RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472		A0A087WWL8	130 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	C11orf86	A6NJI1	115 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		A8MWV9	139 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		F5H697	171 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	RHOD	O00212	210 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	GCSH	P23434	173 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	CRYBA4	P53673	196 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	UFSP1	Q6NVU6	142 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	RAX2	Q96IS3	184 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	SPX	Q9BT56	116 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	JPT2	Q9H910	190 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	MAP6D1	Q9H9H5	199 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	ADGRG4	Q8IZF6	3080 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	SPTBN1	Q01082	2364 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	PKD1L2	Q7Z442	2459 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	LAMA5	O15230	3695 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	IGLV4-69	A0A075B6H9	119 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1B0GWB2	263 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1W2PPM0	123 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	GAGE10	A6NGK3	116 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	KNCN	A6PVL3	124 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		H3BUT2	72 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		I3L3M4	83 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		M0R2P5	195 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TSHB	P01222	138 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	INS	P01308	110 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	IGKV3-20	P01619	116 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	FABP2	P12104	132 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	FXYD2	P54710	66 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	CMC4	P56277	68 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TCTA	P57738	103 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	SCGB2A2	Q13296	93 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	FHL3	Q13643	280 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	DEFB114	Q30KQ6	69 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF876P	Q49A33	203 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	FAM74A4	Q5TZK3	123 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	MORN3	Q6PF18	240 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		Q6ZSV7	163 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	NFE4	Q86UQ8	179 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM61	Q8N0U2	210 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	MAPKAPK5-AS1	Q8N8E1	139 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	KLHL30-AS1	Q8NEE0	82 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	PRADC1	Q9BSG0	188 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	CST9L	Q9H4G1	147 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	CBY1	Q9Y3M2	126 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	SELENOK	Q9Y6D0	94 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	PRRC2A	P48634	2157 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM238L	A0A1B0GVL6	79 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	RBMY1B	A6NDE4	496 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	RBMY1E	A6NEQ0	496 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	DNAJC9-AS1	A6NH13	148 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472		A6NJY4	79 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	RBMY1D	P0C7P1	496 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	RBMY1A1	P0DJD3	496 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	RBMY1C	P0DJD4	496 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	RBMY1F	Q15415	496 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	DEFB136	Q30KP8	78 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	C18orf65	Q6ZTR6	163 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	NEGR1	Q7Z3B1	354 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	C20orf203	Q8NBC4	194 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	PHLDA1	Q8WV24	401 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	DLX4	Q92988	240 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	DNAJC30	Q96LL9	226 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	DUX3	Q96PT4	197 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	TTTY13	Q9BZ97	58 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	C16orf95	Q9H693	158 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	PYGO1	Q9Y3Y4	419 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CLN3-223	ENST00000566472	DCHS1	Q96JQ0	3298 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF815P	A8K554	130 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	BEAN1	Q3B7T3	259 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	KHDC1L	Q5JSQ8	128 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	SAMD5	Q5TGI4	173 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	HIST1H4G	Q99525	98 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	SPANXB1	Q9NS25	103 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	SPCS1	Q9Y6A9	102 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	SMG1	Q96Q15	3661 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	PRPF8	Q6P2Q9	2335 aa	Known RBP eCLIP	4.58	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	MED13L	Q71F56	2210 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	GAGE12B	A1L429	117 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	LEPROT	O15243	131 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	RS1	O15537	224 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	RNASE1	P07998	156 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472		P0DMU3	169 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	FAM231A	P0DMU4	169 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	FAM231C	P0DMU5	169 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	RPL39	P62891	51 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	C12orf74	Q32Q52	190 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	CD300E	Q496F6	205 aa	Predicted RBP	4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	C11orf72	Q8NBR9	251 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	WFDC11	Q8NEX6	87 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	IL17D	Q8TAD2	202 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	RNASE8	Q8TDE3	154 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	RAB37	Q96AX2	223 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	FAM110A	Q9BQ89	295 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	SPANXA1	Q9NS26	97 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	NHP2	Q9NX24	153 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	TSSC4	Q9Y5U2	329 aa	Predicted RBP	4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	TNFRSF18	Q9Y5U5	241 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	AKAP6	Q13023	2319 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	CR1	P17927	2039 aa		4.56	□□□□□ -1.68

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 60.4 ms