RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	GUCA2B	Q16661	112 aa		4.44	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	VMA21	Q3ZAQ7	101 aa		4.44	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	KIAA2026	Q5HYC2	2103 aa		4.44	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	AVPI1	Q5T686	147 aa		4.44	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	TPTE2P1	Q5T6R2	138 aa		4.44	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	4.44	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC25A24	Q6NUK1	477 aa		4.44	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	ACSM6	Q6P461	480 aa		4.44	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	PNKD	Q8N490	385 aa		4.44	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SFT2D1	Q8WV19	159 aa		4.44	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	CACNG8	Q8WXS5	425 aa		4.44	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	P2RX4	Q99571	388 aa		4.44	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	PLEKHA3	Q9HB20	300 aa		4.44	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	NPVF	Q9HCQ7	196 aa		4.44	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	ENY2	Q9NPA8	101 aa		4.44	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	HIVEP3	Q5T1R4	2406 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	RELN	P78509	3460 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	RAI1	Q7Z5J4	1906 aa	Predicted RBP	4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	ACACB	O00763	2458 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	DOPEY1	Q5JWR5	2465 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	IGHV1-3	A0A0C4DH29	117 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	MAP1LC3B2	A6NCE7	125 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	AGPAT2	O15120	278 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	ENSA	O43768	121 aa	Known RBP	4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	ACTL6B	O94805	426 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	YIF1A	O95070	293 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	CRYGC	P07315	174 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	BCL2	P10415	239 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	COMP	P49747	757 aa	Predicted RBP	4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	PPT1	P50897	306 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	TIRAP	P58753	221 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	LMO4	P61968	165 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	DEFA5	Q01523	94 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	AKR1C1	Q04828	323 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	EBI3	Q14213	229 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	PRSS8	Q16651	343 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	ACOT6	Q3I5F7	207 aa	Predicted RBP	4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SPINK9	Q5DT21	86 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	MINOS1	Q5TGZ0	78 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SSX7	Q7RTT5	188 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM144	Q7Z5S9	345 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	MMD2	Q8IY49	270 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF709	Q8N972	641 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	NPB	Q8NG41	125 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SUN5	Q8TC36	379 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	RNASEH2C	Q8TDP1	164 aa	Known RBP	4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	ABHD5	Q8WTS1	349 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	NARS2	Q96I59	477 aa	Known RBP	4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	MGST2	Q99735	147 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	GGTLC1	Q9BX51	225 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	ACTR3C	Q9C0K3	210 aa	Predicted RBP	4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	COMMD5	Q9GZQ3	224 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	MAP1LC3B	Q9GZQ8	125 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SIRPD	Q9H106	197 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM231	Q9H6L2	316 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	VSIR	Q9H7M9	311 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	TUBA4B	Q9H853	241 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF430	Q9H8G1	570 aa	Predicted RBP	4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	MANBAL	Q9NQG1	85 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	DPM3	Q9P2X0	92 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	MINOS1-NBL1	R4GNA1	71 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	ARL2-SNX15	V9GYD0	113 aa		4.43	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	NBAS	A2RRP1	2371 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	ICE1	Q9Y2F5	2266 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	IGLC7	A0M8Q6	106 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SMCO3	A2RU48	225 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM250	H0YL14	139 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	NDUFS8	O00217	210 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	CYB5B	O43169	146 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	LY6H	O94772	140 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	NDUFA3	O95167	84 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	IFNA1	P01562	189 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	IFNA4	P05014	189 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	HTR1D	P28221	377 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	CEACAM3	P40198	252 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	NPBWR1	P48145	328 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	REG1B	P48304	166 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	PSMB3	P49720	205 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	HCFC1	P51610	2035 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	ERH	P84090	104 aa	Known RBP	4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	WT1-AS	Q06250	92 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	BTN1A1	Q13410	526 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	RAB31	Q13636	194 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	PSG5	Q15238	335 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	RHEB	Q15382	184 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SSX2	Q16385	188 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	KLK9	Q2XQG4	91 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	FFAR4	Q5NUL3	377 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	LDLRAD2	Q5SZI1	272 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	MALRD1	Q5VYJ5	2156 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	RBMS3	Q6XE24	437 aa	Known RBP	4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247		Q6YL49	198 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC35E3	Q7Z769	313 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247		Q8N6K4	173 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	THAP8	Q8NA92	274 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	OR10G9	Q8NGN4	311 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	OR10G7	Q8NGN6	311 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC35E1	Q96K37	410 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	TXNDC17	Q9BRA2	123 aa		4.42	□□□□□ -1.7
ATG4A-208	ENST00000489247	C19orf24	Q9BVV8	132 aa		4.42	□□□□□ -1.7

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.1 ms