RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000629179.1

PNKP-223, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 4

Gene PNKP, Length 811 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-223	ENST00000629179	OR10G7	Q8NGN6	311 aa		10.07	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	OR2T35	Q8NGX2	323 aa		10.07	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	C16orf74	Q96GX8	76 aa		10.07	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	FAM19A4	Q96LR4	140 aa		10.07	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	NDUFAF3	Q9BU61	184 aa		10.07	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179		Q9H3A6	140 aa		10.07	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	RNF222	A6NCQ9	220 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	HMGB3	O15347	200 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	SLC25A5	P05141	298 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	ATP6V0C	P27449	155 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	CD300C	Q08708	224 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM78	Q5T7P6	136 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF493	Q6ZR52	646 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	LYPD1	Q8N2G4	141 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	INO80E	Q8NBZ0	244 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	RNASE8	Q8TDE3	154 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM263	Q8WUH6	116 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	NOP10	Q9NPE3	64 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	TIMM8B	Q9Y5J9	83 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	C7orf71	A4D174	169 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	KLLN	B2CW77	178 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179		G3V3Q6	166 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	RNASE4	P34096	147 aa	Known RBP	10.05	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	BTN1A1	Q13410	526 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	CCDC28A	Q8IWP9	274 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF492	Q9P255	531 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	TNFSF18	Q9UNG2	199 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	NACA	E9PAV3	2078 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	KMT2A	Q03164	3969 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF324	O75467	553 aa	Predicted RBP	10.04	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	GPX1	P07203	203 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	CRISP2	P16562	243 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	CSN1S1	P47710	185 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	RPL7L1	Q6DKI1	246 aa	Known RBP	10.04	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	PQLC2	Q6ZP29	291 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	ZFAND2A	Q8N6M9	145 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	OR2G3	Q8NGZ4	309 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	HYLS1	Q96M11	299 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	PSMG3	Q9BT73	122 aa	Predicted RBP	10.04	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	SH3BGRL3	Q9H299	93 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	PGP	A6NDG6	321 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	DIRC3	C9JPN6	131 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	CDC34	P49427	236 aa	Predicted RBP	10.03	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF138	P52744	262 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	PRR9	Q5T870	116 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM88	Q6PEY1	159 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179		Q6ZNX1	250 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179		Q6ZQT7	251 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179		Q8TAT8	98 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	FAM210B	Q96KR6	192 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	PYGO2	Q9BRQ0	406 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	OTOR	Q9NRC9	128 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	MUC4	Q99102	2169 aa		10.02	□□□□□ -0.8
PNKP-223	ENST00000629179	RBAKDN	A6NC62	111 aa		10.02	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	SMLR1	H3BR10	107 aa		10.02	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	ARL14EPL	P0DKL9	152 aa		10.02	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	SERF2	P84101	59 aa		10.02	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	RXFP4	Q8TDU9	374 aa		10.02	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	RAB24	Q969Q5	203 aa		10.02	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	RPH3AL	Q9UNE2	315 aa		10.02	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	VPS13D	Q5THJ4	4388 aa		10.01	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	BORCS7-ASMT	A0A0B4J1R7	106 aa		10.01	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	CBY3	A6NI87	242 aa		10.01	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	SNURFL	B1AK76	121 aa		10.01	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179		F5H768	121 aa		10.01	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	PFDN1	O60925	122 aa		10.01	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	ATP5G1	P05496	136 aa		10.01	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	NMB	P08949	121 aa		10.01	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	STAG3L2	P0CL84	134 aa		10.01	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	STAG3L3	P0CL85	134 aa		10.01	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	ATP5G3	P48201	142 aa		10.01	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	CMTM2	Q8TAZ6	248 aa		10.01	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	ARPC5	O15511	151 aa		10	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	MB	P02144	154 aa		10	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179		P0DMU3	169 aa		10	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	FAM231A	P0DMU4	169 aa		10	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	FAM231C	P0DMU5	169 aa		10	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	FAM74A1	Q5RGS3	127 aa		10	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	EIF4E3	Q8N5X7	224 aa	Known RBP	10	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	POM121L12	Q8N7R1	296 aa		10	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	GNPNAT1	Q96EK6	184 aa	Predicted RBP	10	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	LINC00467	Q9BRT7	94 aa		10	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	GSN-AS1	Q9NRJ2	163 aa		10	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	TRBV7-9	A0A0J9YWB2	115 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	GAGE12B	A1L429	117 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	RGS13	O14921	159 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	GAGE7	O76087	117 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	GAGE12F	P0CL80	117 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	GAGE12G	P0CL81	117 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	GAGE12I	P0CL82	117 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	GCHFR	P30047	84 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	GNG5	P63218	68 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	ANXA2R	Q3ZCQ2	193 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	GOLT1A	Q6ZVE7	132 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	SSX7	Q7RTT5	188 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	LINC00612	Q8N6U2	182 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	C11orf72	Q8NBR9	251 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	ACTR3C	Q9C0K3	210 aa	Predicted RBP	9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	TP53TG3	Q9ULZ0	132 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-223	ENST00000629179	IGHV1OR15-1	A0A075B7D0	117 aa		9.98	□□□□□ -0.81

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