RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000514421.1

CCL28-204, Transcript of C-C motif chemokine ligand 28, human

TSL 3

Gene CCL28, Length 577 nt, Biotype retained intron.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CCL28-204	ENST00000514421	DEFB115	Q30KQ5	88 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	SUPT20HL1	Q3ZLR7	823 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	ANKRD45	Q5TZF3	282 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	PRAMEF18	Q5VWM3	479 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	CDC42EP5	Q6NZY7	148 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	GBA2	Q9HCG7	927 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	USP40	Q9NVE5	1235 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	ABT1	Q9ULW3	272 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	DAGLA	Q9Y4D2	1042 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	PPP2R3B	Q9Y5P8	575 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	COL1A1	P02452	1464 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	GPR75-ASB3	A0A0A6YYF3	556 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	TCP10L2	B9ZVM9	353 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	MAP4K4	O95819	1239 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	NF2	P35240	595 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	FKBP1B	P68106	108 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	TTF1	Q15361	905 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	TMED8	Q6PL24	325 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	FAM83A	Q86UY5	434 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	BOLA2	Q9H3K6	86 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	PIH1D3	Q9NQM4	214 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	ECHDC1	Q9NTX5	307 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	TLL2	Q9Y6L7	1015 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421		A0A1B0GUL6	1792 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	GAK	O14976	1311 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	ADAMTSL1	Q8N6G6	1762 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	POLR2A	P24928	1970 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	RASSF10	A6NK89	507 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	BAG3	O95817	575 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	HUNK	P57058	714 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	PPP4C	P60510	307 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	MAP3K12	Q12852	859 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	NAA16	Q6N069	864 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	ZNF384	Q8TF68	577 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	KLRG1	Q96E93	195 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	GPATCH3	Q96I76	525 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	HHIPL1	Q96JK4	782 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	ANTXR1	Q9H6X2	564 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	MKRN1	Q9UHC7	482 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	NDUFB9	Q9Y6M9	179 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	PSME4	Q14997	1843 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CCL28-204	ENST00000514421	MROH7-TTC4	A0A0A0MT08	1334 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	GOLIM4	O00461	696 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	PPP1R12B	O60237	982 aa	Predicted RBP	10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	IDH1	O75874	414 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	BTD	P43251	543 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	RGS3	P49796	1198 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	CACNB3	P54284	484 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	TTLL12	Q14166	644 aa	Predicted RBP	10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	NBPF12	Q5TAG4	269 aa	Predicted RBP	10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	ARMC9	Q7Z3E5	817 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	CHD1L	Q86WJ1	897 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	FAM151A	Q8WW52	585 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	DNAJC2	Q99543	621 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	HAUS7	Q99871	368 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	NOL10	Q9BSC4	688 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	IDI2	Q9BXS1	227 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	ERC2	O15083	957 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	ENTPD3	O75355	529 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	CYP7A1	P22680	504 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	ECE1	P42892	770 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	VEGFB	P49765	207 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	RHBDL3	P58872	404 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	PIP4P2	Q8N4L2	257 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	HOOK2	Q96ED9	719 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	TEPSIN	Q96N21	525 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	TMEM39B	Q9GZU3	492 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	PAG1	Q9NWQ8	432 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	TTC41P	Q6P2S7	1318 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	CNTNAP1	P78357	1384 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	UNCX	A6NJT0	531 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	USP2	O75604	605 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	GLRX3	O76003	335 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	PLCG2	P16885	1265 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	ANP32A	P39687	249 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	TCP10	Q12799	353 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	NFIA	Q12857	509 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	PRKG1	Q13976	671 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	MAP3K11	Q16584	847 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	LDLRAD1	Q5T700	205 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	SLC9C2	Q5TAH2	1124 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	RGMB	Q6NW40	437 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	MOB2	Q70IA6	237 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	MAGEB6	Q8N7X4	407 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	CCDC102A	Q96A19	550 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	FAM198A	Q9UFP1	575 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	ANGEL1	Q9UNK9	670 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	WDHD1	O75717	1129 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	MX1	P20591	662 aa		10.05	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	IREB2	P48200	963 aa	Known RBP	10.05	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	ZNF157	P51786	506 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	ZSCAN25	Q6NSZ9	544 aa		10.05	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		10.05	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	CERS3	Q8IU89	383 aa		10.05	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	ZFPM1	Q8IX07	1006 aa		10.05	□□□□□ -0.8
CCL28-204	ENST00000514421	TEX11	Q8IYF3	940 aa		10.05	□□□□□ -0.8

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