RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637667.1

CLN6-222, Transcript of CLN6, transmembrane ER protein, human

TSL 1 (best)

Gene CLN6, Length 874 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN6-222	ENST00000637667	LRP1B	Q9NZR2	4599 aa		13.86	□□□□□ -0.19
CLN6-222	ENST00000637667		A0A1W2PPQ1	181 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN6-222	ENST00000637667	MPC2	O95563	127 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN6-222	ENST00000637667	PET100	P0DJ07	73 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN6-222	ENST00000637667	LYPD1	Q8N2G4	141 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN6-222	ENST00000637667	ST6GAL2	Q96JF0	529 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN6-222	ENST00000637667	MRPL16	Q9NX20	251 aa	Known RBP	13.85	□□□□□ -0.19
CLN6-222	ENST00000637667	RBAKDN	A6NC62	111 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN6-222	ENST00000637667	IFNA5	P01569	189 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN6-222	ENST00000637667	SCGB1C1	Q8TD33	95 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN6-222	ENST00000637667	SMIM3	Q9BZL3	60 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN6-222	ENST00000637667	HSPG2	P98160	4391 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	PAX4	O43316	350 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	IGHV3-53	P01767	116 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	RPL12	P30050	165 aa	Known RBP	13.83	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	DEFA1	P59665	94 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	DEFA3	P59666	94 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	ZNF266	Q14584	549 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	KHDC3L	Q587J8	217 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	BTF3	P20290	206 aa	Known RBP	13.82	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	TAS2R45	P59539	299 aa		13.82	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	ZNF415	Q09FC8	603 aa		13.82	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	MBD2	Q9UBB5	411 aa		13.82	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	ICOS	Q9Y6W8	199 aa		13.82	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	MUC21	Q5SSG8	566 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	PRO0255	Q9UI72	69 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	DIRC3	C9JPN6	131 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	SLA	Q13239	276 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	SPATA12	Q7Z6I5	190 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	LENEP	Q9Y5L5	61 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	EIF3G	O75821	320 aa	Known RBP eCLIP	13.79	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	CDK2AP2	O75956	126 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667		Q6AWC8	147 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	HYLS1	Q96M11	299 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	C8orf49	Q96NF6	230 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	WFDC1	Q9HC57	220 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	OTOR	Q9NRC9	128 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	MDFIC	Q9P1T7	246 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	HHLA3	Q9XRX5	114 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	ABCA13	Q86UQ4	5058 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	NXPH4	O95158	308 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	CRYBA4	P53673	196 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	FHL2	Q14192	279 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	TMED6	Q8WW62	240 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	KRTAP4-5	Q9BYR2	181 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN6-222	ENST00000637667	SIVA1	O15304	175 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	LINC00315	P59091	139 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	TMEM183B	Q1AE95	376 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	ACOT6	Q3I5F7	207 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	TMEM183A	Q8IXX5	376 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	CMTM2	Q8TAZ6	248 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	PGP	A6NDG6	321 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	MRPL23	Q16540	153 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	FAM159A	Q6UWV7	190 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	PQLC2	Q6ZP29	291 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	SPX	Q9BT56	116 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	RPH3AL	Q9UNE2	315 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	TRGV11	A0A075B6L2	103 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	TRGV4	A0A0C4DH28	118 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667		A0A1W2PPV4	95 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	RAB2A	P61019	212 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	FAM74A1	Q5RGS3	127 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	RASL10A	Q92737	203 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	DNAH5	Q8TE73	4624 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	SFTA3	P0C7M3	94 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	KRTAP10-2	P60368	255 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	LYPD5	Q6UWN5	251 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	GOLT1A	Q6ZVE7	132 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	IQCF2	Q8IXL9	164 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	OR10G4	Q8NGN3	311 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	ZNF479	Q96JC4	524 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	NAGK	Q9UJ70	344 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	TDRG1	Q3Y452	100 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667		Q6ZRN7	208 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	NEGR1	Q7Z3B1	354 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	ARL6IP6	Q8N6S5	226 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	APOB	P04114	4563 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	OR10G9	Q8NGN4	311 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	OR10G7	Q8NGN6	311 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	HMGB3	O15347	200 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	MAPKAPK5-AS1	Q8N8E1	139 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	ALG5	Q9Y673	324 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLN6-222	ENST00000637667	TRAV8-1	A0A0A6YYK1	113 aa		13.7	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667	TRAV21	A0A0B4J279	112 aa		13.7	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667	IGHV3-16	A0A0C4DH30	117 aa		13.7	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667		F6UZH7	168 aa		13.7	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667		K7EQD1	137 aa		13.7	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667	GNRH2	O43555	120 aa		13.7	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667	GYPE	P15421	78 aa		13.7	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667	SRI	P30626	198 aa		13.7	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667	PCNP	Q8WW12	178 aa	Known RBP	13.7	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667	TVP23C	Q96ET8	276 aa		13.7	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667	TREM1	Q9NP99	234 aa		13.7	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667	TRAV4	A0A0B4J268	109 aa		13.69	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667		M0R2P5	195 aa		13.69	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667	ARL14EPL	P0DKL9	152 aa		13.69	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667	GNG5	P63218	68 aa		13.69	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667	ORM1	P02763	201 aa		13.68	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667	CDC34	P49427	236 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
CLN6-222	ENST00000637667	HSD17B11	Q8NBQ5	300 aa		13.68	□□□□□ -0.22

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