RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	CERS3	Q8IU89	383 aa		10.61	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	CLASRP	Q8N2M8	674 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	COG6	Q9Y2V7	657 aa		10.61	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	WDHD1	O75717	1129 aa	Predicted RBP	10.6	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	RLBP1	P12271	317 aa		10.6	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	TIMM10	P62072	90 aa		10.6	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	AAMP	Q13685	434 aa		10.6	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	DCAF15	Q66K64	600 aa		10.6	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	CEP85	Q6P2H3	762 aa		10.6	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	KIF1BP	Q96EK5	621 aa		10.6	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	C1orf115	Q9H7X2	142 aa		10.6	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	ZNF70	Q9UC06	446 aa	Predicted RBP	10.6	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	ABCF2	Q9UG63	623 aa		10.6	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	PAPPA2	Q9BXP8	1791 aa		10.59	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	CLRN2	A0PK11	232 aa		10.59	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	NEFL	P07196	543 aa		10.59	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	PHKA1	P46020	1223 aa		10.59	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	SREBF2	Q12772	1141 aa		10.59	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	TNNI3K	Q59H18	835 aa		10.59	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		10.59	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	FAM83A	Q86UY5	434 aa		10.59	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	SPATA5	Q8NB90	893 aa		10.59	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	UBE2Q2	Q8WVN8	375 aa		10.59	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	PRMT6	Q96LA8	375 aa	Predicted RBP	10.59	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	LRP2BP	Q9P2M1	347 aa		10.59	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	TNN	Q9UQP3	1299 aa		10.59	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	FPGT-TNNI3K	V9GXZ4	949 aa		10.59	□□□□□ -0.71
USP3-208	ENST00000558285	BAG3	O95817	575 aa		10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	IFIT2	P09913	472 aa	Known RBP	10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	PLCG2	P16885	1265 aa		10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	RASA3	Q14644	834 aa		10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	ZNF512B	Q96KM6	892 aa	Predicted RBP	10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	ZBTB40	Q9NUA8	1239 aa		10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	ARID4A	P29374	1257 aa	Predicted RBP	10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	INHBE	P58166	350 aa		10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	OTUD7B	Q6GQQ9	843 aa		10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	ANKRD13A	Q8IZ07	590 aa		10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	SLC10A4	Q96EP9	437 aa		10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	GPATCH3	Q96I76	525 aa		10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	TDRD3	Q9H7E2	651 aa	Known RBP	10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	RAI14	Q9P0K7	980 aa		10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	ANGEL1	Q9UNK9	670 aa	Known RBP	10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	CSAD	Q9Y600	493 aa		10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	ASTN2	O75129	1339 aa	Predicted RBP	10.58	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	ARAP2	Q8WZ64	1704 aa		10.57	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	ADORA1	P30542	326 aa		10.57	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	RASGRF1	Q13972	1273 aa		10.57	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	TTF1	Q15361	905 aa	Predicted RBP	10.57	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	HOMEZ	Q8IX15	550 aa		10.57	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	PRDM10	Q9NQV6	1147 aa		10.57	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	WBP1L	Q9NX94	342 aa		10.57	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	SAGE1	Q9NXZ1	904 aa		10.57	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	TCP10L2	B9ZVM9	353 aa		10.56	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	ALDH1A1	P00352	501 aa		10.56	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	SLC10A3	P09131	477 aa		10.56	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	FMR1	Q06787	632 aa	Known RBP eCLIP	10.56	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	AACS	Q86V21	672 aa		10.56	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	RPAP1	Q9BWH6	1393 aa	Predicted RBP	10.56	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	MANSC4	A6NHS7	340 aa	Predicted RBP	10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	ZBTB48	P10074	688 aa	Predicted RBP	10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	MAP3K12	Q12852	859 aa		10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	MAP3K11	Q16584	847 aa		10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	FAM163A	Q96GL9	167 aa	Predicted RBP	10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	USP40	Q9NVE5	1235 aa		10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	DAGLA	Q9Y4D2	1042 aa		10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	ENTPD3	O75355	529 aa		10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	PRDX5	P30044	214 aa		10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	RRP1	P56182	461 aa	Known RBP	10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	MKRN4P	Q13434	485 aa	Predicted RBP	10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	LRRFIP1	Q32MZ4	808 aa	Known RBP	10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	NAA16	Q6N069	864 aa	Predicted RBP	10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	APOBEC3H	Q6NTF7	200 aa	Known RBP	10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	ZSCAN29	Q8IWY8	852 aa	Predicted RBP	10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	RHPN1	Q8TCX5	695 aa		10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	FAM151A	Q8WW52	585 aa		10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	SPOCK2	Q92563	424 aa		10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	LRRCC1	Q9C099	1032 aa		10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	HMG20B	Q9P0W2	317 aa		10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	EXOC6B	Q9Y2D4	811 aa		10.55	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	MROH7-TTC4	A0A0A0MT08	1334 aa		10.54	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		10.54	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	KIF23	Q02241	960 aa	Predicted RBP	10.54	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	PRKG1	Q13976	671 aa		10.54	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	RASAL3	Q86YV0	1011 aa		10.54	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	ZNF341	Q9BYN7	854 aa		10.54	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	GAK	O14976	1311 aa		10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	DEK	P35659	375 aa	Known RBP	10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	MAP3K9	P80192	1104 aa		10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	DIXDC1	Q155Q3	683 aa		10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	LDLRAD1	Q5T700	205 aa		10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	PRAMEF18	Q5VWM3	479 aa		10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	PPIL4	Q8WUA2	492 aa	Known RBP eCLIP	10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	DBNDD2	Q9BQY9	259 aa		10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	TRIM34	Q9BYJ4	488 aa		10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	DDX24	Q9GZR7	859 aa	Known RBP eCLIP	10.53	□□□□□ -0.72	1e-6	■■■□□ 15.4
USP3-208	ENST00000558285	ECM29	Q5VYK3	1845 aa		10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	AOC2	O75106	756 aa		10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	BTD	P43251	543 aa		10.53	□□□□□ -0.72
USP3-208	ENST00000558285	MECOM	Q03112	1051 aa		10.53	□□□□□ -0.72

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