RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000414879.5

PTPRF-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 2

Gene PTPRF, Length 4,836 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-205	ENST00000414879	USP48	Q86UV5	1035 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	KRI1	Q8N9T8	703 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	NUP88	Q99567	741 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	CRKL	P46109	303 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	RRAGB	Q5VZM2	374 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	CCDC174	Q6PII3	467 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	NIM1K	Q8IY84	436 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	LARGE2	Q8N3Y3	721 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	BBOX1	O75936	387 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	LARP6	Q9BRS8	491 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF594	Q96JF6	807 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	TRIM47	Q96LD4	638 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	OVOS2	A0A0G2JMS6	1433 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	OVOS2	A0A0J9YW53	1432 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	OVOS2	Q6IE36	1432 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	ADGRB1	O14514	1584 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	KCNQ3	O43525	872 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	RBM26	Q5T8P6	1007 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	ALS2CR12	Q96Q35	445 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	POTEB2	H3BUK9	544 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	ZSCAN23	Q3MJ62	389 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF532	Q9HCE3	1301 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	PDE8B	O95263	885 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	TTLL7	Q6ZT98	887 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF274	Q96GC6	653 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	ARMT1	Q9H993	441 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	IGSF3	O75054	1194 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	MAP9	Q49MG5	647 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	KRT25	Q7Z3Z0	450 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	TCEANC2	Q96MN5	208 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	PICK1	Q9NRD5	415 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	CWC15	Q9P013	229 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	ELP1	O95163	1332 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	ZAP70	P43403	619 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	AKNAD1	Q5T1N1	836 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	TEKT1	Q969V4	418 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	KRT13	P13646	458 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	PAFAH1B1	P43034	410 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	APBB1IP	Q7Z5R6	666 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	UBXN4	Q92575	508 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	KCNG1	Q9UIX4	513 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	XDH	P47989	1333 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	SYT1	P21579	422 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	CNPY2	Q9Y2B0	182 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	ADRA2B	P18089	450 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	DHX37	Q8IY37	1157 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	ARID3A	Q99856	593 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	TMOD4	Q9NZQ9	345 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	N4BP3	O15049	544 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	GRIPAP1	Q4V328	841 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	DIP2A	Q14689	1571 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879		B4E1Z4	1266 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	DNM1	Q05193	864 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	PPIL4	Q8WUA2	492 aa	Known RBP eCLIP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	GDPD2	Q9HCC8	539 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	RPAP1	Q9BWH6	1393 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	RXRB	P28702	533 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	HAUS3	Q68CZ6	603 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	KLHDC4	Q8TBB5	520 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	DACT1	Q9NYF0	836 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-205	ENST00000414879	GALNT17	Q6IS24	598 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	TUBB4B	P68371	445 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF771	Q7L3S4	317 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	RAB11FIP4	Q86YS3	637 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	TBC1D5	Q92609	795 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	NAA15	Q9BXJ9	866 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	HS2ST1	Q7LGA3	356 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	EAF2	Q96CJ1	260 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	PLVAP	Q9BX97	442 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	CYLC1	P35663	651 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ASIC1	P78348	528 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	FAM160A1	Q05DH4	1040 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	NCBP1	Q09161	790 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	DLGAP5	Q15398	846 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	OTUD7A	Q8TE49	926 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ATP8A2	Q9NTI2	1148 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	CUTA	O60888	179 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	RPL13	P26373	211 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	TDRD12	Q587J7	1177 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	PAF1	Q8N7H5	531 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	FAM227B	Q96M60	508 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	CLEC11A	Q9Y240	323 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	TAF5L	O75529	589 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	KIF4A	O95239	1232 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ADCY5	O95622	1261 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	CASQ1	P31415	396 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	PRPH	P41219	470 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	HS1BP3	Q53T59	392 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	GOPC	Q9HD26	462 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	TCERG1L	Q5VWI1	586 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	FERMT2	Q96AC1	680 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	PLEKHG2	Q9H7P9	1386 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	TECPR2	O15040	1411 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	UBASH3A	P57075	661 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	C1orf167	Q5SNV9	1468 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-205	ENST00000414879	PDE6A	P16499	860 aa		13.56	□□□□□ -0.24

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