RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000485450.5

USP4-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 2

Gene USP4, Length 3,541 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-211ENST00000485450 CEACAM16Q2WEN9 425 aa6.31□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 ATOH7Q8N100 152 aa6.31□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 ZNF114Q8NC26 417 aa6.31□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 GATAD1Q8WUU5 269 aa6.31□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 HS3ST6Q96QI5 342 aa6.31□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 RAB40CQ96S21 281 aa6.31□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 WDR61Q9GZS3 305 aaKnown RBP6.31□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 UBE2J1Q9Y385 318 aaPredicted RBP6.31□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 TIMM9Q9Y5J7 89 aa6.31□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 TSSC4Q9Y5U2 329 aaPredicted RBP6.31□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 PRRC2CQ9Y520 2896 aaKnown RBP6.31□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 DCHS2Q6V1P9 2916 aa6.31□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 CTXND1A0A1B0GTU2 59 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 hCG_38984A0A1B0GV85 526 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 M0QXV9 152 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 IGLL1P15814 213 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 PCBD1P61457 104 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 RELBQ01201 579 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 OR10P1Q8NGE3 313 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 Q96M66 194 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 YAE1D1Q9NRH1 226 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 PEF1Q9UBV8 284 aaKnown RBP6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 CSMD2Q7Z408 3487 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 H0Y8G0 127 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 FCN1O00602 326 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 CNIH1O95406 144 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 MEF2CQ06413 473 aaPredicted RBP6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 TRAT1Q6PIZ9 186 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 SMIM20Q8N5G0 67 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 DERL1Q9BUN8 251 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 GNB1LQ9BYB4 327 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 APCP25054 2843 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 MDFIC2A0A1B0GVS7 189 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 FAM231BA6NCW3 169 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 KIAA1324LA8MWY0 1029 aaPredicted RBP6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 DEGS1O15121 323 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 COX6B1P14854 86 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 PMCHP20382 165 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 FOXI2Q6ZQN5 318 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 TBC1D26Q86UD7 250 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 BORCS7Q96B45 105 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 CLEC7AQ9BXN2 247 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 ULBP2Q9BZM5 246 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 RAB1BQ9H0U4 201 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 IL36BQ9NZH7 164 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 WASHC3Q9Y3C0 194 aa6.3□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 M0R1X1 148 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 F2RL2O00254 374 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 SNAI2O43623 268 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 PDE6DO43924 150 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 PAGE4O60829 102 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 IGHV3-13P01766 116 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 CECR9P0C854 216 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 HERV-K104P61576 105 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 ZNF90Q03938 601 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 ARL16Q0P5N6 197 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 C12orf54Q6X4T0 127 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 DOK3Q7L591 496 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 OR8B12Q8NGG6 310 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 OR10G8Q8NGN5 311 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 SLC25A40Q8TBP6 338 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 RCHY1Q96PM5 261 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 ZNF391Q9UJN7 358 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 SPTBN2O15020 2390 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 FAM90A27PA6NNH2 459 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 C11orf94C9JXX5 98 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 BORCS8-MEF2BH3BNR1 382 aaPredicted RBP6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 H3BP45 60 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 NXPH3O95157 252 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 FRMD6-AS1P0C7T7 363 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 LGALS4P56470 323 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 GNB1P62873 340 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 LTC4SQ16873 150 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 MSMPQ1L6U9 139 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 ALKBH6Q3KRA9 238 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 CD300EQ496F6 205 aaPredicted RBP6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 LCN12Q6JVE5 192 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 MDP1Q86V88 176 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 TAF15Q92804 592 aaKnown RBP eCLIP6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 HARBI1Q96MB7 349 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 PRRG4Q9BZD6 226 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 NGBQ9NPG2 151 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 MBD3L2BA0A1B0GVZ6 204 aaPredicted RBP6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 SNURFLB1AK76 121 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 NUDT3O95989 172 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 PPYP01298 95 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 LINC00869P0C866 280 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 SLC25A6P12236 298 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 CLRN1P58418 232 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 PLP1P60201 277 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 HBG1P69891 147 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 HBG2P69892 147 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 FAM58AQ8N1B3 248 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 OR10X1Q8NGY0 326 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 DPF1Q92782 380 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 TMEM160Q9NX00 188 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 ERG28Q9UKR5 140 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 OTOGQ6ZRI0 2925 aa6.29□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 DNAJC13O75165 2243 aa6.28□□□□□ -1.4
USP4-211ENST00000485450 E7EQL1 145 aa6.28□□□□□ -1.4
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