RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	RLBP1	P12271	317 aa		14.85	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	MAP3K9	P80192	1104 aa		14.85	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	NFIA	Q12857	509 aa		14.85	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	POLA2	Q14181	598 aa		14.85	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	XAGE2	Q96GT9	111 aa		14.85	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	GNL3L	Q9NVN8	582 aa	Known RBP	14.85	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM198A	Q9UFP1	575 aa		14.85	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	GAK	O14976	1311 aa		14.85	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		14.85	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	AKAP11	Q9UKA4	1901 aa		14.84	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	ALDH1A1	P00352	501 aa		14.84	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	LDHB	P07195	334 aa	Known RBP	14.84	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF384	Q8TF68	577 aa		14.84	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	BRI3BP	Q8WY22	251 aa		14.84	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	TMOD2	Q9NZR1	351 aa		14.84	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	ATRNL1	Q5VV63	1379 aa		14.84	□□□□□ -0.03
PTPRF-211	ENST00000467464	SPDYE5	A6NIY4	337 aa		14.83	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM151A	Q8WW52	585 aa		14.83	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	AKAP2	Q9Y2D5	859 aa		14.83	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	FKTN	O75072	461 aa		14.82	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	CAP1	Q01518	475 aa		14.82	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	CRHR2	Q13324	411 aa		14.82	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	14.82	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	PI16	Q6UXB8	463 aa		14.82	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	ZFPM1	Q8IX07	1006 aa		14.82	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	SSH3	Q8TE77	659 aa		14.82	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	WRNIP1	Q96S55	665 aa		14.82	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	HMG20B	Q9P0W2	317 aa		14.82	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF112	Q9UJU3	913 aa		14.82	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	HPS5	Q9UPZ3	1129 aa		14.82	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	ARID4A	P29374	1257 aa	Predicted RBP	14.81	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	TCP10	Q12799	353 aa		14.81	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	ZKSCAN4	Q969J2	545 aa	Predicted RBP	14.81	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	OTUD5	Q96G74	571 aa		14.81	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM163A	Q96GL9	167 aa	Predicted RBP	14.81	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	IDI2	Q9BXS1	227 aa		14.81	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	USP40	Q9NVE5	1235 aa		14.81	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	CSAD	Q9Y600	493 aa		14.81	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	14.8	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	INPP5B	P32019	993 aa		14.8	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP8B2	P98198	1209 aa		14.8	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	PKN2	Q16513	984 aa	Known RBP	14.8	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	MIGA2	Q7L4E1	593 aa		14.8	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	SH3BP5L	Q7L8J4	393 aa		14.8	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	ERO1B	Q86YB8	467 aa		14.8	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM43A	Q8N2R8	423 aa		14.8	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	ZGPAT	Q8N5A5	531 aa	Known RBP	14.8	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	C1orf115	Q9H7X2	142 aa		14.8	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	MROH7-TTC4	A0A0A0MT08	1334 aa		14.79	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	CCL15-CCL14	A0A0B4J2E2	113 aa		14.79	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	WDHD1	O75717	1129 aa	Predicted RBP	14.79	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	MCAM	P43121	646 aa		14.79	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	GTF2A2	P52657	109 aa		14.79	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	RHBDL3	P58872	404 aa		14.79	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	MECOM	Q03112	1051 aa		14.79	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	CCL15	Q16663	113 aa		14.79	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	DCAF15	Q66K64	600 aa		14.79	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXO46	Q6PJ61	603 aa	Predicted RBP	14.79	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	HOOK2	Q96ED9	719 aa		14.79	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	NEUROD6	Q96NK8	337 aa		14.79	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF341	Q9BYN7	854 aa		14.79	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX4	Q9NQI0	724 aa	Known RBP	14.79	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		14.79	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	IRF6	O14896	467 aa		14.78	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	RGS3	P49796	1198 aa		14.78	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	SOX10	P56693	466 aa		14.78	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	14.78	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	PPIL2	Q13356	520 aa		14.78	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	NOL9	Q5SY16	702 aa	Known RBP	14.78	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	OTOP1	Q7RTM1	612 aa		14.78	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	DZIP1	Q86YF9	867 aa	Known RBP	14.78	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	ITPRIP	Q8IWB1	547 aa		14.78	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATA5	Q8NB90	893 aa		14.78	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR108	Q9NPR9	543 aa		14.78	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	ABCF2	Q9UG63	623 aa		14.78	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	14.78	□□□□□ -0.04
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR75-ASB3	A0A0A6YYF3	556 aa		14.77	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	PHF20L1	A8MW92	1017 aa		14.77	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	ENTPD3	O75355	529 aa		14.77	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	SLURP2	P0DP57	97 aa		14.77	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	BTD	P43251	543 aa		14.77	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	MAP3K10	Q02779	954 aa		14.77	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	MLLT1	Q03111	559 aa	Predicted RBP	14.77	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	MOGS	Q13724	837 aa		14.77	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	TNNI3K	Q59H18	835 aa		14.77	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	OTUD7B	Q6GQQ9	843 aa		14.77	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	TBC1D9	Q6ZT07	1266 aa		14.77	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	FTSJ3	Q8IY81	847 aa	Known RBP	14.77	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	NSUN4	Q96CB9	384 aa	Known RBP	14.77	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	FPGT-TNNI3K	V9GXZ4	949 aa		14.77	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	DDTL	A6NHG4	134 aa	Predicted RBP	14.76	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	BTBD19	C9JJ37	291 aa		14.76	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	SPTY2D1	Q68D10	685 aa	Predicted RBP	14.76	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	CEP85	Q6P2H3	762 aa		14.76	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	ERICH6	Q7L0X2	663 aa		14.76	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	CD99L2	Q8TCZ2	262 aa		14.76	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	DBNDD2	Q9BQY9	259 aa		14.76	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNH4	Q9UQ05	1017 aa		14.76	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	CETP	P11597	493 aa		14.75	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	PPAT	Q06203	517 aa		14.75	□□□□□ -0.05

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