RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000546997.1

BRF1-208, Transcript of BRF1, RNA polymerase III transcription initiation factor subunit, human

TSL 2

Gene BRF1, Length 1,999 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
BRF1-208	ENST00000546997	HLA-DQA1	P01909	254 aa		13.28	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997	AMT	P48728	403 aa		13.28	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997	ZNF439	Q8NDP4	499 aa		13.28	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997	OR52E5	Q8NH55	327 aa		13.28	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997	CREBBP	Q92793	2442 aa		13.28	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997	PRPF8	Q6P2Q9	2335 aa	Known RBP eCLIP	13.28	□□□□□ -0.28	3e-6	■□□□□ 10
BRF1-208	ENST00000546997	ZNF469	Q96JG9	3925 aa	Predicted RBP	13.27	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997	IGHV2-26	A0A0B4J1V2	119 aa		13.27	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997	PPIAL4C	A0A0B4J2A2	164 aa		13.27	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997		K7EN84	100 aa		13.27	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997	PPIAL4G	P0DN37	164 aa		13.27	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997	DLX1	P56177	255 aa		13.27	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997	RASL11A	Q6T310	242 aa		13.27	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997	ZNF436-AS1	Q8NC38	126 aa	Predicted RBP	13.27	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997	LY6G5B	Q8NDX9	201 aa		13.27	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997	RNASE8	Q8TDE3	154 aa	Known RBP	13.27	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997	DDB2	Q92466	427 aa		13.27	□□□□□ -0.28
BRF1-208	ENST00000546997	GCHFR	P30047	84 aa		13.27	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	TSPO	P30536	169 aa		13.27	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	DEFB113	Q30KQ7	82 aa		13.27	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	TMEM30B	Q3MIR4	351 aa		13.27	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	TMEM136	Q6ZRR5	245 aa		13.27	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	S1PR3	Q99500	378 aa		13.27	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	LOC105371242	A0A075B767	164 aa		13.26	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	IGHV2-70D	A0A0C4DH43	119 aa		13.26	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	PPBP	P02775	128 aa		13.26	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	OR9G9	P0C7N8	305 aa		13.26	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	SAA2	P0DJI9	122 aa	Predicted RBP	13.26	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	PRB3	Q04118	309 aa	Predicted RBP	13.26	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	ODF1	Q14990	250 aa		13.26	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	BEX4	Q9NWD9	120 aa	Predicted RBP	13.26	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	ZNRD1	Q9P1U0	126 aa		13.26	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	NAT8B	Q9UHF3	227 aa		13.26	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	ITPR3	Q14573	2671 aa		13.26	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	RBMXL2	O75526	392 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	IGHV1-8	P0DP01	117 aa		13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	KIR2DS2	P43631	304 aa		13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	TREML4	Q6UXN2	200 aa		13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	OR4P4	Q8NGL7	312 aa		13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	GGTLC1	Q9BX51	225 aa		13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997		F2Z2F3	143 aa		13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	AMY1A	P04745	511 aa		13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	LIPF	P07098	398 aa		13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	C3orf79	P0CE67	100 aa		13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	THBS3	P49746	956 aa		13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	NIT1	Q86X76	327 aa		13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	LYG1	Q8N1E2	194 aa		13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	BORCS7	Q96B45	105 aa		13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	ONECUT1	Q9UBC0	465 aa		13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	RNF114	Q9Y508	228 aa		13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	PRRC2A	P48634	2157 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	TRAV30	A0A087WSZ9	112 aa		13.24	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	PRSS46	E5RG02	174 aa		13.24	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	SLC17A3	O00476	420 aa		13.24	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	ISLR	O14498	428 aa		13.24	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	GCSAML	Q5JQS6	135 aa		13.24	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	SLC25A48	Q6ZT89	311 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	ALKBH7	Q9BT30	221 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	YTHDF2	Q9Y5A9	579 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	CR1	P17927	2039 aa		13.24	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	FNDC10	F2Z333	226 aa		13.23	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	DSCR9	P59020	149 aa		13.23	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	PAX2	Q02962	417 aa		13.23	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	OR8I2	Q8N0Y5	310 aa		13.23	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	WIPF2	Q8TF74	440 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	MGST2	Q99735	147 aa		13.23	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	FAM103A1	Q9BTL3	118 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	LSM4	Q9Y4Z0	139 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	TRAV9-2	A0A087WT02	112 aa		13.23	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	DEFA4	P12838	97 aa		13.23	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	ARF6	P62330	175 aa		13.23	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	VKORC1L1	Q8N0U8	176 aa		13.23	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	OR4S2	Q8NH73	311 aa		13.23	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	NPVF	Q9HCQ7	196 aa		13.23	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	NOTCH2	Q04721	2471 aa		13.22	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	GNG4	P50150	75 aa		13.22	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	ERVK-16	P61578	105 aa		13.22	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	SPINK9	Q5DT21	86 aa		13.22	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997		Q5PR19	223 aa		13.22	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	LRRC75A-AS1	Q8N1F1	130 aa		13.22	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	OR4A16	Q8NH70	328 aa		13.22	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	MBD6	Q96DN6	1003 aa		13.22	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	ADTRP	Q96IZ2	230 aa		13.22	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	TMEM167B	Q9NRX6	74 aa		13.22	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	AKAP9	Q99996	3911 aa		13.22	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	SMIM27	A0A1W2PRY6	76 aa		13.21	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	IGLC7	A0M8Q6	106 aa		13.21	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	RRH	O14718	337 aa		13.21	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	CA2	P00918	260 aa		13.21	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	LINC00869	P0C866	280 aa		13.21	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	RELB	Q01201	579 aa		13.21	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	RAB31	Q13636	194 aa		13.21	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	RTL8B	Q17RB0	113 aa		13.21	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	FBLN7	Q53RD9	439 aa		13.21	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	TSKU	Q8WUA8	353 aa		13.21	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	TMEM133	Q9H2Q1	129 aa		13.21	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997		A0A096LNT2	108 aa		13.21	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	HELT	A6NFD8	242 aa		13.21	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	BMPR1B	O00238	502 aa		13.21	□□□□□ -0.29
BRF1-208	ENST00000546997	ENSA	O43768	121 aa	Known RBP	13.21	□□□□□ -0.29

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