RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556725.1

SYNE2-222, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 3

Gene SYNE2, Length 672 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-222	ENST00000556725	RBM27	Q9P2N5	1060 aa	Known RBP	11.04	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	COL6A3	P12111	3177 aa		11.04	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	RANBP2	P49792	3224 aa	Known RBP	11.04	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725		A0A0C4DFX4	3053 aa		11.04	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	CEP290	O15078	2479 aa		11.03	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	BTBD19	C9JJ37	291 aa		11.03	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	TLR2	O60603	784 aa		11.03	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	CTGF	P29279	349 aa		11.03	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	11.03	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	EPHA10	Q5JZY3	1008 aa		11.03	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	11.03	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	DPF3	Q92784	378 aa		11.03	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	SHISA4	Q96DD7	197 aa		11.03	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		11.03	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	TTF2	Q9UNY4	1162 aa	Known RBP	11.03	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		11.03	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	FAM205A	Q6ZU69	1335 aa		11.03	□□□□□ -0.64
SYNE2-222	ENST00000556725	GYG1	P46976	350 aa		11.02	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	CACNB3	P54284	484 aa		11.02	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	LACTB	P83111	547 aa	Predicted RBP	11.02	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	FLII	Q13045	1269 aa		11.02	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	TNFAIP1	Q13829	316 aa		11.02	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	11.02	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		11.02	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		11.02	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	LINS1	Q8NG48	757 aa		11.02	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	TDRD7	Q8NHU6	1098 aa	Known RBP	11.02	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		11.02	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	ZKSCAN4	Q969J2	545 aa	Predicted RBP	11.02	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	SERPINA10	Q9UK55	444 aa		11.02	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	SNCAIP	Q9Y6H5	919 aa		11.02	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	CRK	P46108	304 aa		11.01	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	11.01	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	KIF22	Q14807	665 aa		11.01	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	LDHAL6A	Q6ZMR3	332 aa		11.01	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	ZNF467	Q7Z7K2	595 aa	Predicted RBP	11.01	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	FAM84B	Q96KN1	310 aa	Predicted RBP	11.01	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		11.01	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	CSAD	Q9Y600	493 aa		11.01	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	ARAP2	Q8WZ64	1704 aa		11.01	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	SPDYE5	A6NIY4	337 aa		11	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725		F6X3S4	739 aa		11	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	DLL1	O00548	723 aa		11	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	IRF6	O14896	467 aa		11	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	CETP	P11597	493 aa		11	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	HIBADH	P31937	336 aa	Known RBP	11	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	C17orf99	Q6UX52	265 aa		11	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	PUS3	Q9BZE2	481 aa	Known RBP	11	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	PRO3102	Q9H379	93 aa		11	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	CNNM1	Q9NRU3	951 aa		11	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	CPA4	Q9UI42	421 aa		11	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	11	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	HOXB3	P14651	431 aa	Predicted RBP	10.99	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	PSMC4	P43686	418 aa		10.99	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	TNNI2	P48788	182 aa		10.99	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		10.99	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	UBE2Q1	Q7Z7E8	422 aa		10.99	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	ERO1B	Q86YB8	467 aa		10.99	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	SLC17A8	Q8NDX2	589 aa		10.99	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	TRIM47	Q96LD4	638 aa		10.99	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	WRNIP1	Q96S55	665 aa		10.99	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	SRRD	Q9UH36	339 aa		10.99	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	OSBP	P22059	807 aa		10.98	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	PRMT2	P55345	433 aa		10.98	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	10.98	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	SNAPC2	Q13487	334 aa		10.98	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	UBE4A	Q14139	1066 aa		10.98	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	TAF7L	Q5H9L4	462 aa		10.98	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	BEND3	Q5T5X7	828 aa		10.98	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	10.98	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	RIPOR2	Q9Y4F9	1068 aa		10.98	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	WDHD1	O75717	1129 aa	Predicted RBP	10.97	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	FMNL1	O95466	1100 aa	Predicted RBP	10.97	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	GNRH1	P01148	92 aa		10.97	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	CCL5	P13501	91 aa		10.97	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	INPP5B	P32019	993 aa		10.97	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	GRK4	P32298	578 aa		10.97	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	GJA8	P48165	433 aa		10.97	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	PPIL2	Q13356	520 aa		10.97	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	MIGA2	Q7L4E1	593 aa		10.97	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	FBXO33	Q7Z6M2	555 aa		10.97	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	WWC1	Q8IX03	1113 aa		10.97	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	10.97	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	ZCCHC17	Q9NP64	241 aa	Known RBP	10.97	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	ADGRA2	Q96PE1	1338 aa		10.96	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	PDHX	O00330	501 aa		10.96	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	SOX1	O00570	391 aa	Predicted RBP	10.96	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	10.96	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	VAMP4	O75379	141 aa		10.96	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	GJB1	P08034	283 aa		10.96	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	APOBEC3H	Q6NTF7	200 aa	Known RBP	10.96	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	RAET1E	Q8TD07	263 aa		10.96	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	RNF208	Q9H0X6	261 aa		10.96	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	BIN2	Q9UBW5	565 aa	Predicted RBP	10.96	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	GABRQ	Q9UN88	632 aa		10.96	□□□□□ -0.65
SYNE2-222	ENST00000556725	MYPN	Q86TC9	1320 aa		10.95	□□□□□ -0.66
SYNE2-222	ENST00000556725	GRM8	O00222	908 aa		10.95	□□□□□ -0.66
SYNE2-222	ENST00000556725	HOXB1	P14653	301 aa	Predicted RBP	10.95	□□□□□ -0.66
SYNE2-222	ENST00000556725	HDLBP	Q00341	1268 aa	Known RBP	10.95	□□□□□ -0.66
SYNE2-222	ENST00000556725	PPAT	Q06203	517 aa		10.95	□□□□□ -0.66

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