B	Q9GZQ8	125 aa		7.25	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	RHOD	O00212	210 aa		7.24	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	HMGB3	O15347	200 aa	Known RBP	7.24	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	SCO1	O75880	301 aa		7.24	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	SST	P61278	116 aa		7.24	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	RBX1	P62877	108 aa		7.24	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	KRTAP19-4	Q3LI73	84 aa		7.24	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	FAM231B	A6NCW3	169 aa		7.23	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232		H3BVH4	76 aa		7.23	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232		M0R036	132 aa		7.23	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	PDE6D	O43924	150 aa		7.23	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	SRP19	P09132	144 aa	Known RBP	7.23	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	CDC34	P49427	236 aa	Predicted RBP	7.23	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	GAGE6	Q13070	117 aa		7.23	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	SREK1IP1	Q8N9Q2	155 aa	Predicted RBP	7.23	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	TMEM242	Q9NWH2	141 aa		7.23	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	GNG13	Q9P2W3	67 aa		7.23	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	PSG8	Q9UQ74	426 aa		7.23	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	ARL2-SNX15	V9GYD0	113 aa		7.23	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	TRBV10-1	A0A0K0K1A3	114 aa		7.22	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	CXorf1	O96002	111 aa		7.22	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	MT-ND4L	P03901	98 aa		7.22	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	CCL20	P78556	96 aa		7.22	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	MEF2B	Q02080	365 aa	Predicted RBP	7.22	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	PRR4	Q16378	134 aa		7.22	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	NTM-AS1	Q6ZSK4	140 aa		7.22	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	RAB24	Q969Q5	203 aa		7.22	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	SFRP2	Q96HF1	295 aa		7.22	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	RPS10P5	Q9NQ39	176 aa		7.22	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	IL36B	Q9NZH7	164 aa		7.22	□□□□□ -1.25
CLK3-222	ENST00000568232	C7orf77	A4D0Y5	90 aa		7.21	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232		C9JQL5	133 aa		7.21	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	TAS2R45	P59539	299 aa		7.21	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	FLI1	Q01543	452 aa	Predicted RBP	7.21	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	REG3A	Q06141	175 aa		7.21	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF726P1	Q15940	193 aa		7.21	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232		Q6ZRP5	223 aa		7.21	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	PRNT	Q86SH4	94 aa		7.21	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	BTF3L4	Q96K17	158 aa		7.21	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	CTDSP1	Q9GZU7	261 aa		7.21	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232		A0A096LNI7	61 aa		7.2	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	TCRA	P04437	139 aa		7.2	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	ARMS2	P0C7Q2	107 aa		7.2	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	S100A12	P80511	92 aa		7.2	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	PRR26	Q8N8Z3	221 aa		7.2	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	NEXN-AS1	Q8NBZ9	246 aa		7.2	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	OR10G8	Q8NGN5	311 aa		7.2	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	TMEM167B	Q9NRX6	74 aa		7.2	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	CRCT1	Q9UGL9	99 aa		7.2	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	NAT8	Q9UHE5	227 aa		7.2	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	TRAV26-2	A0A0B4J265	109 aa		7.19	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232		A0A1B0GV50	99 aa		7.19	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	GRIFIN	A4D1Z8	144 aa		7.19	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	FAM74A7	A6NL05	159 aa		7.19	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	STAG3L2	P0CL84	134 aa		7.19	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	STAG3L3	P0CL85	134 aa		7.19	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	RPS10	P46783	165 aa	Known RBP	7.19	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	PKIA	P61925	76 aa		7.19	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	TMEM241	Q24JQ0	296 aa		7.19	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	PQLC2	Q6ZP29	291 aa		7.19	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	C15orf56	Q8N910	161 aa		7.19	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF727	A8MUV8	499 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232		M0R381	172 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	RAB5B	P61020	215 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	HIGD2B	Q4VC39	106 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF664	Q8N3J9	261 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	TCEAL7	Q9BRU2	100 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	GFRA4	Q9GZZ7	299 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	PSORS1C2	Q9UIG4	136 aa		7.18	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	PPP1R2P9	O14990	202 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	ARL14EPL	P0DKL9	152 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	CACNG7	P62955	275 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	C20orf203	Q8NBC4	194 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	ANAPC16	Q96DE5	110 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	SMIM7	Q9BQ49	75 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	TRAV8-4	A0A0B4J246	113 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	SERTM2	A0A1B0GWG4	89 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	COLCA2	A8K830	154 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	FABP5P3	A8MUU1	101 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	C1orf196	B1AJZ1	125 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232		P01737	135 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	CEBPG	P53567	150 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	CBLN2	Q8IUK8	224 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	DERL1	Q9BUN8	251 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	CHTOP	Q9Y3Y2	248 aa	Known RBP	7.16	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	PHLDA3	Q9Y5J5	127 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	IGLV4-60	A0A075B6I1	120 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	TRAV34	A0A0B4J273	112 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232		K7EQM0	130 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	PAGE4	O60829	102 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	S100P	P25815	95 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	GCHFR	P30047	84 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	SAPCD1	Q5SSQ6	148 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	DNLZ	Q5SXM8	178 aa		7.15	□□□□□ -1.26
CLK3-222	ENST00000568232	PRR27	Q6MZM9	219 aa		7.15	□□□□□ -1.26

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