RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540447.5

YBX3-208, Transcript of Y-box binding protein 3, human

TSL 2

Gene YBX3, Length 6,393 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
YBX3-208	ENST00000540447	OR13A1	Q8NGR1	328 aa		7.32	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	TOMM7	Q9P0U1	55 aa		7.32	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	SPTB	P11277	2137 aa		7.32	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	CCL11	P51671	97 aa		7.32	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	NTN5	Q8WTR8	489 aa	Predicted RBP	7.32	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	ZNF625	Q96I27	306 aa	Predicted RBP	7.32	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	CALY	Q9NYX4	217 aa		7.32	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	TNFRSF18	Q9Y5U5	241 aa		7.32	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	IGKV3D-20	A0A0C4DH25	116 aa		7.32	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	CTGF	P29279	349 aa		7.32	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	MORN2	Q502X0	79 aa		7.32	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	IGKV1D-42	A0A075B6H8	117 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	TRAV40	A0A0B4J280	105 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	NPIPB13	A6NJU9	1138 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	FABP5P3	A8MUU1	101 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	AHRR	A9YTQ3	701 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	TAL2	Q16559	108 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	ECSCR	Q19T08	205 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	COA6	Q5JTJ3	125 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	C6orf15	Q6UXA7	325 aa	Predicted RBP	7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	CACNG8	Q8WXS5	425 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447		K7EQS6	105 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	SP9	P0CG40	484 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	TMEM240	Q5SV17	173 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	DUSP15	Q9H1R2	295 aa	Predicted RBP	7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447		A0A0U1RRA0	63 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	TAX1BP3	O14907	124 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	GFRA3	O60609	400 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	C12orf74	Q32Q52	190 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	SLC25A53	Q5H9E4	307 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	TMEM52	Q8NDY8	209 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	ZNF721	Q8TF20	911 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	TMEM158	Q8WZ71	300 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	DNAJC30	Q96LL9	226 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	PSG8	Q9UQ74	426 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	IGKV1D-13	A0A0B4J2D9	117 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	IGKV1-13	P0DP09	117 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	APOBEC3A	P31941	199 aa	Predicted RBP	7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	IGHV3-72	A0A0B4J1Y9	119 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	LILRA5	A6NI73	299 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	MRPL55	Q7Z7F7	128 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	PIKFYVE	Q9Y2I7	2098 aa		7.31	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	WNK3	Q9BYP7	1800 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	hCG_38984	A0A1B0GV85	526 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	IGHM	P01871	453 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	CTSB	P07858	339 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	CCL1	P22362	96 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	DRD3	P35462	400 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	PAQR4	Q8N4S7	273 aa	Predicted RBP	7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	TMEM243	Q9BU79	118 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	PKIG	Q9Y2B9	76 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	NRXN3	Q9Y4C0	1643 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447		A0A087WV48	116 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	SOCS3	O14543	225 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	IGHG4	P01861	327 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	FGF6	P10767	208 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	CD27	P26842	260 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	CT55	Q8WUE5	264 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	APOBEC4	Q8WW27	367 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	TRGV5	A0A0B4J1U4	118 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	CCL5	P13501	91 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	ATP5G2	Q06055	141 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	HES7	Q9BYE0	225 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	FSCN3	Q9NQT6	498 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	TDRG1	Q3Y452	100 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	SIGLEC8	Q9NYZ4	499 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	MIA3	Q5JRA6	1907 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	KNCN	A6PVL3	124 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447		F2Z2F3	143 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	WFDC2	Q14508	124 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	LGALS9B	Q3B8N2	356 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	SPATA31B1P	Q5VZV4	182 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	LGALS9C	Q6DKI2	356 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	COX14	Q96I36	57 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	BRWD1	Q9NSI6	2320 aa		7.3	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447		A0A0A6YYD4	124 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	LAMTOR5	O43504	91 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	CEACAM4	O75871	244 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	CRP	P02741	224 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	DEFB103A	P81534	67 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	ASCL5	Q7RTU5	278 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	PRADC1	Q9BSG0	188 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	FAM60A	Q9NP50	221 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	IDI2-AS1	Q9NZ38	188 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	RREB1	Q92766	1687 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	SIPA1L2	Q9P2F8	1722 aa	Predicted RBP	7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	MORN5	Q5VZ52	161 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	ASCL2	Q99929	193 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	CACNA1S	Q13698	1873 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	MYMX	A0A1B0GTQ4	84 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	FAM236A	A0A1B0GUQ0	79 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	FAM236B	A0A1B0GV22	79 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	WNT9B	O14905	357 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	ZNHIT1	O43257	154 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	YPEL1	O60688	119 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	FOXC1	Q12948	553 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	RPL39P5	Q59GN2	51 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	C9orf40	Q8IXQ3	194 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	LEAP2	Q969E1	77 aa		7.29	□□□□□ -1.24
YBX3-208	ENST00000540447	YPEL2	Q96QA6	119 aa		7.29	□□□□□ -1.24

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