RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	OR52I2	Q8NH67	350 aa		6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	DPF1	Q92782	380 aa		6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	TAF15	Q92804	592 aa	Known RBP eCLIP	6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	SLC25A21	Q9BQT8	299 aa	Predicted RBP	6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	AUNIP	Q9H7T9	357 aa		6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	EXOSC5	Q9NQT4	235 aa	Known RBP eCLIP	6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	ZNF580	Q9UK33	172 aa		6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	SAA2-SAA4	A0A096LPE2	208 aa		6.89	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	NBR2	O15453	112 aa		6.89	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	IGHG2	P01859	326 aa		6.89	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	FCGR3A	P08637	254 aa		6.89	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	SAA2	P0DJI9	122 aa	Predicted RBP	6.89	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	NQO2	P16083	231 aa		6.89	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	SAPCD1	Q5SSQ6	148 aa		6.89	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285		Q6ZS49	121 aa		6.89	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	TCTEX1D1	Q8N7M0	179 aa		6.89	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	FAM110D	Q8TAY7	271 aa	Predicted RBP	6.89	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	WDR89	Q96FK6	387 aa	Predicted RBP	6.89	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	GFI1	Q99684	422 aa		6.89	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	ZNF107	Q9UII5	783 aa	Predicted RBP	6.89	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	FBN3	Q75N90	2809 aa		6.89	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285		A0A0A6YYD4	124 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	IGHV3-72	A0A0B4J1Y9	119 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	TEX13D	A0A0J9YY54	714 aa	Predicted RBP	6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	FOXI3	A8MTJ6	420 aa	Predicted RBP	6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	RAB27B	O00194	218 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	GNB3	P16520	340 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	TMEM50B	P56557	158 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	ACTB	P60709	375 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	GNMT	Q14749	295 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	PDPN	Q86YL7	162 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	BAP18	Q8IXM2	172 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	C11orf44	Q8N8P7	122 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	SMIM8	Q96KF7	97 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	CLCC1	Q96S66	551 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	CITED2	Q99967	270 aa	Predicted RBP	6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	NDUFAF3	Q9BU61	184 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	MCRIP2	Q9BUT9	160 aa	Known RBP	6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	IFI27L2	Q9H2X8	130 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	KCNK15	Q9H427	330 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	GAB2	Q9UQC2	676 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	SVEP1	Q4LDE5	3571 aa		6.88	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	GGCT	O75223	188 aa	Known RBP	6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	LY86	O95711	162 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	ELANE	P08246	267 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	SFTA3	P0C7M3	94 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	AKAIN1	P0CW23	69 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	CD28	P10747	220 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	CD33	P20138	364 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	LGALS7	P47929	136 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	THBS3	P49746	956 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	ZNF134	P52741	427 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	F2RL1	P55085	397 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	RNASE12	Q5GAN4	147 aa	Known RBP	6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	PLAC9	Q5JTB6	97 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	TMEM69	Q5SWH9	247 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285		Q8N6K4	173 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	OR5AP2	Q8NGF4	316 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	TERB2	Q8NHR7	220 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	LGALS14	Q8TCE9	139 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	FLYWCH2	Q96CP2	140 aa	Known RBP	6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	NABP2	Q9BQ15	211 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	CABLES2	Q9BTV7	478 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	MRPL20	Q9BYC9	149 aa	Known RBP	6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	SMDT1	Q9H4I9	107 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	MTFP1	Q9UDX5	166 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	CACFD1	Q9UGQ2	172 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	TET2	Q6N021	2002 aa	Predicted RBP	6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	TRBV6-7	A0A0A0MS04	114 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	HLA-DRB1	P01911	266 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	SCT	P09683	121 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	METTL15P1	P0C7V9	234 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	FGF7	P21781	194 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	S100G	P29377	79 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	CYCS	P99999	105 aa	Known RBP	6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	TNFRSF9	Q07011	255 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	FOXE3	Q13461	319 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	DIAPH2-AS1	Q14236	149 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	HAGH	Q16775	308 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	ABHD5	Q8WTS1	349 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	ST6GALNAC5	Q9BVH7	336 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	PARP11	Q9NR21	331 aa		6.87	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	ZNF705E	A8MWA4	302 aa	Predicted RBP	6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285		M0R1X1	148 aa		6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	TAAR5	O14804	337 aa		6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	TSPAN15	O95858	294 aa		6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	RLN1	P04808	185 aa		6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	IGF1	P05019	195 aa		6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	OR8U9	P0C7N5	309 aa		6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	TAS2R19	P59542	299 aa		6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP10-3	P60369	221 aa		6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	RPS16	P62249	146 aa	Known RBP	6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	KIAA0141	Q14154	515 aa	Predicted RBP	6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	C5orf64	Q2M2E5	130 aa		6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285		Q8N9W7	124 aa		6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	UBAC2	Q8NBM4	344 aa		6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	HSD17B11	Q8NBQ5	300 aa		6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	NPB	Q8NG41	125 aa		6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	OR5AN1	Q8NGI8	311 aa		6.86	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	OR8U1	Q8NH10	309 aa		6.86	□□□□□ -1.31

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