RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000552338.5

LIMA1-211, Transcript of LIM domain and actin binding 1, humanhuman

TSL 4

Gene LIMA1, Length 555 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1-211ENST00000552338 Q8WTZ3 238 aa7.35□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 ST8SIA2Q92186 375 aa7.35□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 ZNF471Q9BX82 626 aaPredicted RBP7.35□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 ZFAND3Q9H8U3 227 aa7.35□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 ELOA3CA0A087WX78 387 aaPredicted RBP7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 SMCO3A2RU48 225 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 A8MWP6 167 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 LINC01619G3V211 115 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 LCE2BO14633 110 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 IGHV3-11P01762 117 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 IGHV3-23P01764 117 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 RD3LP0DJH9 198 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 MYCNOSP40205 109 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 B2MP61769 119 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 ZNF90Q03938 601 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 ZNF616Q08AN1 781 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 TIGITQ495A1 244 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 EIF5AL1Q6IS14 154 aaKnown RBP7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 C18orf65Q6ZTR6 163 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 BPIFCQ8NFQ6 507 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 GATAD1Q8WUU5 269 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 RSG1Q9BU20 258 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 SLC39A9Q9NUM3 307 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 SIGLEC8Q9NYZ4 499 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 S4R3C0 116 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 U3KQE9 123 aa7.34□□□□□ -1.23
LIMA1-211ENST00000552338 IGHV4OR15-8A0A075B7B6 117 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 A0A087WW49 117 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 UMAD1C9J7I0 102 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 YIF1AO95070 293 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 TSPAN15O95858 294 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 MBP02144 154 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 C8orf88P0DMB2 117 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 CRYBB3P26998 211 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 RAB5CP51148 216 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 FAM106AQ4KMX7 169 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 SHISA2Q6UWI4 295 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 TOMM20LQ6UXN7 152 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 Q6ZRG5 221 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 C1QL4Q86Z23 238 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 STPG3Q8N7X2 389 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 ZNF709Q8N972 641 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 KLHL30-AS1Q8NEE0 82 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 OR11H1Q8NG94 326 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 OR1N2Q8NGR9 330 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 TMEM190Q8WZ59 177 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 RAX2Q96IS3 184 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 PUS1Q9Y606 427 aaKnown RBP eCLIP7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 PXMP4Q9Y6I8 212 aa7.33□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 SETD2Q9BYW2 2564 aaPredicted RBP7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 ANKRD34BA5PLL1 514 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 SEC14L6B5MCN3 397 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 PPP5D1E7EU14 171 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 CCL24O00175 119 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 OR5G3P0C626 314 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 M6PRP20645 277 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 S100A7P31151 101 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 HOXD3P31249 432 aaPredicted RBP7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 SULT1A2P50226 295 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 RPEL1Q2QD12 228 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 MIC13Q5XKP0 118 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 TEX261Q6UWH6 196 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 PATE2Q6UY27 113 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 DPPA3Q6W0C5 159 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 C8orf86Q6ZUL3 223 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 S100A7AQ86SG5 101 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 HSD17B11Q8NBQ5 300 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 OR1L4Q8NGR5 311 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 TMEM37Q8WXS4 190 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 RNF125Q96EQ8 232 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 PFDN5Q99471 154 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 RNF2Q99496 336 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 SLC25A32Q9H2D1 315 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 DNAJC4Q9NNZ3 241 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 TECRQ9NZ01 308 aaKnown RBP7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 RNF24Q9Y225 148 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 ATRQ13535 2644 aa7.32□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 GATA2P23769 480 aaPredicted RBP7.31□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 USF2Q15853 346 aaPredicted RBP7.31□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 ACOT6Q3I5F7 207 aaPredicted RBP7.31□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 C1orf194Q5T5A4 169 aa7.31□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 C12orf54Q6X4T0 127 aa7.31□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 WFDC9Q8NEX5 89 aa7.31□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 OR4F17Q8NGA8 305 aa7.31□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 DPF1Q92782 380 aa7.31□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 MARC2Q969Z3 335 aa7.31□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 RCC1LQ96I51 464 aaKnown RBP7.31□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 OR4F4Q96R69 305 aa7.31□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 MRPL32Q9BYC8 188 aaKnown RBP7.31□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 SH3BGRL3Q9H299 93 aa7.31□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 VSIRQ9H7M9 311 aa7.31□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 DAZ1Q9NQZ3 744 aaKnown RBP7.31□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 H3BRN7 92 aa7.3□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 BUB3O43684 328 aa7.3□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 HYPMO75409 117 aa7.3□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 IL4P05112 153 aa7.3□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 IFITM2Q01629 132 aa7.3□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 TMEM41BQ5BJD5 291 aa7.3□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 FFAR4Q5NUL3 377 aa7.3□□□□□ -1.24
LIMA1-211ENST00000552338 UNQ9165/PRO28630Q6UXU0 137 aa7.3□□□□□ -1.24
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