RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	EIF5A2	Q9GZV4	153 aa	Known RBP	4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	UBTD1	Q9HAC8	227 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	VAX2	Q9UIW0	290 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	KLK9	Q9UKQ9	250 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SIGLEC9	Q9Y336	463 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	TBL2	Q9Y4P3	447 aa	Known RBP	4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	INSIG2	Q9Y5U4	225 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	PXMP4	Q9Y6I8	212 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	COL6A6	A6NMZ7	2263 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	ABCA4	P78363	2273 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	TPR	P12270	2363 aa	Known RBP	4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	CFAP46	Q8IYW2	2715 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A087WWC5	75 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	IGHV2-70D	A0A0C4DH43	119 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM74A7	A6NL05	159 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	TEX22	C9J3V5	150 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247		E7EUB6	86 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	CORT	O00230	105 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC25A17	O43808	307 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	VENTX	O95231	258 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	IGHV4-39	P01824	125 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	FBP1	P09467	338 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00869	P0C866	280 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	STAG3L2	P0CL84	134 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	STAG3L3	P0CL85	134 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	MYOD1	P15172	320 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	CDKN1A	P38936	164 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	CDC34	P49427	236 aa	Predicted RBP	4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	PDLIM4	P50479	330 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SUB1	P53999	127 aa	Known RBP eCLIP	4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SSBP2	P81877	361 aa	Predicted RBP	4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	PNRC1	Q12796	327 aa	Predicted RBP	4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	GAMT	Q14353	236 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM74A3	Q4VXF1	159 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SOHLH1	Q5JUK2	328 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM90A2P	Q658T7	463 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC144NL	Q6NUI1	221 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	LCN15	Q6UWW0	184 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	PPP1R27	Q86WC6	154 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	OR1P1	Q8NH06	330 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	RPE	Q96AT9	228 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	RITA1	Q96K30	269 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	RARRES2	Q99969	163 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC39A9	Q9NUM3	307 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	ONECUT1	Q9UBC0	465 aa		4.41	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	IGKV1OR2-108	A0A075B7D4	117 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	C7orf77	A4D0Y5	90 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	PSMB11	A5LHX3	300 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247		B4DEV8	164 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	AP4M1	O00189	453 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	TIMM23	O14925	209 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	NDUFS7	O75251	213 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	FOXH1	O75593	365 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	OR5G3	P0C626	314 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	FOLR2	P14207	255 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	COX7A1	P24310	79 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	RPL27A	P46776	148 aa	Known RBP	4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	UBE2E1	P51965	193 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	ELL	P55199	621 aa	Predicted RBP	4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	DSCR9	P59020	149 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	CD81	P60033	236 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	B2M	P61769	119 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	ARF6	P62330	175 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	SELENOT	P62341	195 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	MEF2B	Q02080	365 aa	Predicted RBP	4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	PAX8	Q06710	450 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	FOXI1	Q12951	378 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	HAGH	Q16775	308 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	AWAT1	Q58HT5	328 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC16A13	Q7RTY0	426 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	VMO1	Q7Z5L0	202 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF843	Q8N446	348 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	CYB561D1	Q8N8Q1	229 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM116	Q8NCL8	245 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	OR10W1	Q8NGF6	305 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	OR1L6	Q8NGR2	347 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM190	Q8WZ59	177 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	YPEL4	Q96NS1	127 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	PRR25	Q96S07	402 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	TBX15	Q96SF7	602 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF2	Q99496	336 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	BPESC1	Q9GZL8	116 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	SMCO4	Q9NRQ5	59 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM242	Q9NWH2	141 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	GNG13	Q9P2W3	67 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	DMRT1	Q9Y5R6	373 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	F11R	Q9Y624	299 aa	Known RBP	4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	KALRN	O60229	2985 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	USP24	Q9UPU5	2620 aa		4.4	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	IGKV1D-37	A0A075B6S9	117 aa		4.39	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	IGHV3-72	A0A0B4J1Y9	119 aa		4.39	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	CXorf65	A6NEN9	183 aa		4.39	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247		H3BQ15	152 aa		4.39	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	TSPAN4	O14817	238 aa		4.39	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	NBR2	O15453	112 aa		4.39	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	SPRY2	O43597	315 aa		4.39	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	PDE6D	O43924	150 aa		4.39	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	CXorf1	O96002	111 aa		4.39	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	MOS	P00540	346 aa		4.39	□□□□□ -1.71
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF224	P0DH78	156 aa		4.39	□□□□□ -1.71

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